| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 2,485,636 | Δ1 bp | coding (1263/3594 nt) | evgS → | sensor histidine kinase EvgS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 2,485,636 | 0 | A | . | 99.1% | 535.8 / ‑2.3 | 113 | coding (1263/3594 nt) | evgS | sensor histidine kinase EvgS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base . (58/54); total (58/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
GGGCGTTATGGGGGACATTCTTAATATTATTACCTTGCAAACAGGTTTAAATTTTTCTCCGATCACCGTTTCACACAATATCCATGCTGGAACACAGCTTAGCCCCGGAGGATGGGATATAATACCTGGCGCTATTTATAGTGAAGATCGAGAAAATAATGTTTTATTTGCTGAAGCCTTCATAACAACGCCTTACGTTTTTGTCATGCAAAAAGCGCCTGACAGTGAACAAACATTAAAAAAAGGAATGAAAGTTGCCATTCCATATTATTATGAGCTGCATTCGCAATTAAAAGAGATGTATCCGGAGGTTGAATGGATACAGGTCGATAATGCCAGCGCTGCATTTCACAAGGTTAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGCTAAATTCGCGTTACATGATCGATCATTACTATCCTAATGAACTTTATCATTTTCTTATTCCTGGCGTTCCGAATGCATCGCTTTCGTTCGCTTTTCCTCGCGGAGAACCGGAACTTAAGGATATTATTAATAAAGCACTGAATGCAATTCCCCCAAGCGAAGTTCTGCGCCTGACGGAAAAA > NC_000913/2485348‑2485924 | gggCGTTATGGGGGACATTCTTAATATTATTACCTTGCAAACAGGTTTAAATTTTTCTCCGATCACCGTTTCACACAATATCCATGCTGGAACACAGCTTAGCCCCGGAGGATGGGATATAATACCTGGCGCTATTTATAGTGAAGATCGAGAAAATAATGTTTTATTTGCTGAAGCCTTCATAACAACGCCTTACGTTTTTGTCATGCAAAAAGCGCCTGACAGTGAACAAACATTAAAAAAAGGAATGAAAGTTGCCATTCCATATTATTATGAGCTGCATTCGCA‑TAAAAAGAGATg < 1:825366/300‑1 (MQ=255) 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ttCTTAATATTATTACCTTGCAAACAGGTTTAAATTTTTCTCCGATCACCGTTTCACACAATATCCATGCTGGAACACAGCTTAGCCCCGGAGGATGGGATATAATACCTGGCGCTATTTATAGTGAAGATCGAGAAAATAATGTTTTATTTGCTGAAGCCTTCATAACAACGCCTTACGTTTTTGTCATGCAAAAAGCGCCTGACAGTGAACAAACATTAAAAAAAGGAATGAAAGTTGCCATTCCATATTATTATGAGCTGCATTCGCA‑TAAAAAGAGATGTATCCGGAGGTTGAATg < 2:32601/300‑1 (MQ=255) tCTTAATATTATTACCTTGCAAACAGGTTTAAATTTTTCTCCGATCACCGTTTCACACAATATCCATGCTGGAACACAGCTTAGCCCCGGAGGATGGGATATAATACCTGGCGCTATTTATAGTGAAGATCGAGAAAATAATGTTTTATTTGCTGAAGCCTTCATAACAACGCCTTACGTTTTTGTCATGCAAAAAGCGCCTGACAGTGAACAAACATTAAAAAAAGGAATGAAAGTTGCCATTCCATATTATTATGAGCTGCATTCGCA‑TAAAAAGAGATGTATCCGGAGGTTGAAt > 1:469195/1‑298 (MQ=255) aaTATTATTACCTTGCAAACAGGTTTAAATTTTTCTCCGATCACCGTTTCACACAATATCCATGCTGGAACACAGCTTAGCCCCGGAGGATGGGATATAATACCTGGCGCTATTTATAGTGAAGATCGAGAAAATAATGTTTTATTTGCTGAAGCCTTCATAACAACGCCTTACGTTTTTGTCATGCAAAAAGCGCCTGACAGTGAACAAACATTAAAAAAAGGAATGAAAGTTGCCATTCCATATTATTATGAGCTGCATTCGCA‑TAAAAAGAGATGTATCCGGAGGTTGAATGGATAc < 2:794054/300‑1 (MQ=255) aaTATTACTACCTTGCAAACAGGTTTAAATTTTTCTCCGATCACCGTTTCACACAATATCCATGCTGGAACACAGCTTAGCCCCGGAGGATGGGATATAATACCTGGCGCTATTTATAGTGAAGATCGAGAAAATAATGTTTTATTTGCTTAAGCCTTCATAACAACGCCTTACGTTTTTGTCATGCAAAAAGCGCCTGACAGTGAACAAACATTAAAAAAAGGAATGAAAGTTGCCATTCCATATTATTATGAACTGCATTCGCA‑TAAAAAGAGATGTATCCGGAGGTTGAAGGGATAc < 1:852683/300‑1 (MQ=255) atatTATTACCTTGCAAACAGGTTTAAATTTTTCTCCGATCACCGTTTCACACAATATCCATGCTGGAACACAGCTTAGCCCCGGAGGATGGGATATAATACCTGGCGCTATTTATAGTGAAGATCGAGAAAATAATGTTTTATTTGCTGAAGCCTTCATAACAACGCCTTACGTTTTTGTCATGCAAAAAGCGCCTGACAGTGAACAAACATTAAAAAAAGGAATGAAAGTTGCCATTCCATATTATTATGAGCTGCATTCGCA‑TAAAAAGAGATGTATCCGGAGGTTGAATGGATACa > 1:344840/1‑300 (MQ=255) atatTATTAACTTGCAAACAGGTTTAAATTTTTCTCCGATCACCGTTTCACACAATATCCATGCTGGAACACAGCTTAGCCCCGGAGGATGGGATATAATACCTGGCGCTATTTATCGTGAAGATCGAGAAAATAATGTTTTATTTGCTGAAGCCTTCATAACAACGCCTTACGTTTTTGTCATGCAAAAAGCGCCTGACAGTGAACACACATTAAAAAAAGGAATGAAAGTTGCCATTCCATATTATTATGAGCTGCATTCGCA‑TAAAAAGAGATGTCTCCGGAGGTTGGATGGATACa > 1:293190/1‑300 (MQ=255) tattatTACCTTGCAAACAGGTTTAAATTTTTCTCCGATCACCGTTTCACACAATATCCATGCTGGAACACAGCTTAGCCCCGGAGGATGGGATATAATACCTGGCGCTATTTATAGTGAAGATCGAGAAAATAATGTTTTATTTGCTGAAGCCTTCATAACAACGCCTTACGTTTTTGTCATGCAAAAAGCGCCTGACAGTGAACAAACATTAAAAAAAGGAATGAAAGTTGCCATTCCATATTATTATGAGCTGCATTCGCA‑TAAAAAGAGATGTATCCGGAGGTTGAATGGATACa > 1:697342/1‑299 (MQ=255) attattACCTTGCAAACAGGTTTAAATTTTTCTCCGATCACCGTTTCACACAATATCCATGCTGGAACACAGCTTAGCCCCGGAGGATGGGATATAATACCTGGCGCTATTTATAGTGAAGATCGAGAAAATAATGTTTTATTTGCTGAAGCCTTCATAACAACGCCTTACGTTTTTGTCATGCAAAAAGCGCCTGACAGTGAACAAACATTAAAAAAAGGAATGAAAGTTGCCATTCCATATTATTATGAGCTGCATTCGCA‑TAAAAAGAGATGTATCCGGAGGTTGAATGGATACa > 1:294703/1‑298 (MQ=255) ttattaCCTTGCAAACAGGTTTAAATTTTTCTCCGATCACCGTTTCACACAATATCCATGCTGGAACACAGCTTAGCCCCGGAGGATGGGATATAATACCTGGCGCTATTTATAGTGAAGATCGAGAAAATAATGTTTTATTTGCTGAAGCCTTCATAACAACGCCTTACGTTTTTGTCATGCAAAAAGCGCCTGACAGTGAACAAACATTAAAAAAAGGAATGAAAGTTGCCATTCCATATTATTATGAGCTGCATTCGCA‑TAAAAAGAGATGTATCCGGAGGTTGCATGGATACAGGt > 2:539665/1‑300 (MQ=255) 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GGGCGTTATGGGGGACATTCTTAATATTATTACCTTGCAAACAGGTTTAAATTTTTCTCCGATCACCGTTTCACACAATATCCATGCTGGAACACAGCTTAGCCCCGGAGGATGGGATATAATACCTGGCGCTATTTATAGTGAAGATCGAGAAAATAATGTTTTATTTGCTGAAGCCTTCATAACAACGCCTTACGTTTTTGTCATGCAAAAAGCGCCTGACAGTGAACAAACATTAAAAAAAGGAATGAAAGTTGCCATTCCATATTATTATGAGCTGCATTCGCAATTAAAAGAGATGTATCCGGAGGTTGAATGGATACAGGTCGATAATGCCAGCGCTGCATTTCACAAGGTTAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGCTAAATTCGCGTTACATGATCGATCATTACTATCCTAATGAACTTTATCATTTTCTTATTCCTGGCGTTCCGAATGCATCGCTTTCGTTCGCTTTTCCTCGCGGAGAACCGGAACTTAAGGATATTATTAATAAAGCACTGAATGCAATTCCCCCAAGCGAAGTTCTGCGCCTGACGGAAAAA > NC_000913/2485348‑2485924 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |