| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,484,827 | C→T | L152F (CTT→TTT) | evgS → | sensor histidine kinase EvgS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,484,827 | 0 | C | T | 99.4% | 534.6 / ‑2.9 | 157 | coding (454/3594 nt) | evgS | sensor histidine kinase EvgS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (77/79); minor base . (0/1); total (77/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
AGCAAAAAAAATCTTGTGATTGCAGTACATAAGTCCCAAACGGCTACGTTGTTGCATACCGATTCGCAGCAACGGGTTCGTGGTATTAATGCTGATTATTTAAATCTTTTAAAAAGAGCGTTAAATATCAAATTAACACTCCGGGAATACGCAGATCATCAAAAAGCAATGGACGCGCTTGCAGAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCCTTC‑ACGACTCAATGCGACCGCTTACCTCACCAAAACCAG‑TAAATATTGCTCGGGTAGCAAATTACCCCCCAGACGAGGTAATTCATCAATCATTTCCAAAAGCAACAATTATCTCTTTTACAAATTTATATCAGGCATTAGCATCCGTCTCAGCTGGGCACAATGATTACTTTATTGGTAGTAACATCATTACCAGCAGTATGATTTCCCGCTATTTCACTCACTCCTTAAATGTAGTGAAATATTATAACTCGCCGCGTCAATATAATTTTTTCTTGACCAGAAAAGAATC > NC_000913/2484533‑2485119 | aaaaaaTCTTGTGATTGCAGTACATAAGTCCCAAACTGCTACGTTGTTGCATACCGATTCGCAGCAACGGGTTCGTGGTATTAATGCTGATTATTTAAATCTTTTAAAAAGAGCGTTAAATATCAAATTAACACTCCGGGAATACGCAGATCATCAAAAAGCAATGGACGCGCTTGCAGAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCTTTC‑ACGACTc < 2:503960/300‑1 (MQ=255) 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ggTAACCACCTTTC‑ACGACTCAATGCGACCGCTTACCTCACCAAAACCAG‑TAAATATTGCTCGGGTAGCAAATTACCCCCCAGACGAGGTAATTCATCAATCATTTCCAAAAGCAACAATTATCTCTTTTACAAATTTATATCAGGCATTAGCATCCGTCTCAGCTGGGAACAATGATTACTTTATTGGTAGTAACCTCATTACCAGCAGTATGATTTCCCGCTATTTCACTCACTAATTAAATGTAGTGAAATATTATAAATCGCAGAGTCAATATAATTTTTTCTTGACAAGaa > 2:360517/1‑296 (MQ=255) tAACCACCTTTC‑ACGACTCAATGCGACCGCTTACCGCACCAAAACCAG‑TAAATATTGCGCGGGTAGCAAAGTACCCCCCAGACGAGGTAATTCAGCAATCATTTCCAAAAGCAACAATTATCTCTTTTACAAATTTATATCAGGCATTAGTATCCGTCTCAGCTGGGCACAATGATGACTTTATTGGTAGTAACATCATTACCAGCAGTATGATTTCCCGCTATTTCACTCACTCCTTAAATTTAGTGAAATATTATAACTCGCCGCTTCAATATAATTTTTTCTTGACCAGAAAAGAAt < 1:134855/300‑1 (MQ=255) aaCCACCTTTC‑ACGACTCAATGCGACCGCTTACCTCACCAAAACCAG‑TAAATATTGCTCGGGTAGCAAATTACCCCCCAGACTAGGTAATTCATCAATCATTTCCAAAAGCAACAATGATCTCTTTTACAAATTTATATCAGGCATTAGCATCCGTCTCAGCTGGGCACAATGATTACTTTATTGGTAGTAACATCATTACCAGCAGTATGATTTCCCGCTATTTCACTCACTCCTTAAATGTAGTGAAATATTATAACTCGCCGCGTCAATATAATTTTTTCTTGACCAGAAAAGAATc < 2:214256/300‑1 (MQ=255) | AGCAAAAAAAATCTTGTGATTGCAGTACATAAGTCCCAAACGGCTACGTTGTTGCATACCGATTCGCAGCAACGGGTTCGTGGTATTAATGCTGATTATTTAAATCTTTTAAAAAGAGCGTTAAATATCAAATTAACACTCCGGGAATACGCAGATCATCAAAAAGCAATGGACGCGCTTGCAGAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACATTGCTGCAACCAAACCATTGATAATTACCTTTCCGGCGCTGGTAACCACCCTTC‑ACGACTCAATGCGACCGCTTACCTCACCAAAACCAG‑TAAATATTGCTCGGGTAGCAAATTACCCCCCAGACGAGGTAATTCATCAATCATTTCCAAAAGCAACAATTATCTCTTTTACAAATTTATATCAGGCATTAGCATCCGTCTCAGCTGGGCACAATGATTACTTTATTGGTAGTAACATCATTACCAGCAGTATGATTTCCCGCTATTTCACTCACTCCTTAAATGTAGTGAAATATTATAACTCGCCGCGTCAATATAATTTTTTCTTGACCAGAAAAGAATC > NC_000913/2484533‑2485119 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |