| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,304,540 | C→T | intergenic (+147/+568) | eco → / ← mqo | serine protease inhibitor ecotin/malate:quinone oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,304,540 | 0 | C | T | 90.5% | 96.8 / 5.0 | 44 | intergenic (+147/+568) | eco/mqo | serine protease inhibitor ecotin/malate:quinone oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/3); new base T (19/19); total (20/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.66e-01 | |||||||||||
GAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCT‑GGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCG > NC_000913/2304246‑2304828 | gaaAGTTGGCACCGCGTAGCTGGGCGATGCGGGAATGCTGCGGTAAAAAAGCAAGCTGCCGAGAGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTTAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAATAGAAAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACGGCCGTGAAGTGCGGCAGCCCGTAGGTCAGACAATGCGGGCACGCCGCAGCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACACTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTTAAGTGCGCCACCCCGGAGGTCGGAGAAggt < 2:367791/300‑2 (MQ=21) aaaTTTGTCACCGCGTATCTGTTCGATGCTGGAATGCTGCTTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCACGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAGATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCATACAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATCCAACACCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACACTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGc < 2:185231/299‑1 (MQ=25) aCCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAcgcc < 1:303614/299‑1 (MQ=255) gTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATc < 1:754039/299‑1 (MQ=255) tATCTTGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATcc > 1:358761/1‑299 (MQ=255) tATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATcc > 1:145803/1‑299 (MQ=255) tATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTCATGCCGCATc > 2:603996/1‑298 (MQ=255) 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gtgtATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCTGAAGAGATAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCT‑GGCGCGTCTTATCa > 1:245216/1‑300 (MQ=17) gtATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGANATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGATGTGAAGTGCTCAACCCAGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCT‑GGCGCGTCTTATc > 2:691906/1‑297 (MQ=17) gtATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCT‑GGCGCGTCTTATCa > 1:791181/1‑298 (MQ=255) 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cGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATNAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCT‑GGCGCGTCTTATCAGGCCTac > 1:199187/1‑300 (MQ=255) ataCAATGTAGATTTTAAGTACCTCGTCTGGAATGCGGAAGAGAAAATGGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCATCCTGTAGTTCAGACAAGGCGGTCATGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCGTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATGAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAGCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCT‑GGCGCGTCTGATCAGGCCTacac < 2:132983/296‑1 (MQ=14) aaacgatttaaatggtaaGTAACGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTTAAGTTCGGCACCCCCTAGTTCAGACAAGGCAGTCACGCCACATCCGACATCCAACTCCCGATCCGGTTGCATGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGTCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGGAGGGCGGATAAGGCGGTGACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCT‑GGCGCGTCGTATCAGGCCTacac < 2:519354/282‑1 (MQ=14) aGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCNTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCT‑GGCGCGTCTTATCAGGCCTacac < 1:709945/298‑1 (MQ=255) aGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCT‑GGCGCGTCTTATCAGGCCTacac < 1:136924/298‑1 (MQ=255) aGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCT‑GGCGCGTCTTATCAGGCCTACAcc < 1:665976/299‑1 (MQ=255) 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gATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGACCTACACCGCTGTGGAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGAAATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCT‑GGCGCGTCTTATCAGGCCTAAACCGCTGTGAAGt > 1:167709/1‑299 (MQ=14) cgTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCT‑GGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTa > 1:735480/1‑298 (MQ=255) aggggaaaTTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCCTAGGTCAGACAAGGCAGTCACGCCACATCCGACATCCAACACCCTAGCCAATTGCCTGATGCGACGCTGGCGCTTCTTACCAGGCCTACACCGCTGGGAAGTGCTCCACTCCCTAGGTCGGAGGAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCT‑GGCGCGTCTTATCAGGACTACACCGCTGTGa < 2:97151/262‑1 (MQ=11) 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gTAGTTCAGATAAGGCGGTCATGCTACATCCGTTATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCT‑GGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTTAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAATGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGTCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACACTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTTCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgcg < 2:673626/299‑1 (MQ=11) | GAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCT‑GGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCG > NC_000913/2304246‑2304828 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |