| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.10e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
ACATATTCGCCAGCGCGACTTAATGTTATTGCTTGAGCAACTGGTCACGCTGATCGACGAAGGGTACACTAGCGGAAGTCAGTTAGTTGCCATGCAAAACTATATGCTGCAACGCGGTCATACTGAACAAGCGGATTTGTTTTACGGTGTGTTGAGAGACAGGGAAACGGGAGGGGAGTCTATGATGACGCTGGCGCAG‑TGGTTTGAAGAGAAAGGGATTGAGAAGGGGATTCAGCAGGGAAGACAGGAAGTAAGTCAGGAATTCGCCCAGCGTCTTCTGAGTAAAGGAATGTCTCGGGAAGACGTTGCAGAGATGGCAAATTTACCTCTTGCTGAGATTGATA‑AGGTAATTAACCTTATTTAAGTTACCTGTGTTATGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGTTAAGTATTACGCCAGCTCGACCATTTTGTTGTCGATCAGGCGAGCATCGCCAAGCCAGGCGGCTACCAGAATTACTGCCCGTTTGCTGGTTTCAGAAACTTCCAGCAATGTGTCGGCATCGCGAATCTGAATATCATCGGCGCGGAAGCCTTTTTCATTC > NC_000913/147507‑148097 | aCATATTCGCCAGCGCGACTTAATGTTATTGCTTGAGCAACTGGTCACGCTGATCGACGAAGGGTACACTAGCGGAAGTCAGTTAGTTGCCATGCAAAACTATATGCTGCAACGCGGTCATACTGAACAAGCGGATTTGTTTTACGGTGTGTTGAGAGACAGGGAAATGGGAGGGGAGTCTATGATGACGCTGGCGCAG‑TGGTTTGAAGAGAAAGGGATTGAGAAGGGGATTCAGCAAGGAAGACAGGCAGTAAGTCAGAAATCCGCCCAGCGTCTTCTGAGTAAAGGAATGTCTAGGGa > 2:255701/1‑300 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gTCTTCTGAGTAAAGGAATGTCTCGGGAAGACGTTGCAGAGATGGCAAATTTACCTCTTGCTGAGATTGATA‑AGGTAATTAACCTTATTTAAGTTACCTGTGTTATGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGTTAAGTATTACGCCAGCTCGACCATTTTGTTGTCGATCAGGCGAGCATCGCCAAGCCAGGCGGCTACCAGAATTACTGCCCGTTTGCTGGTTTCAGAAACTTCCAGCAATGTGTCGGCATCGCGAATCTGAATATCATCGgc > 1:505592/1‑300 (MQ=255) cttctGAGTAAAGGAATGTCTCGGGAAGACGTTGCAGAGATGGCAAATTTACCTATTGCTGAGGTTGATA‑AGGTAATTAACCTTATTTAAGTTACCTGTGTTATGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGTTAAGTATTACGCCAGCTCGACCATTTTGTTGTCGATCAGGCGAGCATCGACAAGCCAGGCGGCTACCAGAATTACTGCCCGTCTGCTGGTTTCAGAAACTTCCAGCAATGTGTTGGCATCGCGAATTTGAATATCATCGgcgc > 2:285693/1‑300 (MQ=255) cttctGAGTAAAGGAATGTCTAGGGAAGACGTTGCAGAGATGGCAAATTTACCTCTTGCTGAGATTGATA‑AGGTAATTAACCTTATTTAAGTTACCTGTGTTATGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGTTAAGTATTACGCCAGCTCGACCATTTTGTTGTCGATCAGGCGAGCATCGCCAAGCCAGGCGGCTNCCAGAATTACTGCCCGTTTGCTGGTTTCAGAAACTTCCAGCAATGTGTCGGCATCGCGAATCTGAATATCATCGgcgc > 1:703007/1‑300 (MQ=255) ttctGAGTAAAGGAATTTCTCGGTAAGACGTTGCAGAGATTGCAAATTTCCCTCTTGCTGAGATTGATA‑AGGTAATTAACCTTATTTAAGTTACCTGTGTTATGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGTTAAGTATTACGCCAGCTCGACCATTTTGTTGTCGATCAGGCGAGCATCGCCAAGCCAGGCGGCTACCAGAATTACTGCCCGTTTGCGGGTTTCAGAGACTTCCAGCAAGGTGTCGGCATCGCGAATCTGAATATCATCGgcgc < 2:541416/299‑1 (MQ=255) gAGTAAAGGAATGTCTCGGGAAGACGTTGCAGAGATGGCAAATTTACCTCTTGCTGAGATTGATA‑AGGTAATTAACCTTATTTAAGTTACCTGTGTTATGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGTTAAGTATTACGCCAGCTCGACCATTTTGTTGTCGATCAGGCGAGCATCGCCAAGCCAGGCGGCTACCAGAATTACTGCCCGTTTGCTGGTTTCAGAAACTTCCAGCAATGTGTCGGCATCGCGAATCTGAATATCATCGGCGCGGaa > 1:845280/1‑299 (MQ=255) gAGTAAAGGAATGTCTCGGGAAGACGTTGCAGAGATGGCAAATTTACCTATTGCTGAGATTGATA‑AGGTAATTAACCTTATTTAAGTTACCTGTGTTATGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGTTAAGTATTACGCCAGCTCGACCATTTTGTTGTCGATCAGGCGAGCATCGACAAGCCAGGCGGCTACCAGAATTACTGCCCGTTTGCTGGTTTCAGAAACTTCCAGCAATGTGTCGGCATCGCGAATCTGAATATCATCGGCGCGGaa > 2:897848/1‑299 (MQ=255) gAGTAAAGGAATGTCTAGGGAAGACGTTGCAGAGATGGCAAATTTACCTCTTGCTGAGATTGATA‑AGGTAATTAACCTTATTTAAGTTACCTGTGTTATGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGTTAAGTATTACGCCAGCTCGACCATTTTGTTGTCGATCAGGCGAGCATCGCCAAGCCANGCGGCTACCAGAATTACTGCCCGTTTGCTGGTTTCAGAAACTTCCAGCAATGTGTCGGCATCGCGAATCTGAATATCATCGGCGCGGaa > 2:761292/1‑299 (MQ=255) gTAAAGGAATGTCTAGGGGAGACGTTGCAGAGATGGCAAATTTACCTCTTGCTGAGATTGATA‑AGGTAATTAACCTTATTTAAGTTACCTGTGTTATGACAGATGACGTGGGGTAAATTCATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGTTAAGTATTACGCCAGCTCGACCATTTTGTTGTCGATCAGGCGAGCATCGCAAAGCCAGGTGGCTAACAGAATTACTGCCCGTTTGCTGGTTTCAGAAACTTCCAGCAATGTGTCGGCATCGAGAATCTGAATATCATCGGCGCGGa > 2:263035/1‑296 (MQ=255) ggAATGTCTAGGGAAGACGTTGCAGAGATGGCAAATTTACCTCTTGCTGAGATTGATA‑AGGTAATTAACCTTATTTAAGTTACCTGTGTTATGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGTTAAGTATTACGCCAGCTCGACCATTTTGTTGTCGATCAGGCGAGCATCGCCAAGCCAGGCGGCTACCAGAATTACTGCCCGTTTGCTGGTTTCAGAAACTTCCAGCAATGTGTCGGCATCGCGAATCTGAATATCATCGGCGCGGAAGCCttttt > 1:944245/1‑300 (MQ=255) | ACATATTCGCCAGCGCGACTTAATGTTATTGCTTGAGCAACTGGTCACGCTGATCGACGAAGGGTACACTAGCGGAAGTCAGTTAGTTGCCATGCAAAACTATATGCTGCAACGCGGTCATACTGAACAAGCGGATTTGTTTTACGGTGTGTTGAGAGACAGGGAAACGGGAGGGGAGTCTATGATGACGCTGGCGCAG‑TGGTTTGAAGAGAAAGGGATTGAGAAGGGGATTCAGCAGGGAAGACAGGAAGTAAGTCAGGAATTCGCCCAGCGTCTTCTGAGTAAAGGAATGTCTCGGGAAGACGTTGCAGAGATGGCAAATTTACCTCTTGCTGAGATTGATA‑AGGTAATTAACCTTATTTAAGTTACCTGTGTTATGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGTTAAGTATTACGCCAGCTCGACCATTTTGTTGTCGATCAGGCGAGCATCGCCAAGCCAGGCGGCTACCAGAATTACTGCCCGTTTGCTGGTTTCAGAAACTTCCAGCAATGTGTCGGCATCGCGAATCTGAATATCATCGGCGCGGAAGCCTTTTTCATTC > NC_000913/147507‑148097 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |