| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1067753 = | 167 (1.380) | 39 (0.320) | 27/588 | 3.3 | 18.9% | intergenic (‑45/‑328) | wrbA/ymdF | NAD(P)H:quinone oxidoreductase/stress‑induced bacterial acidophilic repeat motifs‑containing protein YmdF |
| ? | NC_000913 | = 1470516 | NA (NA) | noncoding (1221/1221 nt) | IS30 | repeat region | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
AAAATCACTGACATGGGACAGAGGAATGGAACTGGCCAGACATCTAGAATTTACTGTCAGCACCGGCGTTAAAGTTTACTTCTGCGATCCTCAGAGTCCTTGGCAGCGGGGAACAAATGAGAACACAAATGGGCTAATTCGGCAGTACTTTCCTAAAAAGACATGTCTTGCCCAATATACTCAACATGAACTAGATCTGGTTGCTGCTCAGCTAAACAACAGACCGAGAAAGACACTGAAGTTCAAAACACCGAAAGAGATAATTGAAAGGGGTGTTGCATTGACAGATTGAATCTACACTGTTGAAATTCAGAATTTAGGTTTTGCTTTTGTTACTGGTGAAAATACAACAGGTATAAATAGTGGCACGATCTCGTTATTACAAAATGGTAAAGATCCGGCACCGTCTCCCATTGTTTTACTGGCTACTAACGGAGGGAGCGCCACTAATGCAGGTACGATCACAGGTAAAGTGACGGAACAACATAGCGTATTTAACAAGTATTCAACGGGCACATCGAATTCATTTATTTTTAATAACGATGTCAGTAGCATAACAGGGTTAGTCGCTCAATCGAATAGCACAATTATCAATAC > NC_000913/1470218‑1470814 | aaaaTCACTGACATGGGACAGAGGAATGGAACTGGCCAGACATCTAGAATTTACTGTCAGCACCGGCGTTAAAGTTTANTTCTGCGATCCTCAGAGTCCTTGGCAGCGGGGAACAAATGAGAACACAAATGGGCTAATTCGGCAGTACTTTCCTAAAAAGACATGTCTTGCCCAATATACTCAACATGAACTAGATCTGGTTGCTGCTCAGCTAAACAACAGACCGAGAAAGACACTGAAGTTCAAAACACCGAAAGAGATAATTGAAAGGGGTGTTGCATTGACAGATTGAATCTacac < 1:190034/300‑1 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(MQ=11)aaaaTCACTGACATGGGACAGAGGAATGGAACTGGCCAGACATCTAGAATTTACTGTCAGCACCGGCGTTAAAGTTTACTTCTGCGATCCTCAGAGTCCTTGGCAGCGGGGAACAAATGAGAACACAAATGGGCTAATTCGGCAGTACTTTCCTAAAAAGACATGTCTTGCCCAATATACTCAACATGAACTAGATCTGGTTGCTGCTCAGCTAAACAACAGACCGAGAAAGACACTGAAGTTCAAAACACCGAAAGAGATAATTGAAAGGGGTGTTGCATTGACAGATTGAATCTacac < 1:515983/300‑1 (MQ=11)aaaaTCACTGACATGGGACAGAGGAATGGAACTGGCCAGACATCTAGAATTTACTGTCAGCACCGGCGTTAAAGTTTACTTCTGCGATCCTCAGAGTCCTTGGCAGCGGGGAACAAATGAGAACACAAATGGGCTAATTCGGCAGTACTTTCCTAAAAAGACATGTCTTGCCCAATATACTCAACATGAACGAGATCTGGTTGCTGCTCAGCTAAACAACAGACCGAGAAAGACACTGAAGTTCAAAACACCGAAAGAGATAATTGAAAGGGGTGTTGCATTGACAGATTGAATCTacac < 1:135315/300‑1 (MQ=11)aaaaTCACTGACATGGGACAGAGGAATGGAACTGGCCAGACATCTAGAATCTACTGTCAGCACCGGCGTTAAAGTTTACTTCTGCGATCCTCAGAGTCCTTGGCAGCGGGGAACAAATGAGAACACAAATGGGCTAATTCGGCAGTACTTTCCTAAAAAGACATGTCTTGCCCAATATACTCAACATGAACTAGATCTGGTTGCTGCTCAGCTAAACAACAGACCGAGAAAGACACTGAAGTTCAAAACACCGAAATAGATAATTGAAAGGGGTGTTGCATTGACAGATTGAATCTacac < 2:65291/300‑1 (MQ=11) 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aTTGAATCTACACTGTTGAAATTCAGAATCTAGGTTTTGCTTTTGTTACTGGTGAAAATACAACAGGTATAAATAGTGGCACGATCTCGTTATTACAAAATGGTAAAGATCCGGCACCGTCTCCCATTGTTTTACTGGCTACTAACGGAGGGAGCGCCACTAATGCAGGTACGATCACAGGTAAAGTGACGGAACAACATAGCGTATTTAACAAGTATTCAACGGGCACATCGAATTCATTTATTTTTAATAACGATGTCAGTAGCATAACAGGGTTAGTAGCTCAATCGAATAg < 1:761986/295‑1 (MQ=255) aaTCTACACTGTTGAAATTCAGAATTTAGGTTTTGCTTTTGTTACTGGTGAAAATACAACAGGTATAAATAGTGGCACGATCTCGTTATTACAAAATGGTAAAGATCCGGCACCGTCTCCCATTGTTTTACTGGCTACTAACGGAGGGAGCGCCACTAATGCAGGTACGATCACAGGTAAAGTGACGGAACAACATAGCGTATTTAACAAGTATTCAACGGGCACATCGAATTCATTTATTTTTAATAACGATGTCAGTAGCATAACAGGGTTAGTCGCTCAATCGAATAGCACAATTAt > 1:629912/1‑300 (MQ=255) aaTCTACACTGTTGAAATTCAGAATTTAGGTTTTGCTTTTGTTACTGGTGAAAATACAACAGGTATAAATAGTGGCACGATCTCGTTATTACAAAATGGTAAAGATCCGGCACCGTCTCCCATTGTTTTACTGGCTACTAACGGAGGGAGCGCCACTAATGCAGGTACGATCACAGGTAAAGTGACGGAACAACATAGCGTATTTAACAAGTATTCAAAGGGCACATCGAATTCATTTATTTTTAATAACGATGTCAGTAGCATAACAGGGTTAGTCGCTCCATCGAATAGCACAAttct > 2:364612/1‑298 (MQ=255) 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AAAATCACTGACATGGGACAGAGGAATGGAACTGGCCAGACATCTAGAATTTACTGTCAGCACCGGCGTTAAAGTTTACTTCTGCGATCCTCAGAGTCCTTGGCAGCGGGGAACAAATGAGAACACAAATGGGCTAATTCGGCAGTACTTTCCTAAAAAGACATGTCTTGCCCAATATACTCAACATGAACTAGATCTGGTTGCTGCTCAGCTAAACAACAGACCGAGAAAGACACTGAAGTTCAAAACACCGAAAGAGATAATTGAAAGGGGTGTTGCATTGACAGATTGAATCTACACTGTTGAAATTCAGAATTTAGGTTTTGCTTTTGTTACTGGTGAAAATACAACAGGTATAAATAGTGGCACGATCTCGTTATTACAAAATGGTAAAGATCCGGCACCGTCTCCCATTGTTTTACTGGCTACTAACGGAGGGAGCGCCACTAATGCAGGTACGATCACAGGTAAAGTGACGGAACAACATAGCGTATTTAACAAGTATTCAACGGGCACATCGAATTCATTTATTTTTAATAACGATGTCAGTAGCATAACAGGGTTAGTCGCTCAATCGAATAGCACAATTATCAATAC > NC_000913/1470218‑1470814 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |