| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | = 3807328 | 60 (0.500) | coding (771/1035 nt) | waaQ | lipopolysaccharide core heptosyltransferase 3 | |||||
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
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(MQ=255) g‑ATTATAGCATTTCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGT‑TTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCACTGCCGTAAAACATGGCAACTGCAGTTCACTTACACCGCTTCTCAACCCGGTACGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTTGGATGCCGGGCAACAGc > 1:14862/1‑300 (MQ=255) aacATTTCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGT‑TTTTTAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCACTGCCGTAAAACATGGCAACTGCAGTTCACTTACACCGCTTCTCAACCCGGTACGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTTGGATGCCGGGCAACAGCCCGCAt < 2:138262/298‑1 (MQ=255) tCAATATTTACTTATGACATTAAAGTTGATGCTGCCAACCTACTGATTTAGTGTATGATGGTGT‑TTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCACTGCCGTAAAACATGGCAACTGCAGTTCACTTACACCGCTTCTCAACCCGGTACGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTTGGATGCCGGGCAACAGCCCGCATTATggg < 2:913743/300‑1 (MQ=255) aaTATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGT‑TTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCACTGCCGTAAAACATGGCAACTGCAGTTCACTTACACCGCTTCTCAACCCGGTACGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTTGGATGCCGGGCAACAGCCCGCATTATGGGCg < 2:40997/300‑1 (MQ=38) atatTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGT‑TTTTGAGGTGCTCCAGTTGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCACTGCCGTAAAACATGGCAACTGCAGTTCACTTACACCGCTTCTCAACCCGGTACGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTTGGATGCCGGGCAACAGCCCGCATTATGGGCGt > 1:514110/1‑300 (MQ=37) tACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGT‑TTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCACTGCCGTAAAACATGGCAACTGCAGTTCACTTACACCGCTTCTCAACCCGGTACGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTTGGATGCCGGGCAACAGCCCGCATTATGGGCGTTGGcc < 1:666662/300‑1 (MQ=35) cATTCAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGGTGGTGT‑TTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCACTGCCGTAACACATGGCAACTGCAGTTCACTTACACCGCTTCTCAACCCGGTACGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTTGGATGTCGGGCAACAGCCCGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGa > 2:943422/1‑300 (MQ=2) cATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGT‑TTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCACTGCCGTAAAACATGGCAACTGCAGTTCACTTACACCGCTTCTCAACCCGGTACGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTTGGATGCCGGGCAACAGCCCGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGa > 1:136260/1‑300 (MQ=32) | AAGTATAATCCAAATAGAATTTAATTCTAATTCAACTAATTGCCTGGAGAAGTTATGTAATGAAGTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAA‑‑GAGCAATGGATGGA‑TTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAG‑CCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACC‑‑CT‑‑GATCTACAAGAACG‑‑GTTAGTGATCGGGG‑ATTATAGCATTTCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGT‑TTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCACTGCCGTAAAACATGGCAACTGCAGTTCACTTACACCGCTTCTCAACCCGGTACGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTTGGATGCCGGGCAACAGCCCGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGA > NC_000913/3583130‑3583720 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |