| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 308155 = | 111 (0.930) | 11 (0.090) | 11/584 | 6.9 | 9.0% | coding (1178/2526 nt) | ecpC | putative fimbrial usher protein EcpC |
| ? | NC_000913 | = 382590 | NA (NA) | noncoding (1331/1331 nt) | IS2 | repeat region | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
GTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGTCGAGGCACCTGCTAGCCAACTCTCTTTAGCTGGTCGCGTCTTTTTCCCGTTTTCCGACCAGCGATCCATATGAAAGCTACCGCCCCATACCTGCCACGCCAGTGGTGCACCGACGCCGCGCCCCCGGCTAAACAGCTTATTGACCCGCTGGGTGCGTTTGCTGATCACGCGACCGTTAACGATCACCTCAACTTCCACATCGTAAATCCCGTACGGTAGACCCCGGGTATCCACTTCATGATTGCCCATAGTGAAGTTCTGAACGCTTAGTAGCCGCCCATCACGGGTGAGATGTACTT > NC_000913/307860‑308446 | gTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGTCGAGGCACCTGc > 1:870832/1‑300 (MQ=255) ttCAGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGTTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAACCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGTCGAGGCACCTGCt < 2:803851/300‑1 (MQ=255) cAGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCAACCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGTCGAGGCACCTGCTa > 1:614715/1‑299 (MQ=255) aGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCTGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGTCGAGGCACCTGCTAGc < 2:681251/300‑1 (MQ=255) aGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTACCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCCAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGTCGAGGCACCTGCTAGc > 2:28503/1‑300 (MQ=255) ggTTGGGTGTGCCGCCGATTGCACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGTCGAGGCACCTGCTAGcc < 2:977972/300‑1 (MQ=255) ggTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGTCGAGGCACCTGCTAgac < 1:840760/300‑3 (MQ=255) 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gTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGCGCCGGAGGTCGAGGCACCTTCTAgactggccccatggatctccagacaaac > 2:270977/1‑273 (MQ=255) gTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCAGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTCTCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGTCGAGGCACCTGCTAgactggccccctgaatctccagacaacc > 2:271076/1‑273 (MQ=255) tCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGTCGAGGCACCTGCTAGCCAACTCTCTTTAGCTGGTCGCGTCTTTTTCCCGTTTTCCGACCa > 1:164136/1‑300 (MQ=255) 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atatatgggcaaatccACCTGCTAGCCAACTCTCTTTAGCTGGTCGCGTCTTTTTCCCGTTTTCCGACCAGCGATCCATATGAAAGCTACCGCCCCATACCTGCCACGCCAGTGGTGCACCGACGCCGCGCCCCCGGCTAAACAGCTTATTGACCCGCTGGGTGCGTTTGCTGATCACGCGACCGTTAACGATCACCTCAACTTCCACATCGTAAATCCCGTACGGTAGACCCCGGGTATCCACTTCATGATTGCCCATAGTGAAGTTCTGAACGCTTAGTAGCCGCCCATCACGGGTg < 2:120209/284‑1 (MQ=255) ggTCGAGGCACCTGCTAGCCAACTCTCTTTAGCTGTTCGCGTCTTTTTCCCGTTTTCCGACCAGCGATCCATATGAAAGCTACCGCCCCATACCTGCCACGCCATTGGTGCACCGACGCCGCGCCCCCGGCTAAACAGCTTATTGACCCGCTGGGTGCGTTTGCTGATCACGCGACCGTTAACGATCACCTCAACTTCCACATCGTAAATCCCGTACGGTAGACCCCGGGTATCCACTTCATGATTGCCCATAGTGAAGTTCTGAACGCTTAGTAGCCGCCCATCACGGGTGAGATGTAc < 2:100779/300‑1 (MQ=255) tCGAGGCACCTGCTAGCCAACTCTCTTTAGCTGGTCGCGTCTTTTTCCCGTTTTCCGACCAGCGATCCATATGAAAGCTACCGCCCCATACCTGCCACGCCAGTGGTGCACCGACGCCGCGCCCCCGGCTAAACAGCTTATTGACCCGCTGGGTGCGTTTGCTGATCACGCTACCGTTAACGATCACCTCAACTTCCACATCGTAAATCCCGTACGGTAGACCCCGGGTATCCACTTCATGATTGCCCATAGTGAAGTTCTGAACGCTTAGTAGCCGCCCATCACGGGTGAGATGTACtt < 2:911371/300‑1 (MQ=255) | GTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGTCGAGGCACCTGCTAGCCAACTCTCTTTAGCTGGTCGCGTCTTTTTCCCGTTTTCCGACCAGCGATCCATATGAAAGCTACCGCCCCATACCTGCCACGCCAGTGGTGCACCGACGCCGCGCCCCCGGCTAAACAGCTTATTGACCCGCTGGGTGCGTTTGCTGATCACGCGACCGTTAACGATCACCTCAACTTCCACATCGTAAATCCCGTACGGTAGACCCCGGGTATCCACTTCATGATTGCCCATAGTGAAGTTCTGAACGCTTAGTAGCCGCCCATCACGGGTGAGATGTACTT > NC_000913/307860‑308446 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |