| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,399,444 | 2 bp→TC | coding (82‑83/753 nt) | fnr ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator FNR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,399,444 | 0 | A | T | 98.0% | 360.7 / ‑0.1 | 102 | L28D (CTT→GAT) | fnr | DNA‑binding transcriptional dual regulator FNR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base T (60/40); total (61/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 1,399,445 | 0 | G | C | 98.0% | 373.6 / ‑1.9 | 99 | L28D (CTT→GAT) | fnr | DNA‑binding transcriptional dual regulator FNR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (60/37); total (61/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATGGTATAACTTTTAATCGTACCGGAGCGGATGGCATAAAGCGATTTAAGTTCATCACCAGCCTTAAACAGCGTCTGGCCTTTCTGAATAGGCTTCTTCCGCTCAATGATATTATCAAGCTGATCAAGCTCATGTTCGTTGAGTGTGAACGGGATGCAAAGCTGGCTGATGCTGCAATCCTGGCAATGGATAGCACAACCGCCAGACTGAATGCGCCGTATAATTCGCTTTTCCGGGATCATAGGTCTGCTCAAGCCGTAATTGATATTTGTCAATTTTAACATCTTTTTAGGGAGCAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAACTTTACATAAAAGTGTGAACAAGCTGGCACAAATTGTTTAATGTTTACAGCAAAAGATA > NC_000913/1399154‑1399735 || ggATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGTGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTTCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATGGTATAACTTTTAATCGTACCGGAGCGGATGGCATAAAGCGATTTAAGTTCATCACCAGCCTTAAACAGCGTCTGGCCTTTCTGAATAGGCTTCTTCCGCTCAATGATATTATCAAGCTGATCAAGCTCATGTTCGTTGAGTGTGAACTGGATGCAATcctggct < 2:350332/298‑1 (MQ=255) aTTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGTTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATAGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATGGTATAACTTTTAATCGTACCGGAGCGGATGGCATAAAGCGATTTAAGTTCATCACCAGCCTTAGACAGCGTCCGGCCTTTCTGAATAGGCTTCTTCCGCTCAATGATATTATCAAGCTGATCAAGCTCATGTTCGTTGAGTGTGAACGGGATGCAATcctggct < 2:35478/296‑1 (MQ=255) aTTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATGGTATAACTTTTAATCGTACCGGAGCGGATGGCATAAAGCGATTTAAGTTCATCACCAGCCTTAAACAGCGTCTGGCCTTTCTGAATAGGCTTCTTCCGCTCAATGATATTATCAAGCTGATCAAGCTCATGTTCGTTGAGTGTGAACGGGATGCAATcctggct < 2:298687/296‑1 (MQ=255) tttCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAAACAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATGGTATAACTTTTAATCGTACCGGAGCGGATGGCATAAAGCGATTTCAGTTCATCACCCGCCTTAAACAGCGTCTGGCCTTTCTGAATAGGCTTCTTCCGCTCAATGATATTATCAAGCTGATCAAGCTCATGTTCGTTGAGTGTGAACGGGATGCAATCCTGGCTGAt > 2:222828/1‑298 (MQ=255) 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gtgtGAACGGGATGCAATCCTGGCTGATGCTGCAATCCTGGCAATGGATAGCACAACCGCCAGACTGAATGCGCCGTATAATTCGCTTTTCCGGGATCATAGGTCTGCTCAAGCCGTAATTGATATTTGTCAATTTTAACATCTTTTTAGGGAGCAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAACTTTACATAAAAGTGTGAACAAGCTGGCACAAATTGTTTAATGTTTACa > 2:394990/1‑299 (MQ=255) gtgtGAACGGGATGCAATCCTGGCTGATGCTGCAATCCTGGCAATGGATAGCACAACCGCCAGACTGAATGCGCCGTATAATTCGCTTTTCCGGGATCATAGGTCTGCTCAAGCCGTAATTGATATTTGTCAATTTTAACATCTTTTTAGGGAGCAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAACTTTACATAAAAGTGTGAACAAGCTGGCACAAATTGTTTAATGTTTACa > 1:90469/1‑299 (MQ=255) gtgtGAACGGGATGCAATCCTGGCTGATGCTGCAATCCTGGCAATGGATAGCACAACCGCCAGACTGAATGCGCCGTATAATTCGCTTTTCCGGGATCATAGGTCTGCTCAAGCCGTAATTGATATTTGTCAATTTTAACATCTTTTTAGGGAGCAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTATTAAGGGTAACTTTACATAAAAGTGTGAACAAGCTGGCACAACTTGTTTAATGTTTACa > 2:47085/1‑299 (MQ=255) 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GGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATGGTATAACTTTTAATCGTACCGGAGCGGATGGCATAAAGCGATTTAAGTTCATCACCAGCCTTAAACAGCGTCTGGCCTTTCTGAATAGGCTTCTTCCGCTCAATGATATTATCAAGCTGATCAAGCTCATGTTCGTTGAGTGTGAACGGGATGCAAAGCTGGCTGATGCTGCAATCCTGGCAATGGATAGCACAACCGCCAGACTGAATGCGCCGTATAATTCGCTTTTCCGGGATCATAGGTCTGCTCAAGCCGTAATTGATATTTGTCAATTTTAACATCTTTTTAGGGAGCAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAACTTTACATAAAAGTGTGAACAAGCTGGCACAAATTGTTTAATGTTTACAGCAAAAGATA > NC_000913/1399154‑1399735 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |