| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,342,265 | T→G | V115V (GTT→GTG) | pyrF → | orotidine‑5'‑phosphate decarboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,342,265 | 0 | T | G | 90.9% | 147.5 / 1.8 | 45 | V115V (GTT→GTG) | pyrF | orotidine‑5'‑phosphate decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/2); new base G (20/20); total (22/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
GCCCTTGATTATCATAATCGTGATGACGCGCTGGCCTTTGTCGACAAGATCGACCCACGCGATTGTCGTCTGAAGGTCGGCAAAGAGATGTTTACATTGTTTGGGCCACAGTTTGTGCGCGAACTTCAACAGCGTGGTTTTGATATCTTTCTTGACCTGAAATTCCACGATATCCCCAACACTGCAGCGCACGCTGTCGCTGCTGCAGCTGACTTAGGCGTGTGGATGGTGAATGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCAAACTGGTTACGCCGGGCATTCGTCCGCAGGGGAGTGAAGCTGGTGACCAGCGCCGCATTAT > NC_000913/1341978‑1342534 | gCCCTTGATTATCATAATCGTGATGACGCGCTGGCCTTTGTCGACAAGATCGACCCACGCGATTGTCGTCTGAAGGTCGGCAAAGAGATGTTTACATTGTTTGGGCCACAGTTTGTGCGCGAACTTCAACAGCGTGGTTTTGATATCTTTCTTGACCTGAAATTCCACGATATCCCCAACACTGCAGCGCACGCTGTCGCTGCTGCAGCTGACTTAGGCGTGTGGATGGTGAATGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTGCCGTTTGGCaaa > 1:484903/1‑300 (MQ=255) tGATTATCATAATCGTGATGACGCGCTGGCCTTTGTCGACAAGATCGACCCACGCGATTGTCGTCTGAAGGTCGGCAAAGAGATGTTTACATTGTTTGGGCCACAGTTTGTGCGCGAACTTCAACAGCGTGGTTTTGATATCTTTATTGACCTGAAATTCCACGATATCCCCAACACTGCAGCGCACGCTGTCGCTGCTGCAGCTGACTTAGGCGTGTGGATGGTGAATGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTGCCGTTTGGCAAAGATGc > 2:162132/1‑300 (MQ=255) aTTATCATACTCGTGATGACGCGCTGTCCTTTGTCGACAAGATCGACCCACGCGATTTTCGTCTGAAGGTCGGCAAAGAGATGTTTACATTGTTTGGGCCACAGTTTGTGCGCGAACGTCAACAGCGTGGTTTTGATATCTTTCTTGACCTGAAATTCCACGATATCCCCAACACTGCAGCGCACGCTGTCGCTGCTGCAGCTGACTTAGGCGTGTGGATGGTGAGTGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTGCCGTTTGGCAAAGATGCAc < 2:327515/300‑1 (MQ=255) gcgcTGGCCTTTGTCGACAAGATCGACCCACGCGATTGTCGTCTGAAGGTCGGCAAAGAGATGTTTACATTGTTTGGGCCACAGTTTGTGCGCGAACTTCAACAGCGTGGTTTTGATATCTTTCTTGACCTGAAATTCCACGATATCCCCAACACTGCAGCGCACGCTGTCGCTGCTGCAGCTGACTTAGGCGTGTGGATGGTGAATGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTGCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGAc < 2:411844/299‑1 (MQ=255) 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ccccAACACTGCAGCGCACGCTGTCGCTGCTGCAGCTGACTTAGGCGTGTGGATGGTGAATGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTaa > 1:435632/1‑300 (MQ=255) ccccAACACTGCAGCGCACGCTGTCGCTGCTGCAGCTGACTTAGGCGTGTGGATGGTGAATGTTCATGCCTATGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTaa > 1:103870/1‑300 (MQ=255) cTGCAGCGCACGCTGTCGCTGCTGCAGCTGACTTAGGCGTGTGGATGGTGAATGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTGCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCATTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTAt > 2:258942/1‑300 (MQ=255) 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GCCCTTGATTATCATAATCGTGATGACGCGCTGGCCTTTGTCGACAAGATCGACCCACGCGATTGTCGTCTGAAGGTCGGCAAAGAGATGTTTACATTGTTTGGGCCACAGTTTGTGCGCGAACTTCAACAGCGTGGTTTTGATATCTTTCTTGACCTGAAATTCCACGATATCCCCAACACTGCAGCGCACGCTGTCGCTGCTGCAGCTGACTTAGGCGTGTGGATGGTGAATGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCAAACTGGTTACGCCGGGCATTCGTCCGCAGGGGAGTGAAGCTGGTGACCAGCGCCGCATTAT > NC_000913/1341978‑1342534 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |