| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 1,995,370 | 0 | C | A | 27.9% | 180.5 / 15.7 | 104 | intergenic (‑11/‑285) | uvrY/yecU | DNA‑binding transcriptional activator UvrY/protein YecU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/44); new base A (29/0); total (60/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.21e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
ACTTTCGCTGGTAAAGGGTTTTCTGTATGGACGGTAAGCATGATGATTTTGACATCAGCTGTGGAACGCGCGATTTTACGCGTCGCCTCAAGACCGCCAATGCCCGGCATACTCATGTCCATTAGCACCACGTCAACGGCATTTGTCCGGCACCACTTAACGGCGTCTTCACCGCACGATGCCTCACCGACGACTTTTATACCCTTTATATCTTCCAGAATGCGTCGTATCCCTGCGCGCACCAGTTCGTGGTCATCAACAAGTAGAACGTTGATCAAAGGAATATCTCCAGAAATAGGGATAACGCTACTGATAGTTAGTCATTCGTATATTAGCGGTTTTTATTGCAACTTTGAAACGTTAAAAATGGTGGGTATTCGATTTTTCT‑CTCGT‑TTTTGTCAATTCGATTGTCCACAGTTATGGTCACGCCCGTCACCAACGGCTTACCGGATCGTTTCACAGTAAGCCCTACGATGAAATGTGACAAAAATTGACTTTATTCAGCAAAAATGAAAATCAGCCCGCTGAATATGTAACATTAATTAACCCGAACAATACGGGCAAAAAACATTCATGATAAAAATAT > NC_000913/1995082‑1995667 | aCTTTCGCTGGTAAAGGGTTTTCTGTATGGACGGTAAGCATGATGATTTTGACATCAGCTGTGGAACGCGCGATTTTACGCGTCGCCTCAAGACCGCCAATGCCCGGCATACTCATGTCCATTAGCACCACGTCAACGGCATTTGTCCGGCACCACTTAACGGCGTCTTCACCGCACGATGCCTCACCGACGACTTTTATACCCTTTATATCTTCCAGAATGCGTCGTATCCCTGCGCGCACCAGTTCGTGGTCATCAACAAGTAGAACGTTGATCAAAGGAATATCTCCAGAAATAggg < 1:594473/300‑1 (MQ=255) 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gTAGAACGTTGATCAAAGGAATATCTACAGAAATAGGGATAACGCTACTGATAGTTAGTCATTCGTATATTAGCGGTTTTTATTGCAACTTTGAAACGTTAAAAATGGTGGGTATTCGATTTTTCT‑CTCGT‑TTTTGTCAATTCGATTGTCCACAGTTATGGTCACGCCCGTCACCAACGGCTTACCGGATCGTTTCACAGTAAGCCCTACGATGAAATGTGACAAAAATTGACTTTATTCAGCAAAAATGAAAATCAGCCCGCTGAATATGTAACATTAATTAACCCGAACAATACGGGc > 1:353718/1‑300 (MQ=255) gATCAAAGGGATATCTCCAGAAATATGGATAACGCTACTGATAGTTAGTCATGCGTATATTAGCGGTTTTTATTGCAACTTTGAAACGTTAAAAATGGTGGGTATTCGATTTTTCT‑CTCGT‑TTTTGTCAATTCGATTGTCCACAGTTATGGTCACGCCCGTCACCAACGGCTTACCGGATCGTTTCACAGTAAGCCCTACGATGAAATGTGACAAAAATTGACTTTATTCAGCAAAAATGAAAACCAGCCCGCTGAATATGTAACattaatt < 2:247276/272‑1 (MQ=255) aaGGAATATCTCCAGAAATAGGGATAACGCTACTGATAGTTAGTCATTCGTATATTAGCGGTTTTTATTGCAACTTTGAAACGTTAAAAATGGTGGGTATTCGATTTTTCT‑CTCGT‑TTTTGTCAATTCGATTGTCCACAGTTATGGTCACGCCCGTCACCAACGGCTTACCGGATCGTTTCACAGTAAGCCCTACGATGAAATGTGACAAAAATTGACTTTATTCAGCAAAAATGAAAATCAGCCCGCTGAATATGTAACATTAATTAACCCGAACAATACGGGCAAAAAACATTCATGa > 1:83749/1‑300 (MQ=255) 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ACTTTCGCTGGTAAAGGGTTTTCTGTATGGACGGTAAGCATGATGATTTTGACATCAGCTGTGGAACGCGCGATTTTACGCGTCGCCTCAAGACCGCCAATGCCCGGCATACTCATGTCCATTAGCACCACGTCAACGGCATTTGTCCGGCACCACTTAACGGCGTCTTCACCGCACGATGCCTCACCGACGACTTTTATACCCTTTATATCTTCCAGAATGCGTCGTATCCCTGCGCGCACCAGTTCGTGGTCATCAACAAGTAGAACGTTGATCAAAGGAATATCTCCAGAAATAGGGATAACGCTACTGATAGTTAGTCATTCGTATATTAGCGGTTTTTATTGCAACTTTGAAACGTTAAAAATGGTGGGTATTCGATTTTTCT‑CTCGT‑TTTTGTCAATTCGATTGTCCACAGTTATGGTCACGCCCGTCACCAACGGCTTACCGGATCGTTTCACAGTAAGCCCTACGATGAAATGTGACAAAAATTGACTTTATTCAGCAAAAATGAAAATCAGCCCGCTGAATATGTAACATTAATTAACCCGAACAATACGGGCAAAAAACATTCATGATAAAAATAT > NC_000913/1995082‑1995667 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |