| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_012971 | 2,227,497 | 2 bp→AA | coding (2284‑2285/2628 nt) | gyrA ← | DNA topoisomerase (ATP‑hydrolyzing) subunit A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_012971 | 2,227,497 | 0 | G | A | 98.8% | 298.7 / NA | 86 | P762L (CCA→TTA) | gyrA | DNA topoisomerase (ATP‑hydrolyzing) subunit A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (52/33); minor base C (1/0); total (53/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | NC_012971 | 2,227,498 | 0 | G | A | 98.8% | 287.1 / NA | 86 | P762L (CCA→TTA) | gyrA | DNA topoisomerase (ATP‑hydrolyzing) subunit A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (52/33); minor base C (1/0); total (53/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGCCATCGATGGTGTCCAGATCTTCCTCGTCAACCGGTTCAGCAACGCGTTGCAGACCCACTACGTTTTCATCTTCCGCAGTACGGATGAGGATCACGCCCTGAGTGTTACGGCCCACGATGCTGATTTCCGAAACGCGAGTACGCACCAGCGTACCAGCATCGGTGATCATCATGATCTGGTCGCAGTCATCTACCTGCACCGCGCCAACCACTAAACCGTTACGTTCGGTAACCTTGATGGAGATAACCCCTTTCGTCGCACGCGACTTGGTTGGGTATTCCGCCACTGCGGTACGTTTACCGTAACCGTTTTGCGTTGCGGTGAGGATTGCCCCTTCGCCACGCGGTACGATCAGAGAAACGACTTTATCGCCTTCGCCTAAACGGATACCGCGCACACCGGTGGTGTTGCAGCCCATCGCACGGACGGAAGACTCTTTAAAGCGCACCACTTTACCTTCGGCGGAGAACAGCATTACTTCGTCTTCGCCGCTGGTCAGGTCAACGCCGATCAGCTCATCGCCTTCAACCAGTTTGATCGCCACTTTACCGGCAGTACGCAGA > NC_012971/2227221‑2227787 || cTGCCATCGATGGTGTCCAGATCTTCCTCGTCAACCGGTTCAGCAACGCGTTGCAGACCCACTACGTTTTCATCTTCCGCAGTACGGATGAGGATCACGCCCTGAGTGTTACGGCCCACGATGCTGATTTCCGAAACGCGAGTACGCACCAGCGTACCAGCATCGGTGATCATCATGATCTGGTCGCAGTCATCTACCTGCACCGCGCCAACCACTAAACCGTTACGTTCGGTAACCTTGATGGAGATAACCCCTTTCGTCGCACGCGACTTGGTTAAGTATTCCGCCACTGCGGTACGt > 1:687285/1‑300 (MQ=255) gCCATCGATGGTGTCCAGATCTTCCTCGTCAACCGGTTCAGCAACGCGTTGCAGACCCACTACGTTTTCATCTTCCGCAGTACGGATGAGGATCACGCCCTGAGTGTTACGGCCCACGATGCTGATTTCCGAAACGCGAGTACGCACCAGCGTACCAGCATCGGTGATCATCATGATCTGGTCGCAGTCATCTACCTGCACCGCGCCAACCACTAAACCGTTACGTTCGGTAACCTTGATGGAGATAACCCCTTTCGTCGCACGCGACTTGGTTAAGTATTCCGCCACTGCGGTACGttt > 1:190904/1‑300 (MQ=255) tCGATGGTGTCCAGATCTTCCTCGGCAACCGGTTCAGCAACTCGTTGCAGACCCACTACGTTTTCAGCGTCCGCAGTACGGATGAGGAGCACGCCCTGAGTGTTACGGCCCACGATGCTGATTTCCGAAACGCGAGTACGCACCAGCGTACCAGCATCGGTGATCATCATGATCTGGTCGCAGTCATCTACCTGCACCGCGCCAACCACTAAACCGTTACGTTCGGTAACCTTGATGTAGATAACCCCTTTCGTCGCACGCGACTTGGTTAAGTATTCCGCCACTGCGGTACGTTTAcc < 2:329479/299‑1 (MQ=255) gtgtCCAGATCTTCCTCGTCAACCGGTTCAGCAACGCGTTGCAGACCCACTACGTTTTCATCTTCCGCAGTACGGATGAGGATCACGCCCTGAGTGTTACGGCCCACGATGCTGATTTCCGAAACGCGAGTACGCACCAGCGTACCAGCATCGGTGATCATCATGATCTGGTCGCAGTCATCTACCTGCACCGCGCCAACCACTAAACCGTTACGTTCGGTAACCTTGATGGAGATAACCCCTTTCGTCGCACGCGACTTGGTTAAGTATTCCGCCACTGCGGTACGTTTACCGTAACCg < 1:373035/300‑1 (MQ=255) gtgtCCAGATCGTCCTCGTCAACCGGTTCAGCAACGCGTTGCAGACCCACTACGTTTTCATCTTCCGCAGTACGGATGAGGATCACGCCCTGAGTGTTACGGCCCACGATGCTGATTTCCGAAACGCGAGTACGCACCAGCGTACCAGCATCGGTGATCATCATGATCTGGTCGCAGTCATCTACCTGCACCGCGCCAACCACTAAACCGTTACGTTCGGTAACCTTGATGGAGATAACCCCTTTCGTCGCACGCGACTTGGTTAAGTATTCCGCCACTGCGGTACGTTTACCGTAActg < 2:651480/300‑3 (MQ=255) gtCCAGATCTTCCTCGTCAACCGGTTCAGCAACGCGTTGCAGACCCACTACGTTTTCATCTTCCGCAGTACGGATGAGGATCACGCCCTGAGTGTTACGGCCCACGATGCTGATTTCCGAAACGCGAGTACGCACCAGCGTACCAGCATCGGTGATCATCATGATCTGGTCGCAGTCATCTACCTGCACCGCGCCAACCACTAAACCGTTACGTTCGGTAACCTTGATGGAGATAACCCCTTTCGTCGCACGCGACTTGGTTAAGTATTCCGCCACTGCGGTACGTTTACCGTAACCGtt > 1:788002/1‑300 (MQ=255) gtCCAGATCTTACTCGTCAACCGGTTCAGCAACGCGTTGCAGACCCACTACGTTTTCATCTTCCGCAGTACGGATGAGGATCACGCCCTGAGTGTTACGGCCCACGATGCTGATTTCCGAAACGCGAGTACGCACCAGCGTACCAGCATCGGTGATCATCATGATCTGGTCGCAGTCATCTACCTGCACCGCGCCAACCACTAAACCGTTACGTTCGGTAACCTTGATGGAGATAACCCCTTTCGTAGCACGCGACTTGGTTAAGTATTCCGCCACTGCGGTACGTTTACCGTAACCGtt > 2:215195/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |