| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_012971 | 1,834,871 | G→A | P201L (CCC→CTC) | fadD ← | long‑chain‑fatty‑acid‑‑CoA ligase FadD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_012971 | 1,834,871 | 0 | G | A | 99.0% | 348.3 / NA | 97 | P201L (CCC→CTC) | fadD | long‑chain‑fatty‑acid‑‑CoA ligase FadD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (42/54); total (42/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATATTTCGCTAACTCTTTTACCAACCCTGGAATATCGCGCGGGTTAGTGATAAGCAGGTTCTGCCCACCCAGTTCGATAAACAGCAGGCAGTTAATGGTCAGGGCAAAAATGTGATACAGCGGCAGCGCCGTCACCACCAGCTCTTTGCCCGGATGCAACAGCGGACCATAGGTCGCGTTAACCTGTTCCAGGTTCGCCAGCATATTGCGGTGAGTCAGCATCGCGCCTTTCGCCACACCAGTGGTGCCGCCGGTGTATTGCAGAAAAGCTAAATCTTCCGGCACCAGTTCGGGTTTGACGTACTGCATCCGGTAGCCGTTATGCAGTGCGCTACGAAATGAAATGGCATCTGGCAGATGGTATTTCGGCACCAAACGCTTGATGTATTTAACAACGAAATTGACTACCGTGCCTTTTGCCGTAGATAGCTGATCGCCCATACGGGTCAGAATTACGTGCTGAACGGCGGTTTTATCAACCACTTTTTCCAGTGTGTGAGCAAAGTTAGACACGATAACAATCGCCGATGCGCCGCTATCGTTAAGCTGATGCTCAAGCTCACGCGGGGTATACAACGGGTTAACGT > NC_012971/1834579‑1835165 | atatTTCGCTAACTCTTTTACCAACCCTGGAATATCGCGCTGGTTAGTGATAAGCAGGTTCTGCCCACCCAGTTCGATAAACAGCAGGCAGTTAATGGTCAGTGCAAAAATGTGATACAGCGGCAGCGCCGTCACCACCAGCTCTTTGCCCGGATGCAACAGCGGACCATAGGTCGCGTTAACCTGTTCCAGGTTCGCCAGCATATTGCGGTGAGTCAGCATCGCGCCTTTCGCCACACCAGTGGTGCCGCCGGTGTATTGCAGAAAAGCTAAATCTTCCGGCACCAGTTCGAGtt < 2:142990/296‑1 (MQ=255)atatTTCGCTAACTCTTTTACCAACCCTGGAATATCGCGCGGGTTAGTGATAAGCAGGTTCTGCCCACCCAGTTCGATAAACAGCAGGCAGTTAATGGTCAGGGCAAAAATGTGATACAGCGGCAGCGCCGTCACCACCAGCTCTTTGCCCGGATGCAACAGCGGACCATAGGTCGCGTTAACCTGTTCCAGGTTCGCCAGCATATTGCGGTGAGTCAGCATCGCGCCTTTCGCCACACCAGTGGTGCCGCCGGTGTATTGCAGAAAAGCTAAATCTTCCGGCACCAGTTCGAGTTTGAc < 2:62378/300‑1 (MQ=255) cccTGGAATATCGCGCGGGTTAGTGATAAGCAGGTTCTGCCCACCCAGTTCGATAAACAGCAGGCAGTTAATGGTCAGGGCAAAAATGTGATACAGCGGCAGNGCCGTCACCACCAGCTCTTTGCCCGGATGCAANAGCGGACCATAGGTCGCGTTAACCTGTTCCAGGTTCGCCAGCATATTGCGGTGAGTCAGCATCGCGCCTTTCGCCACACCAGTGGTGCCGCCGGTGTATTGCAGAAAAGCTAAATCTTCAGGCACCAGTTCGAGTTTGACGTACTGCATCCGGTAGCCGTTAt > 2:609782/1‑299 (MQ=255) ttgAATATCGCGCGGGTTAGTGATAAGCAGGTTCTGCCCACCCAGTTCGATAAACAGCAGGCAGTTAATGGTCAGGGCAAAAATGTGATACAGCGGCAGCGCCGTCACCACCAGCTCTTTGCCCGGATGCAACAGCGGACCATAGGTCGCGTTAACCTGTTCCAGGTTCGCCAGCATATTGCGGTGAGTCAGCATCGCGCCTTTCGCCACACCAGTGGTGCCGCCGGTGTATTGCAGAAAAGCTAAATCTTCCGGCACCAGTTCGAGTTTGACGTACTGCATCCGGTAGCCGTTATGc < 2:682931/296‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |