| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_012971 | 753,513 | T→G | pseudogene (491/921 nt) | ECD_RS03715 ← | phage integrase Arm DNA‑binding domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_012971 | 753,513 | 0 | T | G | 98.4% | 464.5 / NA | 125 | pseudogene (491/921 nt) | ECD_RS03715 | phage integrase Arm DNA‑binding domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base G (63/60); total (63/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.44e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
TGCATTTATCAAGTGTTTCCTTCATTGATATTCCGAGAGCATCAATATGCAATGCTGTTGGGATGGCAATTTTTACGCCTGTTTTGCTTTGCTCGACATAAAGATATCCATCTACGATATCAGACCACTTCATTTCGCATAAATCACCAACTCGTTGCCCGGTAACAACAGCCAGTTCCATTGCAAGTCTGAGCCAACATGGTGATGATTCTGCTGCTTGATAAATTTTCAGGTATTCGTCAGCCGTAAGTCTTGATCTCCTTACCTCTGATTTTGCTGCGCGAGTGGCAGCGACATGGTTTGTTGTTATATGGCCTTCAGCTATTGCCTCTCGGAATGCATCGCTCAGTGTTGATCTGATTAACTTGGCTGACGCCGCCTTGCCCTCGTCTATGTATCCATTGAGCATTGCCGCAATTTCTTTTGTGGTGATGTCTTCAAGTGGAGCATCAGGCAGACCCCTCCTTATTGCTTTAATTTTGCTCATGTAATTTATGAGTGTCTTCTGCTTGATTCCTCTGCTGGCCAGGATTTTTTCGTAGCGATCAAGCCATGAATGTAACGTAACGGAATTATCACTGTTGATTCTC > NC_012971/753217‑753806 | tGCATTTATCAAGTGTTTCCTTCATTGATATCCCGAGAGCATCAACATGCAATGTTGTTGGGATGGCAATTTTTACGCCTGTTTTGCTTTGCTCGACATAAAGATATCCATCTACGATATCAGACCACTTCATTTCGCATAAATCACCAACTCGTTGCCCGGTAACAACAGCCAGTTCCATTGCAAGTCTGAGCCAACATGGTGATGATTCTGCTGCTTGATAAATTTTCAGGTATTCGTCAGCCGTAAGTCTTGATCTCCTTACCTCTGATTTTGCTGCGCGAGTGGCAGCGACAGGGt < 1:640892/300‑1 (MQ=255) 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tcCTTACCTCTGATTTTGCTGCGCGAGTGGCAGCGACAGGGTTTGTTGTTATATGGCCTTCAGCTATTGCCTCTCGGAATGCATCGCTCAGTGTTGATCTGATTAACTTGGCTGACGCCGCCTTGCCCTCGTCTATGTATCCATTGAGCATTGCCGCAATTTCTTTTGTGGTGATGTCTTCAAGTGGAGCATCAGGCAGCCCCCTCCTTATTGCTTTAATTTTGCTCATGTAATTTATGAGTGTCTTCTGCTTGATTCCTCTGCTGGCCAGGATTTTTTCGTAGCGATCAAGCCATGAAt < 1:401027/300‑1 (MQ=255) ttACCTCTGATTTTGCTGCGCGATTGGCAGCTACAGTGTTTGTTGTTATATGGCCTTCAGCTATTGCCTCTCGGAATGCATCGCTCAGTGTTGATCTGATTAACTTGGCTGACGCCGCCTTGCCCTCGTCTATGTATCCATTGAGCATTGCCGCAATTTCTTTTGTGTTGATGTCTTCAAGTGGAGCATCAGGCAGCCCCCTCCTTATTGCTTTAATTTTGCTCATGTAATTTATGAGTGTCTTCTGCTTGATTCCTCTGCTGGCCAGGATTTTTTCGTAGCGATCAAGCCATGAATgt < 2:189315/299‑1 (MQ=255) tctGATTTTGCTGCGCGAGTGGCAGCGACAGGGTTTGTTGTTATATGGCCTTCAGCTATTGCCTCTCGGAATGCATCGCTCAGTGTTGATCTGATTAACTTGGCTGACGCCGCCTTGCCCTCGTCTATGTATCCATTGAGCATTGCCGCAATTTCTTTTGTGGTGATGTCTTCAAGTGGAGCATCAGGCAGCCCCCTCCTTATTGCTTTAATTTTGCTCATGTAATTTATGAGTGTCTTCTGCTTGATTCCTCTGCTGGCCAGGATTTTTTCGTAGCGATCAAGCCATGAATgtagcg < 1:406899/298‑4 (MQ=255) gcgcGAGTGGCAGCGACAGGGTTTGTTGTTATATGGCCTTCAGCTATTGCCTCTCGGAATGCATCGCTCAGTGTTGATCTGATTAACTTGGCTGACGCCGCCTTGCCCTCGTCTATGTATCCATTGAGCATTGCCGCAATTTCTTTTGTGGTGATGTCTTCAAGTGGAGCATCAGGCAGCCCCCTCCTTATTGCTTTAATTTTGCTCATGTAATTTATGAGTGTCTTCTGCTTGATTCCTCTGCTGGCCAGGATTTTTTCGTAGCGATCAAGCCATGAATGTAGCGTAACGGAATTATCa > 1:127117/1‑300 (MQ=255) gAGTTGCAGCGACATAGTTTGTTTTTATATGGCCTTCACTTATTGCCTCTCGGAATGCATCGCTCAGTGTTGATCTGATTAACTTGGCTGACGCCGCCTTGCCCTCGTCTATGTATCCATTGAGCATTGCCGNAATTTCTTTTGTGGTGATGTCTTCAAGTGGAGCATCAGGCAGCCCCCTCCTTATTGCTTTAATTTTGCTCATGTAATTTATGAGTGTCTTCTGCTTGATTCCTCTGCTGGCCAGGATTTTTTCGTAGCGATCAAGCCATGAATGTAGCGTAACGGAATTATCACTg < 2:258019/299‑1 (MQ=255) gCGACAGGGTTTGTTGTTATATGGCCTTCAGCTATTGCCTCTCGGAATGCATCGCTCAGTGTTGATCTGATTAACTTGGCTGACGCCGCCTTGCCCTCGTCTATGTATCCATTGAGCATTGCCGCAATTTCTTTTGTGGTGATGTCTTCAAGTGGAGCATCAGGCAGCCCCCTCCTTATTGCTTTAATTTTGCTCATGTAATTTATGAGTGTCTTCTGCTTGATTCCTCTGCTGGCCAGGATTTTTTCGTAGCGATCAAGCCATGAATGTAGCGTAACGGAATTATCACTGTTGATtctc > 2:540812/1‑300 (MQ=255) | TGCATTTATCAAGTGTTTCCTTCATTGATATTCCGAGAGCATCAATATGCAATGCTGTTGGGATGGCAATTTTTACGCCTGTTTTGCTTTGCTCGACATAAAGATATCCATCTACGATATCAGACCACTTCATTTCGCATAAATCACCAACTCGTTGCCCGGTAACAACAGCCAGTTCCATTGCAAGTCTGAGCCAACATGGTGATGATTCTGCTGCTTGATAAATTTTCAGGTATTCGTCAGCCGTAAGTCTTGATCTCCTTACCTCTGATTTTGCTGCGCGAGTGGCAGCGACATGGTTTGTTGTTATATGGCCTTCAGCTATTGCCTCTCGGAATGCATCGCTCAGTGTTGATCTGATTAACTTGGCTGACGCCGCCTTGCCCTCGTCTATGTATCCATTGAGCATTGCCGCAATTTCTTTTGTGGTGATGTCTTCAAGTGGAGCATCAGGCAGACCCCTCCTTATTGCTTTAATTTTGCTCATGTAATTTATGAGTGTCTTCTGCTTGATTCCTCTGCTGGCCAGGATTTTTTCGTAGCGATCAAGCCATGAATGTAACGTAACGGAATTATCACTGTTGATTCTC > NC_012971/753217‑753806 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |