| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_012971 | 3,817,054 | T→C | M451V (ATG→GTG) | viaA ← | ATPase RavA stimulator ViaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_012971 | 3,817,054 | 0 | T | C | 98.9% | 324.3 / NA | 87 | M451V (ATG→GTG) | viaA | ATPase RavA stimulator ViaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (40/46); minor base A (1/0); total (41/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTGATGAAGATCGTCTGCAGCTGGAATGGCATCAGGCGCTGCTGCGCGGTGAAATGCCGCAGACCATCGGCGGCGGTATCGGCCAGTCTCGTTTGACCATGCTGCTGCTGCAACTGCCGCATATCGGCCAGGTTCAGTGTGGTGTATGGCCAGCTGCTGTTCGCGAGAACGTCCCTTCTCTGCTGTAATAATTTATCGCCGCCAGCGTCTGAGCAGGCGGCTTCGCATCCCGGTATCAAAGCGCCAGATATGATCGAAAATGCGCATGATGCCGGGTTTGCCGTGTGCCGACATCGCCACGGCATGAAAGCGATGCTGATGTACCCGCTGCAGCTCTTTCACTTTACTCGTCACGTCGTCAGGCAACCGCTGAGCGATAAAATCAGAAATCACCACCGCATCGGCATCAAACCATTCCCTGCTTTGCAAGCGTTCCATAATGGCGCGAAAACAACTGGCAAGATCGGTGCCGCCACGAAACTGCTGGCTTAAAAAACGGATTGCTTGTTCGATGCCTTGTGGGCCTGAAAGCTCATAACGGACGATCTCGGTGGAAAATAGCATAATATAGCAG > NC_012971/3816761‑3817334 | gTGATGAAGATCGTCTGCAGCTGGAATGGCATCAGGCGCTGCTGCGCGGTGAAATGCCGCAGACCATCGGCGGCGGTATCGGCCAGTCTCGTTTGACCATGCTGCTGCTGCAACTGCCGCATATCGGCCAGGTTCAGTGTGGTGTATGGCCAGCTGCTGTTCGCGAGAACGTCCCTTCTCTGCTGTAATAATTTATCGCCGCCAGCGTCTGAGCAGGCGGCTTCGCATCCCGGTATCAAAGCGCCAGATATGATCGAAAATGCGCATGATGCCGGGTTTGCCGTGTGCCGACACCGCCAc > 2:690531/1‑300 (MQ=255)gTGATGAAGATCGTCTGCAGCTGGAATGGCATCAGGCGCTGCTGCGCGGTGAAATGCCGCAGACCATCGGCGGCGGTATCGGCCAGTCTCGTTTGACCATGCTGCTGCTGCAACTGCCGCATATCGGCCAGGTTCAGTGTGGTGTATGGCCAGCTGCTGTTCGCGAGAACGTCCCTTCTCTGCTGTAATAATTTATCGCCGCCAGCGTCTGAGCAGGCGGCTTCGCATCCCGGTATCAAAGCGCCAGATATGATCGAAAATGCGCATGATGCCGGGTTTGCCGTGTGCCGACACCGCCAc > 1:593440/1‑300 (MQ=255) gatgaAGATCGTCTGCAGCTGGAATGGCATCAGGCGCTGCTGCGCGGTGAAATGCCGCAGACCATCGGCGGCGGTATCGGCCAGTCTCGTTTGACCATGCTGCTGCTGCAACTGCCGCATATCGGCCAGGTTCAGTTTGGTGTATGGCCAGCTGCTGTTCGCGAGAACGTCCCTTCTCTGCTGTAATAATTTATCGCCGCCAGCGTCTGAGCAGGCGGCTTCGCATCCCGGTATCAAAGCGCCAGATATGATCGAAAATGCGCATGATGCCGGGTTTGCCGTGTGCCGACACCGCCAc > 1:781305/1‑298 (MQ=255) gATCATCTGTAGCTGGAATGGCAGCAGGCGCTGCTGCGCGGTGAAATGCCGCAGACCATCGGCGGCGGTATCGGCCATTCTCGTTTGACCATGCTGCTGCTGCAACTGCCGCATATCTGCCAGGTTCAGTGTGGTGTATGGCCAGCTGCTGTTCGCGAGAACGTCCCTTCTCTGCTGTAATAATTTATCGCCGCCAGCGTCTGAGCAGGCGGCTTCGCATCCCGGTATCAAAGCGCCAGATATGATCGAAAATGCGCATGATGCCGGGTTTGCCGTGTGCCGACACCGCCACGGCATGaa < 2:325556/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |