| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 334,188 | G→A | I82I (ATC→ATT) | yahB ← | putative LysR‑type DNA‑binding transcriptional regulator YahB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 334,188 | 0 | G | A | 97.1% | 334.6 / NA | 104 | I82I (ATC→ATT) | yahB | putative LysR‑type DNA‑binding transcriptional regulator YahB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (55/46); minor base C (3/0); total (58/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
TCCGGGGCGATAGCAAAAGCCCAGCGAATCGCGCCAATTTCAGTGTAATCAATACCGCCGCCGTCCAGTAGTGTATCGGGTGCGCCGATGGCGATATTGGCCTGATTATTAATAATCGCATCCCAGACGCCGTTATACACTTCGGTGGTGACGGTAATCTGGCAGGTAGGAAACTGCTTTTTCAGCACCTGTAACAAGCGTGCGGTGTGTTTGGGCGTATAAAGCAGCTGATTAATACAAATGCGCACACGCGCTTCTATGCCCTGCGAAATAGTATCGATTCTGCGTTTGATGGCATAAAAATCATTCAGCAGGTCGGTAGCTTTGCGGAAAAAATAACGCCCGGACTCCGTTAACTCAATGCTGCGGGTACTGCGAGTGAACAGCACCACATCCAGCCCCGTCTCCATACGCTTAATGGTGTAGCTAATGGCGGAAGTGGTTAAACCCAACTCTTCTGCGGCTTTACTGAAGCTGCCAAAACGCGCAGCGGTAGTAAATGCCAACAGATTCTCTTCGGTAAAAATTGAGTTCATTAAACCATTCTCGCCATTATCTACTATGAATTTCTCCAGCTATGACT > NC_000913/333898‑334480 | gCCCAGCGAATCGCGCCAATTTCAGTGTAATCAATACCGCCGCCGTCCAGTAGTGTATCGGGTGCGCCGATGGCGATATTGGCCTGATTATTAATAATCGCATCCCAGACGCCGTTATACACTTCGGTGGTGACGGTAATCTGGCAGGTAGGAAACTGCTTTTTCAGCACCTGTAACAAGCGTGCGGTGTGTTTGGGCGTATAAAGCAGCTGATTAATACANATGCGCACACGCGCTTCTATGCCCTGCGAAATAGTATCGATTCTGCGTTTAATGGCATAAAAACCATTCAGCAGGt > 1:181798/1‑298 (MQ=255) 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cttCTGCGTTTACTGGCATAAAAATCCTTCAGCAGGTCGGTAGCTTTGCGGAAAAAATAACGCCCGAACTCCGTTAACTCAATGCTGCGGGTACTGCGAGTGAACAGCACCACATCTAGCCCCGTCTCCATACGCTTAATGGTGTAGCTAATGGCGGAAGTGGTTAAACCCAACTCTTCTGCGGCTTTACTGAAGCTGCCAAAACGCGCAGCGGTAGTAAATGCCAACAGATTCTCATAGGTAAAAATTGAGTCCATTAAACCATTCTCGCCCTTATCTACTATGAATTTCTCCAGCTa > 2:16675/2‑299 (MQ=255) tGCGTTTAATGGCATAAAAATCATTCAGCAGGTCGGTAGCTTTGCGGAAAAAATAACGCCCGGACTCCGTTAACTCAATGCTGCGGGTACTGCGAGTGAACAGCACCACATCCAGCCCCGTCTCCATACGCTTAATGGTGTAGCTAATGGCGGAAGTGGTTAAACCCAACTCTTCTGCGGCTTTACTGAAGCTGCCAAAACGCGCAGCGGTAGTAAATGCCAACAGATTCTCTTCGGTAAAAATTGAGTTCATTAAACCATTCTCGCCATTATCTACTATGAATTTCTCCAGCTATGACt < 1:209028/300‑1 (MQ=255) gCGTTTAATGGCATAAAAATCATTCAGCAGGTCGGTAGCTTTGCGGAAAAAATAACGCCCGGACTCCGTTAACTCAATGCTGCGGGTACTGCGAGTGAACAGCACCACATCCAGCCCCGTCTCCATACGCTTAATGGTGTAGCTAATGGCGGAAGTGGTTAAACCCAACTCTTCTGCGGCTTTACTGAAGCTGCCAAAACGCGCAGCGGTAGTAAATGCCAACAGATTCTCTTCGGTAAAAATTGAGTTCATTAAACCATTCTCGCCATTATCTACTATGAATTTCTCCAGCTATGACt > 1:789196/1‑299 (MQ=255) | TCCGGGGCGATAGCAAAAGCCCAGCGAATCGCGCCAATTTCAGTGTAATCAATACCGCCGCCGTCCAGTAGTGTATCGGGTGCGCCGATGGCGATATTGGCCTGATTATTAATAATCGCATCCCAGACGCCGTTATACACTTCGGTGGTGACGGTAATCTGGCAGGTAGGAAACTGCTTTTTCAGCACCTGTAACAAGCGTGCGGTGTGTTTGGGCGTATAAAGCAGCTGATTAATACAAATGCGCACACGCGCTTCTATGCCCTGCGAAATAGTATCGATTCTGCGTTTGATGGCATAAAAATCATTCAGCAGGTCGGTAGCTTTGCGGAAAAAATAACGCCCGGACTCCGTTAACTCAATGCTGCGGGTACTGCGAGTGAACAGCACCACATCCAGCCCCGTCTCCATACGCTTAATGGTGTAGCTAATGGCGGAAGTGGTTAAACCCAACTCTTCTGCGGCTTTACTGAAGCTGCCAAAACGCGCAGCGGTAGTAAATGCCAACAGATTCTCTTCGGTAAAAATTGAGTTCATTAAACCATTCTCGCCATTATCTACTATGAATTTCTCCAGCTATGACT > NC_000913/333898‑334480 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |