| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,381,704 | A→C | intergenic (+897/‑243) | ycjU → / → ompG | beta‑phosphoglucomutase/outer membrane porin G |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,381,704 | 0 | A | C | 99.1% | 405.7 / NA | 110 | intergenic (+897/‑243) | ycjU/ompG | beta‑phosphoglucomutase/outer membrane porin G |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base C (41/68); total (41/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
GCGATGACCATGGCGACGCGGATTGTGATTATGAAAGACGGGATTGTTCAGCAAGTAGGTGCGCCGAAAACCGTTTATAACCAACCCGCGAATATGTTTGTTTCCGGATTTATTGGATCACCAGCGATGAATTTTATTCGCGGCACGATCGATGGCGATAAATTCGTTACGGAAACGCTTAAATTAACCATTCCCGAAGAGAAATTAGCGGTTCTGAAAACACAGGAAAGTTTGCATAAGCCCATCGTGATGGGAATACGACCGGAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAGGAGAAAATATCACTATTCATTTTGATATGACGAAATGTCATTTCTTTGATGCAGAAACGGAAATAGCAATTCGCTAAATACAGGGGGAAGGCATTCCCCCAGGATAATACAAGGAACAATAATGAAAAAGTTATTACCCTGTACCGCACTGGTGATGTGTGCGGGAATGG > NC_000913/1381412‑1381995 | gCGATGACCATGGCGACGCGGATTGTGATTATGAAAGACGGGATTGTTCAGCAAGTAGGTGCGCCGAAAACCGTTTATAACCAACCCGCGAATATGTTTGTTTCCGGATTTATTGGATCACCAGCGATGAATTTTATTCGCGGCACGATCGATGGCGATAAATTCGTTACGGAAACGCTTAAATTAACCATTCCCGAAGAGAAATTAGCGGTTCTGAAAACACAGGAAAGTTTGCATAAGCCCATCGTGATGGGAATACGACCGGAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGCAAATAAc < 1:742425/300‑1 (MQ=255) 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GCGATGACCATGGCGACGCGGATTGTGATTATGAAAGACGGGATTGTTCAGCAAGTAGGTGCGCCGAAAACCGTTTATAACCAACCCGCGAATATGTTTGTTTCCGGATTTATTGGATCACCAGCGATGAATTTTATTCGCGGCACGATCGATGGCGATAAATTCGTTACGGAAACGCTTAAATTAACCATTCCCGAAGAGAAATTAGCGGTTCTGAAAACACAGGAAAGTTTGCATAAGCCCATCGTGATGGGAATACGACCGGAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAGGAGAAAATATCACTATTCATTTTGATATGACGAAATGTCATTTCTTTGATGCAGAAACGGAAATAGCAATTCGCTAAATACAGGGGGAAGGCATTCCCCCAGGATAATACAAGGAACAATAATGAAAAAGTTATTACCCTGTACCGCACTGGTGATGTGTGCGGGAATGG > NC_000913/1381412‑1381995 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |