| Predicted mutation | ||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,960,114 | 0 | C | T | 98.0% | 345.9 / ‑4.6 | 102 | intergenic (‑301/‑563) | ppiC/rep | peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase C/ATP‑dependent DNA helicase Rep |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base T (49/51); total (50/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
TGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGAATCTGCTGATCAAAGAATTGCAGGTCATTGATAACATTACTGGCTATTTCAACATGCATTCCACGTTTTAACTTGTC‑TGGTCGCGAGTGGTTGATAATGGAACGACGATGCATGCGTTGCCATTAATTTTTCCGTTGAGCACGACAACTAACCTGTTTTTTATCATTTCAGGAGGAATGCGGCCATCGTAATACGTCGTGCTGAACGGTCCATTTTGGCTAACAGGATAGTTA > NC_000913/3959819‑3960407 | tGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGGGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAGAGTCATTATCGGGGATGGTGATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTTCtt > 2:748080/1‑299 (MQ=255) 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tctGTAAGTTCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGAATCTGCTGATCAAAGAATTGCAGGTCATTGATAATATTACTGGCTATTTCAACATGCATTCCACGATTTAACTTGTCATGGTCGAGAGTGGTTGATAATGGAACGACGATACATGCGTTGCCATTAATTTTTCCGTTGAGCAAGACAACTAACCTGTTTTTTATCATTTAAGGAGGAATGCGGCCATCGTAATACGTAGTGCTGAACGGTCCATTTTGGCTAACAGGATa > 2:526680/1‑300 (MQ=255) ctGTAAGTTCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGAATCTGCTGATCAAAGAATTGCAGGTCATTGATANTATTACTGGCTATTTCAACATGCATTCCACGANTTAACTTGTCATGGTCGCGAGTGGTTGATAATGGAACGACGATACATGCGTTGCCATTAATTTTTCCGTTGAGCACGACAACTAACCTGTTTTTTATCATTTCAGGAGGAATGCGGCCATCGTAATACGTCGTGCTGAACGGTCCATTTTGGCTAACAGGATa > 2:616616/1‑299 (MQ=255) ctGTAAGTTCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGAATCTGCTGATCAAAGAATTGCAGGTCATTGATAATATTACTGGCTATTTCAACATGCATTCCACGATTTAACTTGTCATGGTCGCGAGTGGTTGATAATGGAACGACGATACATGCGTTGCCATTAATTTTTCCGTTGAGCACGACAACTAACCTGTTTTTTATCATTTCAGGAGGAATGCGGCCATCGTAATACGTCGTGCTGAACGGTCCATTTTGGCTAACAGGATa > 1:79255/1‑299 (MQ=255) ctGTAAGTTCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGAATCTGCTGATCAAAGAATTGCAGGTCATTGATAATATTACTGGCTATTTCAACATGCATTCCACGATTTAACTTGTCATGGTCGCGAGTGGTTGATAATGGAACGACGATACATGCGTTGCCATTAATTTTTCCGTTGAGCACGACAACTAACCTGTTTTTTATCATTTCAGGAGGAATGCGGCAATCGTAATACGTCGTGCTGAACGGTCCATTTTGGCTAACAGGATa > 2:522781/1‑299 (MQ=255) tGTAAGTTCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGAATCTGCTGATCAAAGAATTGCAGGTCATTGATAATATTACTGGCTATTTCAACATGCATTCCACGATTTAACTTGTCATGGTCGCGAGTGGTTGATAATGGAACGACGATACATGCGTTGCCATTAATTTTTCCGTTGAGCACGACAACTAACCTGTTTTTTATCATTTCAGGAGGAATGCGGCCATCGTAATACGTCGTGCTGAACGGTCCATTTTGGCTAACAGGATAg < 2:705230/299‑1 (MQ=255) tAAGTTCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGAATCTGCTGATCAAAGAATTGCAGGTCATTGATAATATTACTGGCTATTTCAACATGCATTCCACGATTTAACTTGTCATGGTCGCGAGTGGTTGATAATGGAACGACGATACATGCGTTGCCATTAATTTTTCCGTTGAGCACGACAACTAACCTGTTTTTTATCATTTCAGGAGGAATGCGGCCATCGTAATACGTCGTGCTGAACGGTCCATTTTGGCTAACAGGATAGTTa < 1:67604/300‑1 (MQ=255) | TGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGAATCTGCTGATCAAAGAATTGCAGGTCATTGATAACATTACTGGCTATTTCAACATGCATTCCACGTTTTAACTTGTC‑TGGTCGCGAGTGGTTGATAATGGAACGACGATGCATGCGTTGCCATTAATTTTTCCGTTGAGCACGACAACTAACCTGTTTTTTATCATTTCAGGAGGAATGCGGCCATCGTAATACGTCGTGCTGAACGGTCCATTTTGGCTAACAGGATAGTTA > NC_000913/3959819‑3960407 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |