| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,959,619 | C→T | V65V (GTG→GTA) | ppiC ← | peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,959,619 | 0 | C | T | 98.6% | 241.1 / NA | 73 | V65V (GTG→GTA) | ppiC | peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (37/35); total (38/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGGACAAGAGAAAACCACTTTATCGAACGCCGGAACCATCTGACCCTGGCGGAATTCACCTAAATCACCGCCGCGTTTGCCTGATGGGCAAATGGAGTGTTTCTTCGCCAGCTTGCCGAAATCGGCCCCGTTCTTAATCTGCTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCTGGTACATATATGGC > NC_000913/3959337‑3959912 | gacctgggtaaagctattccggaaggcgcggtagataacgggcaactgcgtgatgtgaacgaagcgattcgcagccatgcgattgagcaggtaggtaagaaactgcgcggctatatgacagatatgaaacgtattgctgttgcgggttaatagcgattcagagtTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTACGGTAAAGCACCTTAATGATGTGGTAACCGAACTGGGTATGCAGCGGGCCAGTCGGCTCCAGTACCGGACAAGAGAAAACTACTTTATCGAACGcc > 2:510778‑M2/165‑298 (MQ=255) gggtaaagctattccggaaggcgcggtagataacgggcaactgcgtgatgtgaacgaagtgattcgcagccatgcgattgagcaggtaggtaagaaactgcgcggctatatgacagatatgaaacgtattgctgttgcgggttaatagcgattcagagtTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTGTTAGTTACGGTAAAGCACCTTAATGATGTGGTAACCGAACTGGGTATGCAGCGGGCCAGTCGGCTCCAGTACCGAACAAGAGAAAACTAATTTATCGAATGCCGGAACCa > 2:300705‑M2/160‑300 (MQ=255) tattccggaaggcgcggtagataacgggcaactgcgtgatgtgaacgaagcgattcgcagccatgcgattgagcaggtaggtaagaaacngcgcggctatatgacagatatgaaacgtattgctgttgcgggttaatagcgattcagagtTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTACGGTAAAGCACCTTAATGATGTGGTAACCGAACTGGGTATGCAGCGGGCCAGTCGGCTCCAGTACCGGACAAGAGAAAACTACTTTATCGAACGCCGGAACCATCTGAccc < 2:645250‑M2/149‑1 (MQ=255) gcggtagataacgggcaactgcgtgatgtgaacgaagcgattcgcagccatgcgattgagcaggtaggtaagaaactgcgcggctatatgacagatatgaaacgtattgctgttgcgggttaatagcgattcagagtTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTACGGTAAAGCACCTTAATGATGTGGTAACCGAACTGGGTATGCAGCGGGCCAGTCGGCTCCAGTACCGGACAAGAGAAAACTACTTTATCGAACGCCGGAACCATCTGACCCTGGCGGAATTCAcc > 2:486416‑M2/138‑300 (MQ=255) gtagataacgggcaactgcgtgatgtgaacgaagcgattcgcagccatgcgattgagcaggtaggtaagaaactgcgcggctatatgacagatatgaaacgtattgctgttgcgggttaatagcgattcagagtTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTACGGTAAAGCACCTTAATGATGTGGTAACCGAACTGGGTATGCAGCGGGCCAGTCGGCTCCAGTACCGGACAAGAGAAAACTACTTTATCGAACGCCGGAACCATCTGACCCTGGCGGAATTCACCTaa > 1:648537‑M2/135‑300 (MQ=255) gataactggcaactgcgtgatgtgaacgaagcgattcgcagccatgcgagtgagcaggtaggtaagaaactgcgcggcgatatgacagatatgaaacgtattgctgttgcgggttaatagcgattcagagtTCAAGGCCTTCTCCTGTATAAGGCCTTGCTATTAGTTACGGTAAAGCACCTTAATGATGTGGTAACCAAACTGGGTATGCAGCGGGCCAGTCGGCTCCAGTACCGGACAAGAGAAAACTACTTTATCGAACGCCGGAACCATCTGACCCTGGCGGAATTCACCTAAATc < 2:514313‑M2/169‑1 (MQ=255) gataacgggcaactgcgtgatgtgaacgaagcgattcgcagccatgcgattgagcaggtaggtaagaaactgcgcggctatatgacagatatgaaacgtattgctgttgcgggttaatagcgattcagagtTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTACGGTAAAGCACCTTAATGATGTGGTAACCGAACTGGGTATGCAGCGGGCCAGTCGGCTCCAGTACCGGACAAGAGAAAACTACTTTATCGAACGCCGGAACCATCTGACCCTGGCGGAATTCACCTAAATc > 1:423652‑M2/132‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |