| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,959,538 | G→A | R92R (CGC→CGT) | ppiC ← | peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,959,538 | 0 | G | A | 98.6% | 237.9 / NA | 70 | R92R (CGC→CGT) | ppiC | peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (40/29); minor base C (1/0); total (41/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTTACGCTTGTGTGCCGTTGCTGAAACCGTTTATGGCAGAGCTGCAACCGGGCGACCTGGGTAAAGCTATTCCGGAAGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGGACAAGAGAAAACCACTTTATCGAACGCCGGAACCATCTGACCCTGGCGGAATTCACCTAAATCACCGCCGCGTTTGCCTGATGGGCAAATGGAGTGTTTCTTCGCCAGCTTGCCGAAATCGGCCCCGTTCTTAATCTGCTCGAGAAGATCCAGAGCCAGTTTCTCTTCTTTTACAAGGATATGCAGTGCTGCTGCTGTTTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGT > NC_000913/3959243‑3959828 | ggttatctctgataccgccgagtacggtaactatctgttctcttacgcttgtgtgccgctgctgaaaccgtttatggcagagctgcaaccgggcgacctgggtaaagctattccggaaggcgcggtagataacgggcaactgcgtgatgtgaacgaagcgattcgcagccatgcgattgagcaggtaggtaagaaactgcgcggctatatgacagatatgaaacgtattgctgttgcgggttaatagcgattcagagtTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTACGGt > 1:115669‑M2/259‑300 (MQ=255)ggttatctctgataccgccgagtacggtaactatctgttctcttacgcttgtgtgccgctgctgaaaccgtttatggcagagctgcaaccgggcgacctgggtaaagctattccggaaggcgcggtagataacgggcaactgcgtgatgtgaacgaagcgattcgcagccatgcgattgagcaggtaggtaagaaactgcgcggctatatgacagatatgaaacgtattgctgttgcgggttaatagcgattcagagtTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTACGGt > 2:19839‑M2/259‑300 (MQ=255)ggttatctctgataccgccgagtacggtaactatctgttctcttacgcttgtgtgccgctgctgaaaccgtttatggcagagctgcaaccgggcgacctgagtaaagctattccggaaggcgcggtagataacgggcaactgcgtgatgtgaacgaagcgattcgcagccatgcgattgagcaggtaggtaagaaactgcgcggctatatgacagatatgaaacgtattgctgttgcgggttaacagcgattcagagtTCAAGGCCTTCTCCTAGAGAAGGCATTGCTCTTCGTTACGGt > 1:115351‑M2/259‑300 (MQ=255) tttctgataccgccaggtacagtaactatctgttctcttacgcttgtgtgccgctgctgaaaccgtttatggcagagctgcaaccgggcgncctgggtaaagctattccggaaggcgcggtagataacgggcaactgcgtgatgtgaacgaagcgattcgcagccatgcgattgagcaggtagttaagaaactgcgcggctatatgacagatatgaaacgtattgctgttgcgggttaatagcgattcagagtTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTACGGTAAAGc < 2:637362‑M2/47‑1 (MQ=255) 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tcttacgcttgtgtgccgctgctgaaaccgtttatggcagagctgcaaccgggcgacctgggtaaagctattccggaaggcgcggtagataacgggcaactgcgtgatgtgaacgaagcgattcgcagccatgcgattgagcaggtaggtaagaaactgcgcggctatatgacagatatgaaacgtattgctgttgcgggttaatagcgattcagagtTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTACGGTAAAGCACCTTAATGATGTGGTAACCGAACTGGGTATGCa > 1:133150‑M2/219‑299 (MQ=255) cttacgcttgtgtgccgctgctgaaaccgtttatggtagagctgcaaccgggcgacctgggtaaagctattccggaaggcgcggtagataacgggcaactgcgtgatgtgaacgaagcgattcgcagccatgcgattgagcaggtaggtaagaaactgcgcggctatatgacagatatgaaacgtattgctgttgcgggttaatagcgattcagagtTCAAGGCCTTCTACTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTACGGTAAAGCACCTTAATGATGTGGTAACCGAAATGGGTATGCAGc > 1:633857‑M2/218‑300 (MQ=255) cttacgcttgtgtgccgctgctgaaaccgtttatggcagagctgcaaccgggcgacctgggtaaagctattccggaaggcgcggtagataacgggcaactgcgtgatgtgaacgaagcgattcgcagccatgcgattgagcaggtaggtaagaaactgcgcggctatatgacagatatgaaacgtattgctgttgcgggttaatagcgattcagagtTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTACGGTAAAGCACCTTAATGATGTGGTAACCGAACTGGGTATGCAGc > 1:633851‑M2/218‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |