| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 2,452,057 | IS2 (–) +5 bp | coding (276‑280/753 nt) | yfcS ← | putative fimbrial chaperone YfcS |
| New junction evidence | |||||||||||
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| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2070271 | NA (NA) | 91 (0.940) | 56/582 | 0.4 | 100% | noncoding (1/1331 nt) | IS2 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 2452057 = | 0 (0.000) | coding (280/753 nt) | yfcS | putative fimbrial chaperone YfcS | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 2452061 | 2 (0.020) | 107 (1.100) | 66/586 | 0.2 | 98.1% | coding (276/753 nt) | yfcS | putative fimbrial chaperone YfcS |
| ? | NC_000913 | 2996361 = | NA (NA) | noncoding (1331/1331 nt) | IS2 | repeat region | |||||
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
ATTACCGTTTTTCTGCGCACTGGCGTTGCTGATAATCACGTAGTACGGCGTTGGGTTATTGACGGTAAATGCCTGACCGCTGCGGGTGAGCGTCACCTTGTGCTGCCACGGACTTTTCATACTGACCTTTTCCAGCGCCTTTGGTCGCCAGAACAACTTGATACGC‑GTTTGCAGCGCGATTTGCAGGGTATTGGGTTTGTTTGATTTTGGCGGGATCTCGCGCACGTTAAAGTAGAACATGCTTTCACGATCGGCTGGCAATTTGTTGATATCCGGCATTCCCTGCACTTTTACCTGCCCGTTCATCATTGAATCGATGCGTTGCACTGGCGGCAGCACAGTTAACGGCGAGGTGATCTTGTTACCCTTTTCATCTTCAATCCAGCTTTGAGCCAGATAAGGGAGTTTCGGATCGTTATTACGCAGCGTCACGCTGATTGATTTGTCGCTTTCATTAAATATCAAACGGGTACGATCTGGCGTTACAGACGCCAGGGCAGACAAACTGGTAGCGCTAAGCAGTAACGCCAGCGTCATAGCACCCAATTTGGCAGAGCAAAGTAAATCAGACATGGATCATTCCTTAATCA > NC_000913/2451764‑2452353 | acaacctgttctccggcggcgacagcagtaagacttccttcctggtattgcttacgccatagaaataactggctggctgctacaccatgttgccgtgcaacgaggtagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCTGcc < 2:544604‑M2/6‑1 (MQ=255) ctgttctccggcggcgacagcagtaagacttccttcctggtattgcttacgccagagaaataactggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctacggcactaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCTGCCCGTtc > 2:351480‑M2/290‑300 (MQ=255) ctccggcggcgacagcagtaagacttccttcctggtattgcttacgccagagaaataactggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttactgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCTGCCCGTTcatcat > 2:446380‑M2/285‑300 (MQ=255) gcACTGGCGTTGCTGATAATCACGTAGTACGGCGTTGGGTTATTGACGGTAAATGCCTGACCGCTGCGGGTGAGCGTCACCTTGTGCTGCCACGGACTTTTCATACTGACCTTTTCCAGCGCCTTTGGTCGCCAGAACAACTTGATACGC‑GTTTGCAGCGCGATTTGCAGGGTATTGGGTTTGTTTGATTTTGGCGGGATCTCGCGCACGTTAAAGTAGAACATGCTTTCACGATCGGCTGGCAATTTGTTGATATCCGGCATTCCATGCACTTTTACCTGCtggatttgcccctatatt > 2:774190‑M1/1‑282 (MQ=255) gCGTTGCTGATAATCACGTAGTACGGCGTTGGGTTATTGACGGTAAATGCCTGACCGCTGCGGGTGAGCGTCACCTTGTGCTGCCACGGACTTTTCATACTGACCTTTTCCAGCGCCTTTGGTCGCCAGAACAACTTGATACGC‑GTTTGCAGCGCGATTTGCAGGGTATTGGGTTTGTTTGATTTTGGCGGGATCTCGCGCACGTTAAAGTAGAACATGCTTTCACGATCGGCTGGCAATTTGTTGATATCCGGCATTCCCTGCACTTTTACCTGCtggatttgcccctatatttccaga > 1:473902‑M1/1‑276 (MQ=255) gTTGCTGATAATCACGTAGTACGGCGTTGGGTTATTGACGGTAAATGCCTGACCGCTGCGGGTGAGCGTCACCTTGTGCTGCCACGGACTTTTCATACTGACCTTTTCCAGCGCCTTTGGTCGCCAGAACAACTTGATACGC‑GTTTGCAGCGCGATTTGCAGGGTATTGGGTTTGTTTGATTTTGGCGGGATCTCGCGCACGTTAAAGTAGAACATGCTTTCACGATCGGCTGGCAATTTGTTGATATCCGGCATTCCCTGCACTTTTACCTGCtggatttgcccctatatttccagac < 1:385433‑M1/299‑26 (MQ=255) cagtaagacttccttcctggtattgcttacgccagagaaataactggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCTGCCCGTTCATCATTGAATCGATGCGtt > 1:624959‑M2/270‑299 (MQ=255) cagtaagacttccttcctggtattgcttacgccagagaaataactggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgtcctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCTGCCCGTTCATCATTGAATCGATGCGtt > 2:554863‑M2/270‑299 (MQ=255) gCTGATAATCACGTAGTACGGCGTTGGGTTATTGACGGTAAATGCCTGACCGCTGCGGGTGAGCGTCACCTTGTGCTGCCACGGACTTTTCATACTGACCTTTTCCAGCGCCTTTGGTCGCCAGAACAACTTGATACGC‑GTTTGCAGCGCGATTTGCAGGGTATTGGGTTTGTTTGATTTTGGCGGGATCTCGCGCACGTTAAAGTAGAACATGCTTTCACGATCGGCTGGCAATTTGTTGATATCCGGCATTCCCTGCACTTTTACCTGCtggatttgcccctatatttccagacatct > 1:465459‑M1/1‑271 (MQ=255) aagacttccttcctggtattgcttacgccagagaaataactggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccgattcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggacctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCTGCCCGTTCATCATTGAATCGATGCGTTGCACt > 2:803689‑M2/266‑300 (MQ=255) aTCACGTAGTACTGCGTTGGGTTATTGACGGTAAATGCCTGACCGCTGCGGGTGAGCGTCACCTTGTGCTGCCACGGACTTTTCATACTGACCTTTTCCAGCGCCTTTGGTCGCCAGAACAACTTGATACGC‑GTTTGCAGCGCGATTTGCAGGGTATTGGGTTTGTTTGATTTTGGCGGGATCTCGCGCACGTTAAAGTAGAACATGCTTTCACGATCGGCTGGCAATTTGTTGATATCCGGCATTCCCTGCACTTTTACCTGCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatca < 1:506068‑M1/300‑37 (MQ=255) aCGTAGTACGGCGTTGGGTTATTGACGGTAAATGCCTGACCGCTGCGGGTGAGCGTCACCTTGTGCTGCCACGGACTTTTCATACTGACCTTTTCCAGCGCCTTTGGTCGCCAGAACAACTTGATACGC‑GTTTGCAGCGCGATTTGCAGGGTATTGGGTTGGTTTGATTTTGGCGGGATCTCGCGCACGTTAAAGTAGAACATGCTTTCACGATCGGCTGGCAATTTGTTGATATCCGGCATTCCCTGCACTTTTACCTGCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcact < 1:231168‑M1/299‑39 (MQ=255) agtaCGGCGTTGGGTTATTTACGGTAAATGCCTGACCGCTGCGGGTGAGCGTCACCTTGTGCTGCCACGGACTTTTCATACTGACCTTTTCCAGCGCCTTTGGTCGCCAGAACAACTTGATACGC‑GTTTGCAGCGCGATTTGCAGGGTATTGGGTTTGTTTGATTTTGGCGGGATCTCGCGCACGTTAAAGTAGAACATGCTTTCACGATCGGCTGGCAATTTGTTGATATCCGGCATTCCCTGCACTTTTACCTGCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacc < 2:26067‑M1/300‑44 (MQ=255) agtaCGGCGTTGGGTTATTGACGGTAAATGCCTGACCGCTGAGGGTGAGCGTCACCTTGTGCTGCCACGGACTTTTCATACTGACCTTTTCCAGCGCCTTTGGTCGCCAGAACAACTTGATACGC‑GTTTGCAGCGCGATTTGCAGGGTATTGGGTTTGTTTGATTTTGGCGGGATCTCGCGCACGTTAAAGTAGAACATGCTTTCACGATCGGCTGGCAATTTGTTGATATCCGGCATTCCCTGCACTTTTACCTGCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacc < 1:410807‑M1/300‑44 (MQ=255) gtaCGGCGTTGGGTTATTGACGGTAAATGCCTGACCGCTGCGGGTGAGCGTCACCTTGTGCTGCCACGGACTTTTCATACTGACCTTTTCCAGCGCCTTTGGTCGCCAGAACAACTTGATACGC‑GTTTGCAGCGCGATTTGCAGGGTATTGGGTTTGTTTGATTTTGGCGGGATCTCGCGCACGTTAAAGTAGAACATGCTTTCACGATCGGCTGGCAATTTGTTGATATCCGGCATTCCCTGCACTTTTACCTGCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaaccc < 1:654127‑M1/300‑45 (MQ=255) gtaCGGCGTTGGGTTATTGACGGTAAATGCCTGACCGCTGCGGGTGAGCGTCACCTTGTGCTGCCACGGACTTTTCATACTGACCTTTTCCAGCGCCTTTGGTCGCCAGAACAACTTGATACGC‑GTTTGCAGCGCGATTTGCAGGGTATTGGGTTTGTTTGATTTTGGCGGGATCTCGCGCACGTTAAAGTAGAACATGCTTTCACGATCGGCTGGCAATTTGTTGATATCCGGCATTCCCTGCACTTTTACCTGCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcact > 2:792525‑M1/1‑256 (MQ=255) gtaCGGCGTTGGGTTATTGACGGTAAATGCCTGACCGCTGCGGGTGAGCGTCACCTTGTGCTGCCACGGACTTTTCATACTGACCTTTTCCAGCGCCTTTGGTCGCCAGAACAACTTGATACGC‑GTTTGCAGCGCGATTTGCAGGGTATTGGGTTTGTTTGATTTTGGCGGGATCTCGCGCACGTTAAAGTAGAACATGCTTTCACGATCGGCTGGCAATTTGTTGATATCCGGCATTCCCTGCACTTTTACCTGCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcact < 1:792525‑M1/294‑39 (MQ=255) gCGTTGGGTTATTGACGGTAAATGCCTGACCGCTGCGGGTGAGCGTCACCTTGTGCTGCCACGGACTTTTCATACTGACCTTTTCCAGCGCCTTTGGTCGCCAGAACAACTTGATACGC‑GTTTGCAGCGCGATTTGCAGGGTATTGGGTTTGTTTGATTTTGGCGGGATCTCGCGCACGTTAAAGTAGAACATGCTTTCACGATCGGCTNGCAATTTGTTGATATCCGGCATTCCCTGCACTTTTACCTGCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattac > 2:627392‑M1/1‑251 (MQ=255) gCGTTGGGTTATTGACGGTAAATGCCTGACCGCTGCGGGTGAGCGTCACCTTGTGCTGCCACGGACTTTTCATACTGACCTTTTCCAGCGCCTTTGGTCGCCAGAACAACTTGATACGC‑GTTTGCAGCGCGATTTGCAGGGTATTGGGTTTGTTTGATTTTGGCGGGATCTCGCGCACGTTAAAGTAGAACATGCTTTCACGATCGGCTGGCAATTTGTTGATATCCGGCATTCCCTGCACTTTTACCTGCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccatta > 2:162884‑M1/1‑251 (MQ=255) gggTTATTGACGGTAAATGCCTGACCGCTGCGGGTGAGCGTCACCTTGTGCTGCCACGGACTTTTCATACTGACCTTTNCCAGCGCCTTTGGTCGCCAGAACAACTTGATACGC‑GTTTGCAGCGCGATTTGCAGGGTATTGGGTTTGTTTGATTTTGGCGGGATCTCGCGCACGTTAAAGTAGAACATGCTTTCACGATCGGCTGGCAATTTGTTGATATCCGGCATTCCCTGCACTTTTACCTGCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcc < 1:168012‑M1/300‑55 (MQ=255) ccagagaaataactggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcaattatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCTGCCCGTTCATCATTGAATCGATGCGTTGCACTGGCGGCAGCACAGTTAACGGCGAGGt > 2:53860‑M2/239‑299 (MQ=255) aaataactggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCTGCCCGTTCATCATTGAATCGATGCGTTGCACTGGCGGCAGCACAGTTAACGGCGAGGTGATCTTg < 1:390690‑M2/68‑1 (MQ=255) gTAAATGCCTGACCGCTGCGGGTGAGCGTCACCTTGTGCTGCCACGGACTTTTCATACTGACCTTTTCCAGCGCCTTTGGTCGCCAGAACAACTTGATACGC‑NTTTGCAGCGCGATTTGCAGGGTATTGGGTTTGNTTGATTTTGGCGGGATCTCGCGCACGTTAAAGTAGAACATGCTTTCACGATCGGCTGGCAATTTGTTGATATCCGGCATTCCCTGCACTTTTACCTGCtggatttgcccatatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcaga > 2:605774‑M1/1‑234 (MQ=255) gCCTGACCGCTGCGGGTGAGCGTCACCTTGTGCTGCCACGGACTTTTCATACTGACCTTTTCCAGCGCCTTTGGTCGCCAGAACAACTTGATACGC‑GTTTGCAGCGCGATTTGCAGGGTATTGGGTTTGTTTGATTTTGGCGGGATCTCGCGCACGTTAAAGTAGAACATGCTTTCACGATCGGCTGGCAATTTGTTGATATCCGGCATTCCCTGCACTTTTACCTGCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcc < 2:731642‑M1/300‑73 (MQ=255) ggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCTGCCCGTTCATCATTGAATCGATGCGTTGCACTGGCGGCAGCACAGTTAACGGCGAGGTGATCTTGTTACCCTTTTCa > 1:520344‑M2/221‑300 (MQ=255) 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ccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccacggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcaattatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCTGCCCGTTCATCATTGAATCGATGCGTCGCACTGGCGGCAGCACAGTTAACGGCGAGGTGATCTTGTTACCCTTTTCATCTTCAATcc > 1:494288‑M2/211‑300 (MQ=255) aGCGTCACCTTGTGCTGCCACGGACTTTTCATACTGACCTTTTCCAGCGCCTTTGGTCGCCAGAACAACTTGATACGC‑GTTTGCAGCGCGATTTGCAGGGTATTGGGTTTGTTTGATTTTGGCGGGATCTCGCGCCCGTTAAAGTAGAACATGCTTTCACGCTCGGCTGGCAATTTGTTGATATCCGGCATTCCCTGCACTTTTACCTGCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataaccc > 2:561991‑M1/1‑210 (MQ=255) aGCGTCACCTTGTGCTGCCACGGACTTTTCATACTGACCTTTTCCAGCGCCTTTGGTCGCCAGAACAACTTGATACGC‑GTTTGCAGCGCGATTTGCAGGGTATTGGGTTTGTTTGATTTTGGCGGGATCTCGCGCACGTTAAAGTAGAACATGCTTTCACGATCGGCTGGCAATTTGTTGATATCCGGCATTCCCTGCACTTTTACCTGCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcacgtggcgagcgataaccc > 2:138727‑M1/1‑210 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |