| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 2,117,652 | 0 | G | T | 31.0% | 167.6 / 11.5 | 87 | L251L (CTC→CTA) | wcaK | colanic acid biosynthesis pyruvyl transferase WcaK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/18); new base T (0/27); total (42/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.80e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TGCCGGAGTGGCAAAATTCATCGAGATAATGGCAGAGTGCAGGCGCGTACCGACGGTGAGTTCACAGGCCCCCAGAATTTTGCCCATTTCCAGATCGTTGAGTTCATCCATCACTACGTGGTAACGGGCAGGATCGCTGATGTGCTGGCGCAGGTTGAGCGCCACCATGCGGTCGTCTTTGTTATAGCTGTCAATGCCCGTACAGGTGGAGAGCGCAATCACCTGATACCCTTCATCGAGAATGCGATTGACCACCCCGGCAAAGGCTTTTTCATACGCTTGTTGAGTGGTGCCGAGACGTTTGTCAAACGGTGCCAGTTCGCGCAGGGTAATGGCCACCGTTTTCTGTTGTGCGGCAACGTCCAGCCAGTGTTGAACGGCATAGCTGGCGGTGAAGTCTTCTGTGTGGTGATCGACCAGCCACGCGGTATCGACGCCATGTTCCACTTTTGCGGTGGTGATATTGCTGCGTTTCATCAGATCAAAGCTGACCGATTCGCGCAGGATCAGCGCGTCGCAGTGACCAAAAACGTAGTTCGCCAGTTGGTTAAATTGCTCATCCTGGAACGGGCCAACACTGTGACCAATCA > NC_000913/2117358‑2117947 | tGCCGGAGTGGCAAAATTCATCGAGATAATGGCAGAGTGCAGGCGCGTACCGACGGTGAGTTCACAGGCCCCCAGAATTTTGCCCATTTCCAGATCGTTGAGTTCATCCATCACTACGTGGTAACGGGCAGGATCGCTGATGTGCTGGCGCAGGTTGAGCGCCACCATGCGGTCGTCTTTGTTATAGCTGTCAATGCCCGTACAGGTGGAGAGCGCAATCACCTGATACCCTTCATCGAGAATGCGATTGACCACCCCGGCAAAGGCTTTTTCATACGCTTGTTGAGTGGTGCCTAGACg < 1:784555/300‑1 (MQ=255) tctagaTAATAGCAGAGTGCATGCGCGTACCGACGGTGAGTTCACAGGCCCCCAGAATTTTGCCCATTTCCAGATCGTTGAGTTCATCCATCACTACGTGGTAACGGGCAGGATCGCTGATGTGCTGGCGCAGGTTGAGCGCCACCATGCGGTCGTCTTTGTTATAGCTGTCAATGCCCGTACAGTTGGAGAGCGCAATCACCTGATACCCTTCATCGAGAATGCGATTGACCACCCCGGCAAAGGCTTTTTCATACGCTTGTTGAGTGGGGCCGAGACGTTTGTCAAACGGTGCCAGtt < 2:744742/297‑1 (MQ=255) tCGAGATAATGGCAGAGTGCAGGCGCGTACCGACGGTGAGTTCACAGGCCCCCATAATTTTGCCCATTTCCAGATCGTTGAGTTCATCCATCACTACGTGGTAACGGGCAGGATCGCTGATGTGCTGGCGCAGGTTGAGCGCCACCATGCGGTCGTCTTTGTTATAGCTGTCAATGCCCGTACAGGTGGAGAGCGCAATCACCTGATACCCTTCATCGAGAATGCGATTGACCACCCCGGCAAAGGCTTTTTCATACGCTTGTTGAGTGGTGCCTAGACGTTTGTCAAACGGTGCCAGtt < 2:385739/300‑1 (MQ=255) tGGCAGAGTGCAGGCGCGTACCGACGGTGAGTTCACAGGCCCCCAGAATTTTGCCCATTTCCAGATCGTTGAGTTCATCCATCACTACGTGGTAACGGGCAGGATCGCTGATGTGCTGGCGCAGGTTGAGCGCCACCATGCGGTCGTCTTTGTTATAGCTGTCAATGCCCGTACAGGTGGAGAGCGCAATCACCTGATACCCTTCATCGAGAATGCGATTGACCACCCCGGCAAAGGCTTTTTCATACGCTTGTTGAGTGGTGCCGAGACGTTTGTCAAACGGTGCCAGTTCGCGCa > 1:673513/1‑297 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |