| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 332,975 | 0 | C | A | 32.1% | 165.4 / 11.4 | 106 | S202* (TCG→TAG) | pdeL | DNA‑binding transcriptional regulator/c‑di‑GMP phosphodiesterase PdeL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/42); new base A (34/0); total (64/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.87e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
TCACTATCACCATATCGTCACGCCTGAAGCCATCAGTCTGGCGTTGGAAAACCACGAATTCAAACCGTGGATCCAACCGGTTTTCTGCGCGCAGACTGGCGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAACGTAACCCTATTCCGGTAACGCCAGAAGCCAGAGCGATATTTGACAGCCTTCATCAGCACAACATTACCTTTGCGCTGGATGACTTTGGTACGGGTTATGCGACCTATCGTTACTTGCAGGCGTTCCCGGTCGATTTTATTAAGATCGATAAGTCATTTGTGCAAATGGCGAGTGTCGACGAAATC > NC_000913/332676‑333261 | tcccTATCGCCATATCGTCACGCCTGAAGCCATCAGTCTGGCGTTGGAAAACCACGAATTCAAACCGTGGATCCAACCGGTTTTCTGCACGCAGACTGGCGTACTGACGGGCTGTGAGGGGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTGATGCCTCTGGCGGAGTCAGCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCAGAGATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGtctc < 2:48149/297‑1 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ggCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAACGTAACCCTATTCCGGTAACGCCAGAAGCCAGAGCGATATTTGACAGCCTTCATCAGCACAACATTACCTTTGCGCTGGATGACTTTGGTACGGGTTATGCGACCTATCGTTACTTGCAGGCGTTCCCGGTCGATTTTATTAAGATCGATAAGTCATTTGTGCAAATGGCGAGTGTCGACGAAAtc > 1:712913/1‑300 (MQ=255) ggCATCAACGTCTAGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAACGTAACCCTATTCCGGTAACGCCAGAAGCCAGAGCGATATTTGACAGCCTTCATCAGCACAACATTACCTTTGCGCTGGATGACTTTGGTACGGGTTATGCGACCTATCGTTACTTGCAGGCGTTCCCGGTCGATTTTATTAAGATCGATAAGTCATTTGTGCAAATGGCGAGTGTCGACGAAAtc > 1:49195/1‑300 (MQ=255) ggCATCAACGTCTAGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGAGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAACCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAACGTAACCCTATTCCGGTAACGCCAGAAGCCAGAGCGATATTTGACAGCCTTCATCAGCACAACATTACCTTTGCGCTGGATGACTTTGGTACGGGTTATGCGACCTATCGTTACTTGCAGGCGTTCCCGGTCGATTTTATTAAGATCGATAAGTCATTTGTGCAAATGGCGAGTGTAGACGAAAtc > 2:314390/1‑300 (MQ=255) | TCACTATCACCATATCGTCACGCCTGAAGCCATCAGTCTGGCGTTGGAAAACCACGAATTCAAACCGTGGATCCAACCGGTTTTCTGCGCGCAGACTGGCGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAACGTAACCCTATTCCGGTAACGCCAGAAGCCAGAGCGATATTTGACAGCCTTCATCAGCACAACATTACCTTTGCGCTGGATGACTTTGGTACGGGTTATGCGACCTATCGTTACTTGCAGGCGTTCCCGGTCGATTTTATTAAGATCGATAAGTCATTTGTGCAAATGGCGAGTGTCGACGAAATC > NC_000913/332676‑333261 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |