| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2357690 | 98 (1.010) | 9 (0.100) | 7/540 | 6.8 | 9.5% | coding (787/900 nt) | rpnE | inactive recombination‑promoting nuclease‑like protein RpnE |
| ? | NC_000913 | 2357874 = | 82 (0.920) | intergenic (+71/+168) | rpnE/yfaU | inactive recombination‑promoting nuclease‑like protein RpnE/2‑keto‑3‑deoxy‑L‑rhamnonate aldolase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGC‑TTTGCGCATGCTGG‑AGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTG‑ATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCT‑AAGCGAA‑GCCGATCTGGCAGCGAA‑‑TAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAACTACCTTTTATGCGTGGCCCATTTTTGCCTGATTTAAACATCGCCAGTCGTTGATCCAGGGCATCGCTGTAGAGCATCGTGTCAACGCCAACAGCGACAAAGTTCGCTCCCCACGCCAGGCA > NC_000913/2357600‑2358170 | gCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAGGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGC‑TTTGCGCATGCTGG‑AGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTG‑ATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGcc < 2:264565/300‑1 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aCGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCCTGAACAAGCCCTTAAAATTGC‑TTTGCGCATTCTGG‑CGCAGGGCTTTGAACGTGAACTTGTGCTGGCGACAACCCCACTAACCGACGCTG‑CTATTCCGACCTGTCATTAAAAGGAGAGATTAACGACTATTGNTGCACGGCTGCGGCAGGACGGCCATCAACTTGGCTGGCAGGGAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTaa > 1:562417/1‑300 (MQ=255) aCGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGC‑TTTGCGCATGCTGG‑AGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGCCAACCCAACTCACTGATGCTG‑ATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGNTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAACTTGGATGGCAGGGAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTaa > 1:562670/1‑300 (MQ=255) aCGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGC‑TTTGCGCATGCTGG‑AGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTG‑ATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGNTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTaa > 1:161199/1‑300 (MQ=255) cTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGC‑TTTGCGCATGCTGG‑AGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTG‑ATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCttt > 1:52794/1‑299 (MQ=255) gtagagaTTAATGACCATTGCTGAACGGCTACGGCGGTGAGGGCAGCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATGGC‑GTTGCGCATGCTGG‑AGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGTTG‑ATATTCTGAAATGTCAGTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCt < 1:252875/298‑1 (MQ=255) gaTTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGTGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGC‑TTTGCGCATGCTGG‑AGCAGGGCTTTGAACGTTAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTG‑ATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAAc < 2:70307/300‑1 (MQ=255) 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tATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGC‑TTTGCGCATGCTGG‑AGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTG‑ATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGa < 2:482995/300‑1 (MQ=255) aaCGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGC‑TTTGCGCATGCTGG‑AGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTG‑ATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGAcc < 1:311144/300‑1 (MQ=255) ggCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGC‑TTTGCGCATGCTGG‑AGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTG‑ATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAgg < 1:678768/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |