| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2653419 | 111 (0.900) | 13 (0.110) | 11/538 | 6.9 | 10.6% | noncoding (37/100 nt) | timR | putative small regulatory RNA TimR |
| ? | NC_000913 | 2653746 = | 117 (1.030) | intergenic (‑291/‑109) | timR/ryfA | putative small regulatory RNA TimR/small regulatory RNA RyfA | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
AGGCGAACTAAAAACGACCGATGAACTGGATGCGATATTTTTTGGTCGCGGCGTCAGCTACGACAAACCAATTATCGTCAGCTGCGGCTCTGGTGTAACGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTT > NC_000913/2653123‑2653712 | atgCGAACTAAAAACGACCGATGAACTGGATGCGATATTTTTTGTTCGCGGCGTCAGCTACGACAAACCAATTATCGTCAGCTGCGGCTCTGGTGCAACGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGNATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACt < 2:720182/298‑1 (MQ=255)aGGCGAACTAAAAACGACCGATGAACTGGATGCGATATTTTTTGGTCGCGGCGTCAGCTACGACAAACCAATTATCGTCAGCTGCGGCTCTGGTGTAACGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACt < 1:787008/300‑1 (MQ=255)aGGCGAACTAAAAACGACCGATGAACTGGATGCGATATTTTTTGGTCGCGGCGTCAGCTACGACAAACCAATTATCGTCAGCTGCGGCTCTGGTGCAACGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGNATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACt < 2:720169/300‑1 (MQ=255) ggCGAACTAAAAACGACCGATGAACTGGATGCGATATTTTTTGGTCGCGGCGTCAGCTACGACAAACCAATTATCGTCAGCTGCGGCTCTGGTGTAACGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACtt < 1:312173/300‑1 (MQ=255) aaCTAAAAACGACCGATGAACTGGATGCGATATTTTTTGGTCGCGGCGTCAGCTACGACAAACCAATTATCGTCAGCTGCGGCTCTGGTGTAACGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTgtgt > 1:609100/1‑300 (MQ=255) aaaaCGACCGATGAACTGGATGCGATATTTTTTGGTCGCGGCGTCAGCTACGACAAACCAATTATCGTCAGCTGCGGCTCTGGTGTAACGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCGGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACAt < 1:302037/300‑1 (MQ=255) aaaaCGACCGATGAACTGGATGCGATATTTTTTGGTCGCGGCGTCAGCTACGACAAACCAATTATCGTCAGCTGCGGCTCTGGTGTAACGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACAt < 1:301804/300‑1 (MQ=255) gATGAACTGGATGCGATATTTTTTGGTCGCGGCGTCAGCTACGACAAACCAATTATCGTCAGCTGCGGCTCTGGTGTANCGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGc < 1:227419/300‑1 (MQ=255) gATGAACTGGATGCGATATTTTTTGGTCGCGGCGTCAGCTACGACAAACCAATTATCGTCAGCTGCGGCTCTGGTGTAACGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGc > 1:946429/1‑300 (MQ=255) gATGAACTGGATGCGATATTTTTTGGTCGCGGCGTCAGCTACGACAAACCAATTATCGTCAGCTGCGGCTCTGGTGTAACGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGATGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGACTGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGCATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCACGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAAcac > 2:544013/1‑298 (MQ=255) gATGAACTGGATGCGATATTTTTTGGTCGCGGCGTCAGCTACGACAAACCAATTATCGTCAGCTGCGGCTCTGGTGTAACGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGAAGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGtt > 2:544034/1‑287 (MQ=255) tGCGATATTTTTTGGTCGCGGCGTCAGCTACGACAAACCAATTATCGTCAGCTGCGGCTCTGGTGTAACGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTcac < 1:66198/300‑1 (MQ=255) cGATATTTTTTGGTCGCGGCGTCAGCTACGACAAACCAATTATCGTCAGCTGCGGCTCTGGTGTAACGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCCGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTcaca > 2:537232/1‑299 (MQ=255) tttGTTCGCGGCGTCAGCTACGACAAACCAATTATCGTCAGCTGCGGCTCTGGTGTAACGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCAAAACaa < 1:625426/300‑1 (MQ=255) ggTCTCGGCGTCAGCTACGACAAACCAATTATCGTCAGCTGCGGCTCTGGTGTAACGGCAGCCGTGGTTTTGTGGGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATTGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAAGAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTGGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCAAAACAATAc < 2:194620/300‑1 (MQ=255) ggTCGCTGCGTCAGCTACGACAAACCAATTATCGTCAGCTGCGGCTCTGGTGTAACGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTACCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCAAAACAATAc < 1:157613/300‑1 (MQ=255) tCGCGGCGTCAGCTACGACAAACCAATTATCGTCAGCTGCGGCTCTGGTGTAACGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCAAAACAATACTc < 1:804112/300‑1 (MQ=255) ggcgTCAGCTACGACAAACCAATTATCGTCAGCTGCGGCTCTGGTGTAACGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGCGCTTCACAGCAACACACTACTCAccc > 2:519745/1‑299 (MQ=255) gcgTCAGCTACGACAAACCAATTATCGTCAGCTGCGGCTCTGGTGTAACGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGCGCCAGTGAAATANGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCAAAACAATACTCACCa > 2:324560/1‑299 (MQ=255) 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gcagGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTttgt < 1:537232/300‑1 (MQ=255) agGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTttgtt > 2:580758/1‑299 (MQ=255) | AGGCGAACTAAAAACGACCGATGAACTGGATGCGATATTTTTTGGTCGCGGCGTCAGCTACGACAAACCAATTATCGTCAGCTGCGGCTCTGGTGTAACGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTT > NC_000913/2653123‑2653712 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |