| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,774,947 | G→A | G544S (GGT→AGT) | yfjW → | uncharacterized protein YfjW |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,774,947 | 0 | G | A | 98.5% | 448.8 / ‑4.8 | 133 | G544S (GGT→AGT) | yfjW | uncharacterized protein YfjW |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (66/65); minor base C (2/0); total (68/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
AAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCAACAGGTATCTCCCAGTTTAGTATCAACGGGAAACATTTGTCGTTAAGGCCAGAATCGGAGATTATTATTTCTGAAGGGAGTTTGTATGGACTAGTTAATAAAAGCAAAAAAATCAAAATATATGGCACAGCAGATCTTGTTTTTGTTGATAACAAGATAATGAACCTTCGTAAAATAACTTATTTGCAATCTAAGCTAGAAATTTTTGGTTCTTCTATTATGGATATATTAAAGTATATATTTGGTTTAGGTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCGTTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAGAAATATGCCGAGCCAGCGGCATGGAAGCGCCA > NC_000913/2774651‑2775239 | aaaTATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCAACAGGTATCTCCCAGTTTAGTATCAACGGGAAACATTTGTCGTTAAGGCCAGAATCGGAGATTATTATTTCTGAAGGGAGTTTGTATGGACTAGTTAATAAAAGCAAAAAAATCAAAATATATGGCACAGCAGATCTTGTTTTTGTTGATAACAAGATAATGAACCTTCGTAAAATAACTTATTTGCAATCTAAGCTAGAAATTTTTGGTTCTTCTATTATGGATATATTAAAGTATATATTTGGTTTAAGTc < 1:566854/300‑1 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AAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCAACAGGTATCTCCCAGTTTAGTATCAACGGGAAACATTTGTCGTTAAGGCCAGAATCGGAGATTATTATTTCTGAAGGGAGTTTGTATGGACTAGTTAATAAAAGCAAAAAAATCAAAATATATGGCACAGCAGATCTTGTTTTTGTTGATAACAAGATAATGAACCTTCGTAAAATAACTTATTTGCAATCTAAGCTAGAAATTTTTGGTTCTTCTATTATGGATATATTAAAGTATATATTTGGTTTAGGTCTGCTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCGTTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAGAAATATGCCGAGCCAGCGGCATGGAAGCGCCA > NC_000913/2774651‑2775239 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |