| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,591,711 | C→A | E156* (GAG→TAG) | hipA ← | serine/threonine‑protein kinase toxin HipA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,591,711 | 0 | C | A | 98.8% | 270.1 / NA | 82 | E156* (GAG→TAG) | hipA | serine/threonine‑protein kinase toxin HipA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (44/37); total (45/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTCCTGTGGCAAGCGAAGTAAAACCGTTCGCTCAGCATTCCAACGCCTGTCAAAACGTTCGACCGCTAACGCGCGCACATTTCCCGCTTTAATGATTTCTGCGTCCGGAACATTCAACCCAAGTTCTTTCGCCAGCAGCAGACAGTAATACTCATTATCAACGCTTTGGCTGAGATCGAGCGTCGCATTGGGCTGCCTGATTTCGCCAATCGGTAATTTAATGATGTGCGTCGTCGGCGTTATTCCTTTCGGAATGCACCAGTCATTGCCTATTCTGAGCAGTGCTGTCTTCTCCTGTGCGCCAGCAACCGAGATGCGAAAGTCATTTTCTTCTCTAATCATGCCTAGCGGGATATCTGCTTTATAAGCCGTTAATACTTCTTCAAGTCTGGCTTCAGTAAGCTTTTCCCATGCCATTATCGGATGCGTTACGGTTTCGTCTTCGGGTATTAACGTCACGGCACCAACGCTGTCTCGCCCTATTTCTGACAATAAATCAAACGGTTGTCTGGATTTGGCATGATAACGTTTAACGATCCGGTCACGTACAATCGGGCTATCGGGTAACAGGTTATCGAAGAAGTTAAA > NC_000913/1591418‑1592005 | ctcctGTGGCAAGCGAAGTAAAACCGTTCGCTCAGCATTCCAACGCCTGTCAAAACGTTCGACCGCTAACGCGCGCACATTTCCCGCTTTAATGATTTCTGCGTCCGGAACATTCAACCCAAGTTCTTTCGCCAGCAGCAGACAGTAATACTCATTATCAACGCTTTGGCTGAGATCGAGCGTCGCATTGGGCTGCCTGATTTCGCCAANCGGTAATTTAATGATGTGCGTCGTCGGCGTTATTCCTTTCGGAATGCACCAGTCATTGCCTATTCTGAGCAGTGCTGTCTTCTACTGTgc > 2:588753/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |