| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1097040 | 23 (0.250) | 29 (0.440) | 22/430 | 1.5 | 57.0% | intergenic (+211/+525) | ycdU/serX | uncharacterized protein YcdU/tRNA‑Ser |
| ? | NC_000913 | 1097584 = | 27 (0.410) | noncoding (69/88 nt) | serX | tRNA‑Ser | |||||
GGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGAACCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTCGAACCCCCGATACGTTGCCGTATACACACTTTCCAGGCGTGCTCCTTCAGCCACTCGGACACCTCACCAAATTGTCGTTCCTGTCTTGCTGGAACGGGCGCTAATTTAGGGAAATCATGACCTGAGGTCAACAAACTTTTTGAAAAAATCGCGCGTTTATTCAAACTTCAATCAATGTGTGGTTTTAATAAGCGAAATCTGCTTTTTTTGCCACCGACCACGGATTTGTTATGCTGGTGGCCTTTGTAGATCATAACGATAAGTGCGAATAAATTTCGCACAACGCTTTTCGGGAGTC > NC_000913/1097310‑1097882 | tgtcagaacgattttatgatggcatgtgacatgtatttccgttgggggcattttaataagtgaggaagtgataggaagtgaccagataatacatatatgttctgtactctcttgcgcattttgattgttgactgagtaaccagacagttgatgtgcacgatttcccctcgccctaacagacgtgggcgggggcacccggtgtgtgcaatatacgaaaaaaaagcccgtactttcgtacgagctcttctttaaatatggcggtgagggggggattCGAACCCCCGATACGTTGCCGTATac < 2:344598‑M2/26‑1 (MQ=255) ataacgattttatgatggcatgtgacatgtatttccgttgggggcattttaataagtgaggaagtgataggaagtgaccagataatacatatatgttctgtactctcttgcgcattttgattgttgactgagtaaccagacagttgatgtgcacgatttcccctcgccctaacagacgtgggcgggggcacccggtgtgtgcaatatacgaaaaaaaagcccgtactttcgtacgagctcttctttaaatatggcggtgagggggggattCGAACCCCCGATACGTTGCCGTATacacac < 1:463506‑M2/30‑1 (MQ=255) aacgattttatgatggcatgtgacatgtatttccgttgtgggcattttaataagtgaggaagtgataggaagtgaccagataatacatatatgttctgtactctcttgcgcattttgattgttgactgaataaccagacagttgatgtgcacgatttcccctcgccctaacagacgtgggcgggggcacccggtgtgtgcaatatacgaaaaaaaagcccgtactttcgtacgagctcttctttaaatatggcggtgagggggggattCGAACCCCCGATACGTTGCCGTATACACACt < 1:244551‑M2/31‑1 (MQ=255) cATCCCCCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGAACCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAAGGGGGGATTCGCACCCCCGATCCGTTGCCGTATacacac > 2:516526/1‑297 (MQ=255) cccccGGTGTGTGCCATATACGAACAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGTTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCCCGGTCTGTCCACCTGGCTGTCTCCCGTTGTCGAACCCCGGTCGGGGCTTCTAATCCCCCAGGTGTGTGCAATATACGAACAAAACGCCCATACTCTCGTACAAGATCTTCCTTAAATATAGCAGTGAATGGGGGATCCGACCCCCCGACACACCGCCGTATACACCCTTTCCa > 2:699936/1‑299 (MQ=11) tcggatggcatgtgacatgtatttccgttgtgggcatgttaataagtgaggaagtgataggaagtgaccagataatacatatatgttctgtactctcttgcgcattttgattgttgactgagtaaccagacagttgatgtgcacgatgtcccctcgccctaacagacgtgggcgggggcacccagtgtgtgcaatatacgaaaaaaaagcccgtactttcgtacgagctcttctttaaatatggcggtgagggggggattCGAACCCCCGATACGTTGCCGTATACACACTTTCCAGGCg < 2:113621‑M2/40‑1 (MQ=255) atggTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTGTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGAACCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATATACTAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTCGAACCCCCGATACGTTGCCGTATACACACTTTCCAgg < 1:422431/296‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |