| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 1,531,689 | A→G | intergenic (‑1185/‑127) | yncO ← / → ydcC | protein YncO/H repeat‑associated putative transposase YdcC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 1,531,689 | 0 | A | G | 99.6% | 824.4 / NA | 224 | intergenic (‑1185/‑127) | yncO/ydcC | protein YncO/H repeat‑associated putative transposase YdcC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (119/104); minor base T (0/1); total (119/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
TCAGCAGAAGGTGTAAGCATCCGATATTATATTTCATCAAAGGATATGGATGCTAAAGAATTTGCACATGCTATCAGAGCGCACTGGCTGATCGAGCACAGTCTTCATTGGGTGTTAGATGTAAAAATGAATGAAGATGCCAGCCGGATAAGAAGAGGAAACGCAGCCTAAATAATATCTGGAATAAAGAAGATGGCACTGAATTTATTAAGAGATTGCAAAGACATTAAGGGTGAAGAGGAAAAGAAAGAAGGCTGCGTTAAACACAGGGAAAGATCATCAGAAGTTCACTTTTTGTACTAAACAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTAAAGCTGTTTTTTATTGCT‑TACACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGGACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAATGGAACATAAGTTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGCTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCCC > NC_000913/1531406‑1531980 | tCAGCAGAAGGTGTAAGCATCCGATATTATATTTCATCAAAGGATATGGATGCTAAAGAATTTGCACATGCTATCAGAGCGCACTGGCTGATCGAGCACAGTCTTCATTGGGTGTTAGATGTAAAAATGAATGAAGATGCCAGCCGGATAAGAAGAGGAAACGCAGCCTAAATAATATCTGGAATAAAGAAGATGGCACTGAATTTATTAAGAGATTGCAAAGACATTAAGGGTGAAGAGGAAAAGAAAGAAGGCTGCGTTAAACACAGGGAAAGATCATCAGGAGTTCACTTTTTGTAc < 1:296974/300‑1 (MQ=255) 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atcctcaGGAGTTCACTTTTTGTACTAAACAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTAAAGCTGTTTTTTATTGCT‑TACACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGGACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAATGGAACATAAGTTATCGGATCTTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTATGGTGCAGAAGGCTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATccc > 1:188044/5‑300 (MQ=255) atcatcAGGAGTTCACTTTTTGTACTAAACAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTAAAGCTGTTTTTTATTGCT‑TACACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGGACATATTTNTATTATCCCAGATTACAGACAAGCCTGGAAAATGGAACATAAGTTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGCTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACAt > 2:387095/1‑297 (MQ=255) atcatcAGGAGTTCACTTTTTGTACTAAACAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTAAAGCTGTTTTTTATTGCT‑TACACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGGACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAATGGAACATAAGTTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGCTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATccc > 1:274844/1‑300 (MQ=255) | TCAGCAGAAGGTGTAAGCATCCGATATTATATTTCATCAAAGGATATGGATGCTAAAGAATTTGCACATGCTATCAGAGCGCACTGGCTGATCGAGCACAGTCTTCATTGGGTGTTAGATGTAAAAATGAATGAAGATGCCAGCCGGATAAGAAGAGGAAACGCAGCCTAAATAATATCTGGAATAAAGAAGATGGCACTGAATTTATTAAGAGATTGCAAAGACATTAAGGGTGAAGAGGAAAAGAAAGAAGGCTGCGTTAAACACAGGGAAAGATCATCAGAAGTTCACTTTTTGTACTAAACAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTAAAGCTGTTTTTTATTGCT‑TACACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGGACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAATGGAACATAAGTTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGCTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCCC > NC_000913/1531406‑1531980 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |