| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,374,498 | G→T | G137C (GGC→TGC) | ycjP → | putative ABC transporter membrane subunit YcjP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,374,498 | 0 | G | T | 99.2% | 442.9 / NA | 130 | G137C (GGC→TGC) | ycjP | putative ABC transporter membrane subunit YcjP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (78/51); minor base C (1/0); total (79/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
AAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTCTGGCATTTTGCTGGTGGTGCCGCTTTTCAAAATCATCACCGCGCTTGGCATTTACGACACTGAGATGGCGCTGATCATCACCATGGTGACGCAAACTCTGCCCACCGCCGTGTTTATGCTGAAAAGCTACTTCGACACCATCCCCGATGAGATCGAAGAAGCGGCGATGATGGATGGCCTCAACCGTCTGCAAATTATCTTCCGCATCACCGTGCCGTTGGCGATGTCCGGGCTGATATCCGTGTTCGTCTACTGCTTTATGGTGGCGTGGAACGACTATCTGTTTGCGTCGATTTTCCTCTCCAGCGCCAGCAATTTCACCTTACCGGTGGGCCTGAAC > NC_000913/1374207‑1374791 | aaGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTCTGGCATTTTGCTGGTGGTGCCGCTTTTCAAAATCATCACCGCGCTTTGCATTTACg < 1:1034912/300‑1 (MQ=255) agGCGATCTCACTGCATCCTACGCTTCTGCCGCAGCAGTGTACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTCTGGCATTTTGCTGGTGGTGCCGCTTTTCAAAATCATCACCGCGCTTTGCATTTACGac < 2:960590/299‑1 (MQ=255) gATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTCTGGCATTTTGCTGGTGGTGCCGCTTTTCAAAATCATCACCGCGCTTTGCATTTACGACACTga > 1:733330/1‑300 (MQ=255) tcACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTTGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTTTGGTTTCATCCGTGGTTTCGGTATTCCTCGGCATTCTTTGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTCTGGCATTTTGCTGGTGGTGCCGCTTTTCAAAATCATCACCGCGCTTTGCATTGACGACACGGAGAt < 2:593751/299‑1 (MQ=255) 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aTCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTCTGGCATTTTGCTGGTGGTGCCGCTTTTCAAAATCATCACCGCGCTTTGCATTTACGACACTGAGATGGCGCTGa > 1:35388/1‑300 (MQ=255) aTCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTATGGCATTTTGCTGGTGGTGCCGCTTTTCAAAATCATCACCGCGCTTTGCATTTACGACACTGAGATGGCGCTGa > 2:26601/1‑300 (MQ=255) gctgctGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTCTTGCATTTTGCTGGTGGTGCCGCTTTTCAAAATCATCACCGCGCTTTGCATTTACGACACTTAGATGGCGCTGATCATCAc < 1:748475/300‑1 (MQ=255) 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ctgctgCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTCTGGCATTTTGCTGGTGGTGCCGCTTTTCAAAATCATCACCGCGCTTTGCATTTACGAAACTGAGATGGCGCTGATCATCAcc > 1:636842/1‑300 (MQ=255) ctgctgCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTAGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTCTGGCATTTTGCTGGTGGTGCCGCTTTTCAAAATCATCACCGCGCTTTGCATTTACGACACTGAGATGGCGCTGATCATCAcc > 1:636778/1‑300 (MQ=255) tgcCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTCTGGCATTTTGCTGGTGGTGCCGCTTTTCAAAATCATCACCGCGCTTTGCATTTACGACACTGAGATGGCGCTGATCATCACCATgg < 1:157429/300‑1 (MQ=255) 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gcgcTTTGCATTTACGACACTGAGATGGCGCTGATCATCACCATGGTGACGCAAACTCTGCCCACCGCCGTGTTTATGCTGAAAAGCTACTTCGACACCATCCCCGATGAGATCGAAGAAGCGGCGATGATGGATGGCCTCAACCGTCTGCAAATTATCTTCCGCATCACCGTGCCGTTGGCGATGTCCGGGCTGATATCCGTGTTCGTCTACTGCTTTATGGTGGCGTGGAACGACTATCTGTTTGCGTCGATTTTCCTCTCCAGCGCCAGCAATTTCACCTTACCGGTGGGCTTGaa < 1:295309/299‑1 (MQ=255) gcgcTTTGCATTTACGACACTGAGATGGCGCTGATCATCACCATGGTGACGCAAACTCTGCCCACCGCCGTGTTTATGCTGAAAAGCTACTTCGACACCATCCCCGATGAGATCGAAGAAGCGGCGATGATGGATGGCCTCAACCGTCTGCAAATTATCTTCCGCATCACCGTGCCGTTGGCGATGTCCGGGCTGATATCCGTGTTCGTCTACTGCTTTATGGTGGCGTGGAACGACTATCTGTTTGCGTCGATTTTCCTCTCCAGCGCCAGCAATTTCACCTTACCGGTGGGCCTGaa < 1:295793/299‑1 (MQ=255) gcgcTTTGCATTTACGACACTGAGATGGCGCTGATCATCACCATGGTGACGCAAACTCTGCCCACCGCCGTGTTTATGCTGAAAAGCTACTTCGACACCATCCCCGATGAGATCGAAGAAGCGGCGATGATGGATGGCCTCAACCGTCTGCAAATTATCTTCCGCATCACCGTGCCGTTGGCGATGTCCGGGCTGATATCCGTGTTCGTCTACTGCTTTATGGTGGCGTGGAACGACTATCTGTTTGCGTCGATTTTCCTCTCCAGCGCCAGCAATTTCACCTTACCGGTGGGCCTGAAc < 1:583019/300‑1 (MQ=255) | AAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTCTGGCATTTTGCTGGTGGTGCCGCTTTTCAAAATCATCACCGCGCTTGGCATTTACGACACTGAGATGGCGCTGATCATCACCATGGTGACGCAAACTCTGCCCACCGCCGTGTTTATGCTGAAAAGCTACTTCGACACCATCCCCGATGAGATCGAAGAAGCGGCGATGATGGATGGCCTCAACCGTCTGCAAATTATCTTCCGCATCACCGTGCCGTTGGCGATGTCCGGGCTGATATCCGTGTTCGTCTACTGCTTTATGGTGGCGTGGAACGACTATCTGTTTGCGTCGATTTTCCTCTCCAGCGCCAGCAATTTCACCTTACCGGTGGGCCTGAAC > NC_000913/1374207‑1374791 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |