| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,215,347 | T→A | intergenic (+138/‑131) | metA → / → aceB | homoserine O‑succinyltransferase/malate synthase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 4,215,347 | 0 | T | A | 99.1% | 718.8 / NA | 213 | intergenic (+138/‑131) | metA/aceB | homoserine O‑succinyltransferase/malate synthase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (115/96); minor base C (2/0); total (117/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
GATGTACCGTATAACTATTTCCCGCACAATGATCCGCAAAATACACCGCGAGCGAGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTT‑‑CGGGT‑‑GCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCA‑‑AGTATTTTTAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCACGATGACTGAACAGGCAACAAC‑AACCGA‑‑TGAACTGGCTTTCACAAGGCCGTATGGCGAGCAGGAGAAGCAAATTCTTACTGCCGAAGCGGTAGAATTTCTGACTGAGCTGGTGACGCATTTTACGCCACAACGCAATAAACTTCTGGCAGCGCGCATTCAGCAGCA > NC_000913/4215051‑4215641 | gTACCGTATAACTATTTCCCGCACAATGATCCGCAAAATACACCGCGATCGAGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTT‑‑CGGGT‑‑GCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCA‑‑AGTATTTataatta > 1:150990/1‑300 (MQ=255) 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tATCA‑‑AGTATTTATAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCACGATGACTGAACAGGCAACAAC‑AACCGA‑‑TGAACTGGCTTTCACAAGGCCGTATGGCGAGCAGGAGAAGCAAATTCTTACTGCCGAAGCGGTAGAATTTCTGACTGAGCTGGTGACGCATTTTACGCCACAACGCAATAAACTTCTGGCAGCGCGCATTc < 1:698933/300‑1 (MQ=255) a‑‑aGTATTTATAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCACGATGACTGAACAGGCAACAAC‑AACCGA‑‑TGAACTGGCTTTCACAAGGCCGTATGGCGAGCAGGAGAAGCAAATTCTTACTGCCGAAGCGGTAGAATTTGTGACTGAGCTGGTGACGCATTTTACGCCACAACGCAATAAACTTCTGGCAGCGCGCATTcagc < 1:782427/299‑1 (MQ=255) gTATTTATAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGNACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCACGATGACTGAACAGGCAACAAC‑AACCGA‑‑TGAACTGGCTTTCACAAGGCCGTATGGCGAGCAGGAGAAGCAAATTCTTACTGCCGAAGCGGTAGAATTTCTGACTGAGCTGGTGACGCATTTTACGCCACAACGCAATAAACTTCTGGCAGCGCGCATTcagcagc < 1:843587/300‑1 (MQ=255) 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GATGTACCGTATAACTATTTCCCGCACAATGATCCGCAAAATACACCGCGAGCGAGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTT‑‑CGGGT‑‑GCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCA‑‑AGTATTTTTAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCACGATGACTGAACAGGCAACAAC‑AACCGA‑‑TGAACTGGCTTTCACAAGGCCGTATGGCGAGCAGGAGAAGCAAATTCTTACTGCCGAAGCGGTAGAATTTCTGACTGAGCTGGTGACGCATTTTACGCCACAACGCAATAAACTTCTGGCAGCGCGCATTCAGCAGCA > NC_000913/4215051‑4215641 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |