| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3652036 = | NA (NA) | 40 (0.280) | 27/590 | 3.8 | 21.6% | noncoding (1195/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 4544671 = | 145 (1.010) | coding (368/726 nt) | fimC | type 1 fimbriae periplasmic chaperone | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
GTTCATGGCAATGATGGTTGCCGGACGCGCTGAAGCGGGAGTGGCCTTAGGTGCGACTCGCGTAATTTATCCGGCAGGGCAAAAACAAGAGCAACTTGCCGTGACAAATAATGATGAAAATAGTACCTATTTAATTCAATCATGGGTGGAAAATGCCGATGGTGTAAAGGATGGTCGTTTTATCGTGACGCCTCCTCTGTTTGCGATGAAGGGAAAAAAAGAGAATACCTTACGTATTCTTGATGCAACAAATAACCAATTGCCACAGGACCGGGAAAGTTTATTCTGGATGAACGTTAAAGCGATTCCGTCAATGGATAAATCAAAATTGACTGAGAATACGCTACAGCTCGCAATTATCAGCCGCATTAAACTGTACTATCGCCCGGCTAAATTAGCGTTGCCACCCGATCAGGCCGCAGAAAAATTAAGATTTCGTCGTAGCGCGAATTCTCTGACGCTGATTAACCCGACACCCTATTACCTGACGGTAACAGAGTTGAATGCCGGAACCCGGGTTCTTGAAAATGCATTGGTGCCTCCAATGGGCGAAAGCACGGTTAAATTGCCTTCTGATGCAGGAAGCAATATTACTT > NC_000913/4544375‑4544970 | gTTCATGGCAATGATGGTTGCCGGACGCGCTGAAGCGGTATTGGCCTTAGGTGCGACTCGCGTAATTTATCCGGCAGGGCAAAAACAAGAGCAACTTGCCGTGACAAATAATGATGAAAATAGTACCTATTTAATTCAATCATGGGTGGAAAATGCCGATGGTGTAAAGGATGGTCGTTTTATCGTGACGCCTCCTCTGTTTGCGATGAAGGGAAAAAAAGAGAATACCTTACGTATTCTTGATGCAACAAATAACCAATTGCCACAGGACCGGGAAAGTTTATTCTGGATGAACGTTaa > 1:645836/1‑300 (MQ=255) tCATGGCAATGATGGTTGCCGGACGCGCTGAAGCGGGAGTGGCCTTAGGTGCGACTCGCGTAATTTATCCGGCAGGGCAAAAACAAGAGCAACTTGCCGTGACAAATAATGATGAAAATAGTACCTATTTAATTCAATCATGGGTGGAAAATGCCGATGGTGTAAAGGATGGTCGTTTTATCGTGACGCCTCCTCTGTTTGCGATGAAGGGAAAAAAAGAGAATACCTTACGTATTCTTGATGCAACAAATAACCAATTGCCACAGGACCGGGAAAGTTTATTCTGGATGAACGTTaaa > 2:947720/1‑299 (MQ=255) aTGGCAATGATGGTTGCCGGACGCGCTGAAGCGGGAGTGGCCTTAGGTGCGACTCGCGTAATTTATCCGGCAGGGCAAAAACAAGAGCAACTTGCCGTGACAAATAATGATGAAAATAGTACCTATTTAATTCAATCATGGGTGGAAAATGCCGATGGTGTAAAGGATGGTCGTTTTATCGTGACGCCTCCTCTGTTTGCGATGAAGGGAAAAAAAGAGAATACCTTACGTATTCTTGATGCAACAAATAACCAATTGCCACAGGACCGGGAAAGTTTATTCTGGATGAACGTTAAAGc < 1:7539/299‑1 (MQ=255) aTGGCAATGATGGTTGCCGGACGCGCTGAAGCGGGAGTGGCCTTAGGTGCGACTCGCGTAATTTATCCGGCAGGGCAAAAACAAGAGCAACTTGCCGTGACAAATAATGATGAAAATAGTACCTATTTAATTCAATCATGGGTGGAAAATGCCGATGGTGTAAAGGATGGTCGTTTTATCGTGACGCCTCCTCTGTCTGCGATGAAGGGAAAAAAAGAGAATACCTTACGTATTCTTGATGCAACAAATAACCAATTGCCACAGGACCGGGAAAGTTTATTCTGGATGAACGTTAAAGc < 2:1019912/299‑1 (MQ=255) tGGCAATGATGGTTGCCGGACGCGCTGAAGCGGGAGTGGCCTTAGGTGCGACTCGCGTAATTTATCCGGCAGGGCAAAAACAAGAGCAACTTGCCGTGACAAATAATGATGAAAATAGTACCTATTTAATTCAATCATGGGTGGAAAATGCCGATGGTGTAAAGGATGGTCGTTTTATCGTGACGCCTCCTCTGTTTGCGATGAAGGGAAAAAAAGAGAATACCTTACGTATTCTTGATGCAACAAATAACCAATTGCCACAGGACCGGGAAAGTTTATTCTGGATGAACGTTAAAGCGa > 1:461645/1‑300 (MQ=255) cAATGATGGTTGCCGGACGCGCTGAAGCGGGAGTGGCCTTAGGTGCGACTCGCGTAATTTATCCGGCAGGGCAAAAACAAGAGCAACTTGCCGTGACAAATAATGATGAAAATAGTACCTATTTAATTCAATCATGGGTGGAAAATGCCGATGGTGTAAAGGATGGTCGTTTTATCGTGACGCCTCCTCTGTTTGCGATGAAGGGAAAAAAAGAGAATACCTTACGTATTCTTGATGCAACAAATAACCAATTGCCACAGGACCGAGAACGTTTATTCTGGATGAACGTTAAAGCGATTc > 2:128063/1‑300 (MQ=255) gTTGCCGGACGCGCTGAAGCGGGAGTGGCCTTAGGTGCGACTCGCGTAATTTATCCGGCAGGGCAAAAACAAGAGCAACTTGCCGTGACAAATAATGATGAAAATAGTACCTATTTAATTCAATCATGGGTGGAAAATGCCGATGGTGTAAAGGATGGTCGTTTTATCGTGACGCCTCCTCTGTTTGCGATGAAGGGAAAAAAAGAGAATACCTTACGTATTCTTGATGCAACAAATAACCAATTGCCACAGGACCGGGAAAGTTTATTCTGGATGAACGTTAAAGCGATTCCGTCAAt > 1:916368/1‑299 (MQ=255) 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ccTTAGGTGCGACTCGCGTAATTTATCCGGCAGGGCAAAAACAAGAGCAACTTGCCGTGACAAATAATGATGAAAATAGTACCTATTTAATTCAATCATGGGTGGAAAATGCCGATGGTGTAAAGGATGGTCGTTTTATCGTGACGCCTCCTCTGTTTGCGATGAAGGGAAAAAAAGAGAATACCTTACGTATTCTTGATGCAACAAATAACCAATTGCCACAGGACCGGGAAAGTTTATTCTGGATGAACGTTAAAGCGATTCCGTCAATGGATAAATCAAAATTGACTGAGAATACGc > 2:1069965/1‑300 (MQ=255) ttAGGTGCGACTCGCGTAATTTATCCGGCAGGGCAAAAACAAGAGCAACTTGCCGTGACAAATAATGATGAAAATAGTACCTATTTAATTCAATCATGGGTGGAAAATGCCGATGGTGTAAAGGATGGTCGTTTTATCGTGACGCCTCCTCTGTTTGCGATGANGGGAAAAAAAGATAATACCTTACGTATTCTTGATGCAACAAATAACCAATTGCCACAGGACCGGGAAAGTTTATTCTGGATGAACGTTAAAGCGATTCCGTCAATGGATAAATCAAAATTGACTGAGAATACGCt < 2:844993/299‑1 (MQ=255) ttAGGTGCGACTCGCGTAATTTATCCGGCAGGGCAAAAACAAGAGCAACTTGCCGTGACAAATAATGATGAAAATAGTACCTATTTAATTCAATCATGGGTGGAAAATGCCGATGGTGTAAAGGATGGTCGTTTTATCGTGACGCCTCCTCTGTTTGCGATGANGGGAAAAAAAGAGAATACCTTACGTATTCTTGNTGCAACAAATAACCAATTGCCACAGGACCGGGAAAGTTTATTCTGGATGAACGTTAAAGCGATTCCGTCAATGGATAAATCAAAATTGACTGAGAATACGCt < 2:879988/299‑1 (MQ=255) 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ttccttAAAGCGATTCCGTCAATGGATAAATCAAAATTGACTGAGAATACGCTACAGCTCGCAATTATCAGCCGCATTAAACTGTACTATCGCCCGGCTAAATTAGCGTTGCCACCCGATCAGGCCGCAGAAAAATTAAGATTTCGTCGTAGCGCGAATTCTCTGACGCTGATTAACCCGACACCCTATTACCTGACGGTAACAGAGTTGAATGCCGGAACCCGGGTTCTTGAAAATGCATTGGTGCCTCCAATGGGCGAAAGCACGGTTAAATTGCCTTCTGATGCAGGAAGCAatat < 1:765862/295‑1 (MQ=255) ccttAAAGCGATTCCGTCAATGGATAAATCAAAATTGACTGAGAATACGCTACAGCTCGCAATTATCAGCCGCATTAAACTGTACTATCGCCCGGCTAAATTAGCGTTGCCACCCGATCAGGCCGCAGAAAAATTAAGATTTCGTCGTAGCGCGAATTCTCTGACGCTGATTAACCCGACACCCTATTACCTGACGGTAACAGAGTTGAATGCCGGAACCCGGGTTCTTGAAAATGCATTGGTGCCTCCAATGGGCGAAAGCACGGTTAAATTGCCTTCTGATGCAGGAAGCAATAttac > 1:1070881/3‑300 (MQ=255) ccttAAAGCGATTCCGTCAATGGATAAATCAAAATTGACTGAGAATACGCTACAGCTCGCAATTATCAGCCGCATTAAACTGTACTATCGCCCGGCTAAATTAGCGTTGCCACCCGATCAGGCCGCAGAAAAATTAAGATTTCGTCGTAGCGCGAATTCTCTGACGCTGATTAACCCGACACCCTATTACCTGACGGTAACAGAGTTGAATGCCGGAACACGGGTTCTTGAAAATGCATTGGTGCCTCCAATGGGCGAAAGCAAGGTTAAATTGCCTTCTGATGCAGGAAGCAATAttac > 2:744146/3‑300 (MQ=255) cGTTAAAGCGATTCCGTCAATGGATAAATCAAAATTGACTGAGAATACGCTACAGCTCGCAATTATCAGCCGCATTAAACTGTACTATCGCCCGGCTAAATTAGCGTTGCCACCCGATCAGGCCGCAGAAAAATTAAGATTTCGTCGTAGCGCGAATTCTCTGACGCTGATTAACCCGACACCCTATTACCTGACGGTAACAGAGTTGAATGCCGGAACCCGGGTTCTTGAAAATGCATTGGTGCCTCCAATGGGCGAACGCACGGTTAAATTGCCTTCTGATGCAGGAAGCAATAttac > 1:1043006/1‑300 (MQ=255) cGTTAAAGCGATTCCGTCAATGGATAAATCAAAATTGACTGAGAATACGCTACAGCTCGCAATTATCAGCCGCATTAAACTGTACTATCGCCCGGCTAAATTAGCGTTGCAACCCGATCAGGCCGCAGAAAAATTAAGATTTCGTCGTAGCGCGAATTCTATGACGCTGATTAACCCGACACCCTATTACCTGACGGTAACAGAGTTGAATGCCGGAACCCGGGTTCTTGAAAATGCATTGGTGCCTCAAATGGGCGAAAGCACGGTTAAATTGCCTTCTGATGCAGGAAGCAATAttac > 2:84852/1‑300 (MQ=255) ttAAAGCGATTCCGTCAATGGATAAATCAAAATTGACTGAGAATACGCTACAGCTCGCAATTATCAGCCGCATTAAACTGTACTATCGCCCGGCTAAATTAGCGTTGCCACCCGATCAGGCCGCAGAAAAATTAAGATTTCGTCGTAGCGCGAATTCTCTGACGCTGATTAACCCGACACCCTATTACCTGACGGTAACAGAGTTGAATGCCGGAACCCGGGTTCTTGAAAATGCATTGGTGCCTCCAATGGGCGAAAGCACGGTTAAATTGCCTTCTGATGCAGGAAGCAATAttactt < 1:180309/300‑1 (MQ=255) | GTTCATGGCAATGATGGTTGCCGGACGCGCTGAAGCGGGAGTGGCCTTAGGTGCGACTCGCGTAATTTATCCGGCAGGGCAAAAACAAGAGCAACTTGCCGTGACAAATAATGATGAAAATAGTACCTATTTAATTCAATCATGGGTGGAAAATGCCGATGGTGTAAAGGATGGTCGTTTTATCGTGACGCCTCCTCTGTTTGCGATGAAGGGAAAAAAAGAGAATACCTTACGTATTCTTGATGCAACAAATAACCAATTGCCACAGGACCGGGAAAGTTTATTCTGGATGAACGTTAAAGCGATTCCGTCAATGGATAAATCAAAATTGACTGAGAATACGCTACAGCTCGCAATTATCAGCCGCATTAAACTGTACTATCGCCCGGCTAAATTAGCGTTGCCACCCGATCAGGCCGCAGAAAAATTAAGATTTCGTCGTAGCGCGAATTCTCTGACGCTGATTAACCCGACACCCTATTACCTGACGGTAACAGAGTTGAATGCCGGAACCCGGGTTCTTGAAAATGCATTGGTGCCTCCAATGGGCGAAAGCACGGTTAAATTGCCTTCTGATGCAGGAAGCAATATTACTT > NC_000913/4544375‑4544970 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |