| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2290113 | NA (NA) | 40 (0.280) | 31/590 | 3.2 | 20.9% | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 4544674 | 151 (1.060) | coding (371/726 nt) | fimC | type 1 fimbriae periplasmic chaperone | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
GTTCATGGCAATGATGGTTGCCGGACGCGCTGAAGCGGGAGTGGCCTTAGGTGCGACTCGCGTAATTTATCCGGCAGGGCAAAAACAAGAGCAACTTGCCGTGACAAATAATGATGAAAATAGTACCTATTTAATTCAATCATGGGTGGAAAATGCCGATGGTGTAAAGGATGGTCGTTTTATCGTGACGCCTCCTCTGTTTGCGATGAAGGGAAAAAAAGAGAATACCTTACGTATTCTTGATGCAACAAATAACCAATTGCCACAGGACCGGGAAAGTTTATTCTGGATGAACGTTAAAGCGATTCCGTCAATGGATAAATCAAAATTGACTGAGAATACGCTACAGCTCGCAATTATCAGCCGCATTAAACTGTACTATCGCCCGGCTAAATTAGCGTTGCCACCCGATCAGGCCGCAGAAAAATTAAGATTTCGTCGTAGCGCGAATTCTCTGACGCTGATTAACCCGACACCCTATTACCTGACGGTAACAGAGTTGAATGCCGGAACCCGGGTTCTTGAAAATGCATTGGTGCCTCCAATGGGCGAAAGCACGGTTAAATTGCCTTCTGATGCAGGAAGCAATATTACTTAC > NC_000913/4544375‑4544972 | gTTCATGGCAATGATGGTTGCCGGACGCGCTGAAGCGGTATTGGCCTTAGGTGCGACTCGCGTAATTTATCCGGCAGGGCAAAAACAAGAGCAACTTGCCGTGACAAATAATGATGAAAATAGTACCTATTTAATTCAATCATGGGTGGAAAATGCCGATGGTGTAAAGGATGGTCGTTTTATCGTGACGCCTCCTCTGTTTGCGATGAAGGGAAAAAAAGAGAATACCTTACGTATTCTTGATGCAACAAATAACCAATTGCCACAGGACCGGGAAAGTTTATTCTGGATGAACGTTaa > 1:645836/1‑300 (MQ=255)gTTCATGGCAATGATGGTTGCCGGACGCGCTGAAGCGGGAGTGGCCTTAGGTGCGACTCGCGTAATTTATCCGGCAGGGCAAAAACAAGAGCAACTTGCCGTGACAAATAATGATGAAAATAGTACCTATTTAATTCAATCATGGGTGGAAAATGCCGATGGTGTAAAGGATGGTCGTTTTATCGTGACGCCTCCTCTGTTTGCGATGAAGGGAAAAAAAGAGAATACCTTACGTATTCTTGATGCAACAAATAACCAATTGCCACAGGACCGGGAAAGTTTATTCTGGATGAACGTTaa > 1:758666/1‑300 (MQ=255) tCATGGCAATGATGGTTGCCGGACGCGCTGAAGCGGGAGTGGCCTTAGGTGCGACTCGCGTAATTTATCCGGCAGGGCAAAAACAAGAGCAACTTGCCGTGACAAATAATGATGAAAATAGTACCTATTTAATTCAATCATGGGTGGAAAATGCCGATGGTGTAAAGGATGGTCGTTTTATCGTGACGCCTCCTCTGTTTGCGATGAAGGGAAAAAAAGAGAATACCTTACGTATTCTTGATGCAACAAATAACCAATTGCCACAGGACCGGGAAAGTTTATTCTGGATGAACGTTaaa > 2:947720/1‑299 (MQ=255) agggCAATGATGGTTGCCAGACGCGCTGAAGCGGGAGTGGCCGGAGGTGCGACTCGCGTAATTTATCCGGCAGGGCAAAAACACGAGCAACTTGCCGTGACAAATAATGATGAAAATAGTACATATTTAAGTCAATCATGGGTGGAAAATGCCGATGGTTTAAAGGATGGTCGCTTTATCGTGACGCCTCCGCGGTCTGCGATGAAGGGAAAAAAAGAGAATACCTTACGTAGTCTTGATGCAACAAATAACCAATTGCCACAAGACCGGGAAAGTTTATTCTGGATGAACGTTAAAGc < 2:1019902/297‑1 (MQ=255) 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cGTTAAAGCGATTCCGTCAATGGATAAATCAAAATTGACTGAGAATACGCTACAGCTCGCAATTATCAGCCGCATTAAACTGTACTATCGCCCGGCTAAATTAGCGTTGCCACCCGATCAGGCCGCAGAAAAATTAAGATTTCGTCGTAGCGCGAATTCTCTGACGCTGATTAACCCGACACCCTATTACCTGACGGTAACAGAGTTGAATGCCGGAACCCGGGTTCTTGAAAATGCATTGGTGCCTCCAATGGGCGAACGCACGGTTAAATTGCCTTCTGATGCAGGAAGCAATAttac > 1:1043006/1‑300 (MQ=255) cGTTAAAGCGATTCCGTCAATGGATAAATCAAAATTGACTGAGAATACGCTACAGCTCGCAATTATCAGCCGCATTAAACTGTACTATCGCCCGGCTAAATTAGCGTTGCAACCCGATCAGGCCGCAGAAAAATTAAGATTTCGTCGTAGCGCGAATTCTATGACGCTGATTAACCCGACACCCTATTACCTGACGGTAACAGAGTTGAATGCCGGAACCCGGGTTCTTGAAAATGCATTGGTGCCTCAAATGGGCGAAAGCACGGTTAAATTGCCTTCTGATGCAGGAAGCAATAttac > 2:84852/1‑300 (MQ=255) ttAAAGCGATTCCGTCAATGGATAAATCAAAATTGACTGAGAATACGCTACAGCTCGCAATTATCAGCCGCATTAAACTGTACTATCGCCCGGCTAAATTAGCGTTGCCACCCGATCAGGCCGCAGAAAAATTAAGATTTCGTCGTAGCGCGAATTCTCTGACGCTGATTAACCCGACACCCTATTACCTGACGGTAACAGAGTTGAATGCCGGAACCCGGGTTCTTGAAAATGCATTGGTGCCTCCAATGGGCGAAAGCACGGTTAAATTGCCTTCTGATGCAGGAAGCAATAttactt < 1:180309/300‑1 (MQ=255) | GTTCATGGCAATGATGGTTGCCGGACGCGCTGAAGCGGGAGTGGCCTTAGGTGCGACTCGCGTAATTTATCCGGCAGGGCAAAAACAAGAGCAACTTGCCGTGACAAATAATGATGAAAATAGTACCTATTTAATTCAATCATGGGTGGAAAATGCCGATGGTGTAAAGGATGGTCGTTTTATCGTGACGCCTCCTCTGTTTGCGATGAAGGGAAAAAAAGAGAATACCTTACGTATTCTTGATGCAACAAATAACCAATTGCCACAGGACCGGGAAAGTTTATTCTGGATGAACGTTAAAGCGATTCCGTCAATGGATAAATCAAAATTGACTGAGAATACGCTACAGCTCGCAATTATCAGCCGCATTAAACTGTACTATCGCCCGGCTAAATTAGCGTTGCCACCCGATCAGGCCGCAGAAAAATTAAGATTTCGTCGTAGCGCGAATTCTCTGACGCTGATTAACCCGACACCCTATTACCTGACGGTAACAGAGTTGAATGCCGGAACCCGGGTTCTTGAAAATGCATTGGTGCCTCCAATGGGCGAAAGCACGGTTAAATTGCCTTCTGATGCAGGAAGCAATATTACTTAC > NC_000913/4544375‑4544972 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |