| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 1,743,496 | IS5 (+) +4 bp | coding (40‑43/1374 nt) | mdtK → | multidrug efflux pump MdtK |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1396044 = | NA (NA) | 177 (1.240) | 86/590 | 0.2 | 100% | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 1743499 | 0 (0.000) | coding (43/1374 nt) | mdtK | multidrug efflux pump MdtK | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 1397238 | NA (NA) | 136 (0.950) | 79/590 | 0.3 | 100% | noncoding (1195/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 1743496 = | 0 (0.000) | coding (40/1374 nt) | mdtK | multidrug efflux pump MdtK | |||||
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
GCCATCGCTCAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATGCGTAGCATGGTTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < 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GGACTTGTTCGTACCTTCCCTAATGCTAATAACAGACGCGCTTCACTGATATACTTCTGCACGTGAACACCTTTTATTTGTAGTTATATGAGAGACTAAAAAGCCGCCTGAATGGGCAGCAAAAAGAAGAAGCAGTGGAAATTCAGTCTATTGTAGCGAGGATTTATTAATTCTCCAGTGAAAAAATAGCCATTCTTACCCCTTCACTGGTAAGGGCGTTTTCCACCTGCTATTGTGCTGAACAGAATGTCTTAACTGATTTCAGGAGTTGTAAGTATGTTTACGGGGATTGTACAGGGC < 2:134546/300‑1 GGACTTGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAATAACAGACGCGCTTCACTGATATACTTCTGCACGTGAACACCTTTTATTTGTAGTTATATGAGAGACTAAAAAGCCGCCTGAATGGGCAGCAAAAAGAAGAAGCAGGGGAAATTCAGTCTATTGTAGCGAGGATTTATTAATTCTCCAGTGAAAAAATAGCCATTCTTACCCCTTCACTGGTAAGGGCGTTTTCCACCTGCTATTGTGCTGAACAGAATGTCTTAACTGATTTCAGGAGTTGTAAGTATGTTTACGGGGATTGTACAGGGC < 1:12344/300‑1 GGACTTGTTCGCACCTTCCCGAATGCTAATAACAGACGCGCTTCACTGGTATACTTCTGCACGTGAACACCTTTTATTTGTAGTTATATGAGAGACTAAAAAGCCGCCTGAATGGGCAGCAAAAAGAAGAAGCAGGGGAAATTCAGTCTATTGTAGCGAGGATTTATTAATTCTCCAGTGAAAAAACAGCCATTCTTACCCCTTCACGGGGAAGGGCGTTTTCCACCTGCTATTGTGCTGAACAGAATGTCGTAACTGATTTCAGGAGTTGTAAGTATGTTTACGGGGATTGTACAGGGC < 2:496306/300‑1 GGACTTGTTCGCACCTTCCCGAATGCTAATAACAGACGCGCTTCACTGATATACTTCTGCACGTGAACACCTTTTATTTGTAGTTATATGAGAGACTAAAAAGCCGCCGGAATGGGCAGCAAAAAGAAGAAGCAGGGGAAATTCAGTCTATTGTAGCGAGGATTTATTAATTCTCCAGTGAAAAAATAGCCATTCTTACCCCTTCACTGGTAAGGGCGTTTTCCACCTGCTATTGTGCTGAACAGAATGTCTTAACTGATTTCAGGAGTTGTAAGTATGTTTACGGGGATTGTACAGGGC < 2:602292/300‑1 TGTTCGCACCTTCCCTAATGCTAATAACAGACGCGCTTCACTGATATACTTCTGCACGTGAACACCTTTTATTTGTAGTTATATGAGAGACTAAAAAGCCGCCTGAATGGGCAGCAAAAAGAAGAAGCAGGGGAAATTCAGTCTATTGTAGCGAGGATTTATTAATTCTCCAGTGAAAAAATAGCCATTCTTACCCCTTCACTGGTAAGGGCGTTTTCCACNTGCTATTGTGCTGAACAGAATGTCTTAACTGATTTCAGGAGTTGTAAGTATGTTTACGGGGATTGTACAGGGCACCGC > 1:242362/1‑300 CTTCCCTAATGCTAATAACAGACGCGCTTCACTGATATACTTCTGCACGTGAACACCTTTTATTTGTAGTTATATGAGAGACTAAAAAGCCGCCTGAATGGGCAGCAAAAAGAAGAAGCAGGGGAAATTCAGTCTATTGTAGCGAGGATTTATTAATTCTCCAGTGAAAAAATAGCCATTCTTACCCCTTCACTGGTAAGGGCGTTTTCCACCTGCTATTGTGCTGAACAGAATGTCTTAACTGATTTCAGGAGTTGTAAGTATGTTTACGGGGATTGTACAGGGC < 2:1057058/286‑1 GCCATCGCTCAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATGCGTAGCATGGTTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/1396336‑1396044‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTAATGCTAATAACAGACGCGCTTCACTGATATACTTCTGCACGTGAACACCTTTTATTTGTAGTTATATGAGAGACTAAAAAGCCGCCTGAATGGGCAGCAAAAAGAAGAAGCAGGGGAAATTCAGTCTATTGTAGCGAGGATTTATTAATTCTCCAGTGAAAAAATAGCCATTCTTACCCCTTCACTGGTAAGGGCGTTTTCCACCTGCTATTGTGCTGAACAGAATGTCTTAACTGATTTCAGGAGTTGTAAGTATGTTTACGGGGATTGTACAGGGCACCGCAAAACTGGTGTC < NC_000913/1743499‑1743202 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |