| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 1,336,674 | 0 | G | A | 78.7% | 235.6 / 53.2 | 108 | G282R (GGG→AGG) | acnA | aconitate hydratase 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/6); new base A (41/44); total (58/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.48e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
CGGCAAAGCAGTGTGGAGTGAATTGCAGGACGGTGAATGGATTGCTTATCCGGATACACTCGTTGGTACTGACTCGCACACCACCATGATCAACGGCCTTGGCGTGCTGGGGTGGGGCGTTGGTGGGATCGAAGCAGAAGCCGCAATGTTAGGCCAGCCGGTTTCCATGCTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAACCCGGGCGATGAACCAATTTTTACCAGTACGTTAGAACTGGATATGAATGACGTTGAAGCGAGCCTGGCAGGGCCTAAACGCCC > NC_000913/1336394‑1336969 | cGGCAAAGCAGTGTGGAGTGAATTGCAGGACGGTGAATGGATTGCTTATCCGGATATACTCGTTGGTACTGACTCGCACACCACCATGATCAACGGCCTTGGTGTGCTGGGGTGGGGCATTGGTGGGATCGAAGCCGAAGCCGCAATGTTAGGCCAGCCGGTTTCCATGCTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCAACAGACCTGGTTCTCAATGTTAACCAAATGCTGCGAAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTa > 2:922/1‑300 (MQ=255) 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ggtgaGGAAATTTTTCGAATTTTATGTTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGTCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACATTTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAATCCGGGCGATGAACCAATTTTTACCAGTACGTTAGAACTGGATATGAATGACGTTGAAGCGAGCCTGGCAGGGCCTAAACGccc < 2:332503/300‑1 (MQ=255) ggtgaGGAAATTCGTCAAGCTTTATGGTGATGGTTTGGATTTGCTACCGTTGACGGATCGCACCACCATTCCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCTCGATTGATGTTTTAACCCCTGATTACATACGTCTAAGCAGGCGCATCCAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATACGCCAAAACACAGGGCATGTAGCGTAACCCGGGCGATGAACCGATTTTTACCAGTACGTTAGAACTGGCTATGAATGACTTTGAAGCGAGCCTGGCacttcctacccgccc < 2:335909/300‑15 (MQ=255) | CGGCAAAGCAGTGTGGAGTGAATTGCAGGACGGTGAATGGATTGCTTATCCGGATACACTCGTTGGTACTGACTCGCACACCACCATGATCAACGGCCTTGGCGTGCTGGGGTGGGGCGTTGGTGGGATCGAAGCAGAAGCCGCAATGTTAGGCCAGCCGGTTTCCATGCTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAACCCGGGCGATGAACCAATTTTTACCAGTACGTTAGAACTGGATATGAATGACGTTGAAGCGAGCCTGGCAGGGCCTAAACGCCC > NC_000913/1336394‑1336969 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |