| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 2288919 = | NA (NA) | 17 (0.180) | 13/586 | 4.7 | 14.8% | noncoding (1195/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 3349205 | 98 (1.060) | coding (605/729 nt) | mtgA | peptidoglycan glycosyltransferase MtgA | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AACATTGGTGAAAGCACATTGATTCCACTGGCGACCTGGTCGAAGTGGTGTTGTCTGCGTAAGCAAGAGCGGTTATGGAAACGATTTATCGCCCAACCGGCGCTGGCTATTGCCCTGCAGAAAGATCTGCAACCTCGTGAGAGCAAAACGCTGGCCCTCACTTCGCGCGAAGCTTAATCCAGCTGGTGTTGTTGCATAAACGGCTCACCGCCTAACTGATACATCTGCCGTAAAATCCACGCCTGACGGCTACGCACGTAGCCCGATGGCGAGGAGACTTTGAAACGAAGTGGATTAGGTAATACAGCTGCCAGTAATGCAGCTTCCGACCGGGTAAGTTTGCTCGCGGGTTTGTGGAAATAACGTTGTGCCGCAGCTTCGACGCCAAACACACCGTCGCCAAATTCGGCGATATTCAGGTAAACCGTCAGGATACGCTTTTTGCTCCAGACCGTTTCTATCCCCAGCGTTAATCCGGCTTCCAGCCCTTTTCGAACCCAGCTACGCCCATCCCATAAAAAGAGATTTTTGGCTGTCTGTTGAGAAATCGTTGAAGCACCGCGAATACGGTTTTCATTGCGCTCGTTGTGCGCCA > NC_000913/3348908‑3349502 | aacaTTGGTGAAAGCACATTGATTCCACTGGCGACCTGGTCGAAGTGGTGTTGTCTGCGTAAGCAAGAGCGGTTATGGAAACGATTTATCGCCCAACCGGCGCTGGCTATTGCCCTGCAGAAAGATCTGCAACCTCGTGAGAGCAAAACGCTGGCCCTCACTTCGCGCGAAGCTTAATCCAGCTGGTGTTGTTGCATAAACGGCTCACCGCCTAACTGATACATCTGCCGTAAAATCCACGCCTGACGGCTACGCACGTAGCCCGATGGCGAGGAGACTTTGAAACGAAGTGGATTAGGt < 1:195613/300‑1 (MQ=255) tGGTGAAAGCACATTGATTCCACTGGCGACCTGGTCGAAGTGGTGTTGTCTGCGTAAGCAAGAGCGGTTATGGAAACGATTTATCGCCCAACCGGCGCTGGCTATTGCCCTGCAGAAAGATCTGCAACCTCGTGAGAGCAAAACGCTGGCCCTCACTTCGCGCGAAGCTTAATCCAGCTGGTGTTGTTGCATAAACGGCTCACCGCCTAACTGATACATCTGCCGTAAAATCCACGCCTGACGGCTACGCACGTAGCCCGATGGCGAGGAGACTTTGAAACGAAGTGGATTAGGTAATAc < 2:465084/300‑1 (MQ=255) tGGTGAAAGCACATTGATTCCACTGGCGACCTGGTCGAAGTGGTGTTGTCTGCGTAAGCAAGAGCGGTTATGGAAACGATTTATCGCCCAACCGGCGCTGGCTATTGCCCTGCAGAAAGATCTGCAACCTCGTGAGAGCAAAACGCTGGCCCTCACTTCGCGCGAAGCTTAATCCAGCTGGTGTTGTTGCATAAACGGCTCACCGCCTAACTGATACATCTGCCGTAAAATCCACGCCTGACGGCTACGCACGTAGCCCGATGGCGAGGAGACTTTGAAACGAAGTGGATTAGGTAATAc < 1:25467/300‑1 (MQ=255) ggTGAAAGCACATTGATTCCACTGGCGACCTGGTCGAAGTGGTGTTGTCTGCGTAAGCAAGAGCGGTTATGGAAACGATTTATCGCCCAACCGGCGCTGGCTATTGCCCTGCAGAAAGATCTGCAACCTCGTGAGAGCAAAACGCTGGCCCTCACTTCGCGCGAAGCTTAATCCAGCTGGTGTTGTTGCATAAACGGCTCACCGCCTAACTGATACATCTGCCGTAAAATCCACGCCTGACGGCTACGCACGTAGCCCGATGGCGAGGAGACTTTGAAACGAAGTGGATTAGGTAATACa > 2:515195/1‑300 (MQ=255) ggTGAAAGCACATTGATTCCACTGGCGACCTGGTCGAAGTGGTGTTGTCTGCGTAAGCAAGAGCGGTTATGGAAACGATTTATCGCCCAACCGGCGCTGGCTATTGCCCTGCAGAAAGATCTGCAACCTCGTGAGAGCAAAACGCTGGCCCTCACTTCGCGCGAAGCTTAATCCAGCTGGTGTTGTTGCATAAACGGCTCACCGCCTAACTGATACATCTGCCGTAAAATCCACGCCTGACGGCTACGCACGTAGCCCGATGGCGAGGAGACTTTGAAACGAAGTGGATTAGGTAATACa > 1:33487/1‑300 (MQ=255) gcccTGGTCGAAGTGGTGTTGTCTGCGTAAGCAAGAGCGGTTATGGAAACGATTTATCGCCCAACCGGCGCTGGCTATTGCCCTGCAGAAAGATCTGCAACCTCGTGAGAGCAAAACGCTGGCCCTCACTTCGCGCGAAGCTTAATCCAGCTGGTGTTGTTGCATAAACGGCTCACCGCCTAACTGATACATCTGCCGTAAAATCCACGCCTGACGGCTACGCACGTAGCCCGATGGCGAGGAGACTTTGAAACGAAGTGGATTAGGTAATACAGCTGCCAGTAATGCAGCTTCCGAcc > 1:574754/3‑299 (MQ=255) ggTCGAAGTGGTGTTGTCTGCGTAAGCAAGAGCGGTTATGGAAACGATTTATCGCCCAACCGGCGCTGGCTATTGCCCTGCAGAAAGATCTGCAACCTCGTGAGAGCAAAACGCTGGCCCTCACTTCGCGCGAAGCTTAATCCAGCTGGTGTTGTTGCATAAACGGCTCACCGCCTAACTGATACATCTGCCGTAAAATCCACGCCTGACGGCTACGCACGTAGCCCGATGGCGAGGAGACTTTGAAACGAAGTGGATTAGGTAATACAGCTGCCAGTAATGCAGCTTCCGACCGGGTaa > 1:745519/1‑300 (MQ=255) gAAGTGGTGTTGTCTGCGTAAGCAAGAGCGGTTATGGAAACGATTTATCGCCCAACCGGCGCTGGCTATTGCCCTGCAGAAAGATCTGCAACCTCGTGAGAGCAAAACGCTGGCCCTCACTTCGCGCGAAGCTTAATCCAGCTGGTGTTGTTGCATAAACGGCTCACCGCCTAACTGATACATCTGCCGTAAAATCCACGCCTGACGGCTACGCACGTAGCCCGATGGCGAGGAGACTTTGAAACGAAGTGGATTAGGTAATACAGCTGCCAGTAATGCAGCTTCCGACCGGGTAAGtt < 1:584115/299‑1 (MQ=255) aaGTGGTGTTGTCTGCGTAAGCAAGAGCGGTTATGGAAACGATTTATCGCCCAACCGGCGCTGGCTATTGCCCTGCAGAAAGATCTGCAACCTCGTGAGAGCAAAACGCTGGCCCTCACTTCGCGCGAAGCTTAATCCAGCTGGTGTTGTTGCATAAACGGCTCACCGCCTAACTGATACATCTGCCGTAAAATCCACGCCTGACGGCTACGCACGTAGCCCGATGGCGAGGAGACTTTGAAACGAAGTGGATTAGGTAATACAGCTGCCAGTAATGCAGCTTCCGACCGGGTAAGttt > 1:12116/1‑299 (MQ=255) gtggtgTTGTCTGCGTAAGCAAGAGCGGTTATGGAAACGATTTATCGCCCAACCGGCGCTGGCTATTGCCCTGCAGAAAGATCTGCAACCTCGTGAGAGCAAAACGCTGGCCCTCACTTCGCGCGAAGCTTAATCCAGCTGGTGTTGTTGCATAAACGGCTCACCGCCTAACTGATACATCTGCCGTAAAATCCACGCCTGACGGCTACGCACGTAGCCCGATGGCGAGGAGACTTTGAAACGAAGTGGATTAGGTAATACAGCTGCCAGTAATGCAGCTTCCGACCGGGTAAGTTTGCt > 2:283468/1‑300 (MQ=255) 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aGGTAATACAGCTGCCAGTAATGCAGCTTCCGACCGGGTAAGTTTGCTCGCGGGTTTGTGGAAATAACGTTGTGCCGCAGCTTCGACGCCAAACACACCGTCGCCAAATTCGGCGATATTCAGGTAAACCGTCAGGATACGCTTTTTGCTCCAGACCGTTTCTATCCCCAGCGTTAATCCGGCTTCCAGCCCTTTTCGAACCCAGCTACGCCCATCCCATAAAAAGAGATTTTTGGCTGTCTGTTGAGAAATCGTTGAAGCACCGCGAATACGGTTTTCATTGCGCTCGTTGTGCGCCa > 2:618786/1‑299 (MQ=255) aGGTAATACAGCTGCCAGTAAGGCAGCTTCCGACCGGGGAAGGGGGCTCGCGGGGGTGGGGAAAGAACGGGGGGACGCAGATGCGACGCCAAACACACCGTCGCCAAATTCGGCGATATTCAGGTAAACCGTCAGGATACGCTTTTTGCTCCAGACCGTTTCTATCCCCAGCGTTAATCCGGCTTCCAGCCCTTTTCGAACCCAGCTACGCCCATCCCATAAAAAGAGATTTTTGGCTGTCTGTTGAGAAATCGTTGAAGCACCGCGAATACGGTTTTCATTGCGCTCGTTGTGCGcc < 2:12116/298‑1 (MQ=255) ggTAATACAGCTGCCAGTAATGCAGCTTCCGACCGGGTAAGTTTGCTCGCGGGTTTGTGGAAATAACGTTGTGCCGCAGCTTCGACGCCAAACACACCGTCGCCAAATTCGGCGATATTCAGGTAAACCGTCAGGATACGCTTTTTGCTCCAGACCGTTTCTATCCCCAGCGTTAATCCGGCTTCCAGCCCTTTTCGAACCCAGCTACGCCCATCCCATAAAAAGAGATTTTTGGCTGTCTGTTGAGAAATCGTTGAAGCACCGCGAATACGGTTTTCATTGCGCTCGTTGTGCGCCa > 1:26774/1‑298 (MQ=255) | AACATTGGTGAAAGCACATTGATTCCACTGGCGACCTGGTCGAAGTGGTGTTGTCTGCGTAAGCAAGAGCGGTTATGGAAACGATTTATCGCCCAACCGGCGCTGGCTATTGCCCTGCAGAAAGATCTGCAACCTCGTGAGAGCAAAACGCTGGCCCTCACTTCGCGCGAAGCTTAATCCAGCTGGTGTTGTTGCATAAACGGCTCACCGCCTAACTGATACATCTGCCGTAAAATCCACGCCTGACGGCTACGCACGTAGCCCGATGGCGAGGAGACTTTGAAACGAAGTGGATTAGGTAATACAGCTGCCAGTAATGCAGCTTCCGACCGGGTAAGTTTGCTCGCGGGTTTGTGGAAATAACGTTGTGCCGCAGCTTCGACGCCAAACACACCGTCGCCAAATTCGGCGATATTCAGGTAAACCGTCAGGATACGCTTTTTGCTCCAGACCGTTTCTATCCCCAGCGTTAATCCGGCTTCCAGCCCTTTTCGAACCCAGCTACGCCCATCCCATAAAAAGAGATTTTTGGCTGTCTGTTGAGAAATCGTTGAAGCACCGCGAATACGGTTTTCATTGCGCTCGTTGTGCGCCA > NC_000913/3348908‑3349502 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |