| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 4,315,040 | G→T | C21* (TGC→TGA) | phnP ← | 5‑phospho‑alpha‑D‑ribosyl 1,2‑cyclic phosphate phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,315,040 | 0 | G | T | 98.2% | 186.3 / NA | 55 | C21* (TGC→TGA) | phnP | 5‑phospho‑alpha‑D‑ribosyl 1,2‑cyclic phosphate phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (28/25); total (29/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAAATCAAGCAGGCCCGGATGTTTAAACAGATCGTCGCAGCCCTGTTCATCCGGCGGGCCGTAAACCGGGAT‑CGGATCGCCAACGCCCCA‑GCGCAGCGGAAACAGCCCCTGGACGTGATCCATATGATAATGCGTCAGCAAAAACTGCTGGAACGATCCGGGCGACCAGCGATCGGCGAGATCGTGCAGCCCGGCGTCGATCAGGGTGATTGCGTCGTTAAACTTCACTACGCCGCTGCACGGTTGGCGGCGATACTGCGGCGAGCGCCGCGCTCTGGCGCAGGCCGCACACTCGCAGCCCCATGCCGGAACGCCCTGTGCGCCGCCGGTGCCGGTGAGCGTGAGGGTCAGGCTCATGTTACAGCGCCTTGGTGAAGCGGAAGTGGCTCTGCTCGTAGCCTTCGCGCAGATAGAAACGGTGCGCGTCGTGGCGCTTCACGTTGGTCGAAAGTTCGGTCATTTCGGCCCCGGCCTGGCGGGCTTCTTCTTCTGCCCACGCCAGTAACTTACTGCCGACGTTCAGACCGCGCGCCTGCGGCATTACCACCAACTCCTGAATTTCGCCGATCCAGTTGACATGATGC > NC_000913/4314746‑4315329 | gAAATCAAGCAGGCCCGGATGTTTAAACAGATCGTCGCAGCCCTGTTCATCCGGCGGGCCGTAAACCGGGAT‑CGGATCGCCAACGCCCCA‑GCGCAGCGGAAACAGCCCCTGGACGTGATCCATATGATAATGCGTCAGCAAAAACTGCTGGAACGATCCGGGCGACCAGCGATCGGCGAGATCGTGCAGCCCGGCGTCGATCAGGGTGATTGCGTCGTTAAACTTCACTACGCCGCTGCACGGTTGGCGGCGATACTGCGGCGAGCGCCGCGCTCTGGCGCAGGCCGCACACTCTCAGcc < 2:677163/300‑1 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aaaTCAAGCAGGCCCGGATATTTAAACAGATCGTCGCAGCCCTGTTCATCCGGCGGGCCGTAAACCGGGAT‑CGGATCGCCAACGCCCCA‑GCGCAGCGGAAACAGCCCCTGGACGTGATCCATATGATAATGCGTCAGCAAAAACTGCTGGAACGATCCGGGCGANCAGCGATCGGCGAGATCGTGCAGCCCGGCGTCGATCAGGGTGATTGCGTCGTTAAACTTCACTACGCCGCTGCACGGTTGGCGGCGATACTGCGGCGAGCGCCGCGCTCTGGCGCAGGCCGCACACTCTCAGccc < 2:595152/300‑1 (MQ=255) ggCCCGGATGTTTAAACAGATCGTCGCAGCCCTGTTCATCCGGCGGGCCGTAAACCGGGAT‑CGGATCGCCAACGCCCCA‑GCGCAGCGGAAACAGCCCCTGGACGTGATCCATATGATAATGCGTCAGCAAAAACTGCTGGAACGATCCGGGCGACCAGCGATCGGCGAGATCGTGCAGCCCGGCGTCGATCAGGGTGATTGCGTCGTTAAACTTCACTACGCCGCTGCACGGTTGGCGGCGATACTGCGGCGAGCGCCGCGCTCTGGCGCAGGCCGCACACTCTCAGCCCCATGCCGGaa > 2:799842/1‑300 (MQ=255) ggATGTTTAAACAGATCGTCGCAGCCCTGTTCATCCGGCGGGCCGTAAACCGGGAT‑CGGATCGCCAACGCCCCA‑GCGCAGCGGAAACAGCCCCTGGACGTGATCCATATGATAATGCGTCAGCAAAAACTGCTGGAACGATCCGGGCGACCAGCGATCGGCGAGATCGTGCAGCCCGGCGTCGATCAGGGTGATTGCTTCGTTAAACTTCACTACGCCGCTGCACGGTTGGCGGCGATACTGCGGCGAGCGCCGCGCTCTGGCGCAGGCCGCACACTCTCAGCCCCATGCCGGAACGccc < 2:173245/300‑1 (MQ=255) 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aCCGGGAT‑CGGATCGCCAACGCCCCA‑GCGCAGCGGAAACAGCCCCTGGACGTGATCCATATGATAATGCGTCAGCAAAAACTGCTGGAACGATCCGGGCGACCAGCGATCGGCGAGATCGTGCAGCCCGGCGTCGATCAGGGTGATTGCGTCGTTAAACTTCACTACGCCGCTGCACGGTTGGCGGCGATACTGCGGCGAGCGCCGCGCTCTGGCGCAGGCCGCACACTCTCAGCCCCATGCCGGAACGCCCTGTGCGCCGCCGGTGCCGGTGAGCGTGAGGGTCAGGCTCATGTTACAg < 1:621902/300‑1 (MQ=255) cGCCCCA‑GCGCAGCGGAAACAGCCCCTGGACGTGATCCATATGATAATGCGTCAGCAAAAACTGCTGGAACGATCCGGGCGACCAGCGATCGGCGAGATCGTGCAGCCCGGCGTCGATCAGGGTGATTGCGTCGTTAAACTTCACTACGCCGCTGCACGGTTGGCGGCGATACTGCGGCGAGCGCCGCGCTCTGGCGCAGGCCGCACACTCTCAGCCCCATNCCGGAACGCCCTGTGCGCCGCCGGTGCCGGTGAGCGTGAGGGTCAGGCTCATGTTACAGCGCCTTGGTGAAGCGGaa > 1:163370/1‑299 (MQ=255) cGCCCCA‑GCGCAGCGGAAACAGCCCATGGACGTGATCCATATGATAATGCGTCAGCAAAAACTGCTGGAACGATCCGGGCGACCAGCGATCGGCGAGATCGTGCAGCCCGGCGTCGATCAGGGTGATTGCGTCGTTAAACTTCACTACGCCGCTGCACGGTTGGCGGCGATACTGCGGCGAGCGCCGCGCTCTGGCGCAGGCCGCACACTCTCAGCCCCATNCCGGAACGCCCTGTGCGCCGCCGGTGCCGGTGAGCGTGAGGGTCAGGCTCATGTTACAGCGCCTTGGTGAAGCGGaa > 1:163508/1‑299 (MQ=255) 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gcTGCACGGTTGGCGGCGATACTGCGGCGAGCGCCGCGCTCTGGCGCAGGCCGCACACTCTCAGCCCCATGCCGGAACGCCCTGTGCGCCGCCGGTGCCGGTGAGCGTGAGGGTCAGGCTCATGTTACAGCGCCTTGGTGAAGCGGAAGTGGCTCTGCTCGTAGCCTTCGCGCAGATAGAAACGGTGCGCGTCGTGGCGCTTCACGTTGGTCGAAAGTTCGGTCATTTCGGCCCCGGCCTGGCGGGCTTCTTCTTCTGCCCACGCCAGCAACTTACTGCCGACGTTCAGACCGCGCGCCt > 2:481498/1‑300 (MQ=255) gTTGGCGGCGATACTGCGGCGAGCGCCGCGCTCTGGCGCAGGCCACACACTCTCAGCCCCATGCCGGAACGCCCTGTGCGCCGCAGGTGCCGGTGAGCGTGAGGGTCAGGCTCATGTTACAGCGCCTTGGTGAAGCGGAAGTGGCTCTGCTCGTAGCCTTCGCGCAGATAGAAACGGTGCGCGTCGTGGCGCTTCACGTTGGTCGAAAGTTCGGTCATTTCGGCCCCTGCCTGGCGGGCTTCTTCTTCTGCCCACGCCAGTAACTTACTGCCGACGTTCAGACCGCGCGCCTGCGGCAtt > 1:227411/1‑300 (MQ=255) gcggcgATACGGCGGCGAGCGCCGCGCTCTGGCGCAGGCCGCACACTCTCATCCCCATGCCGGAACGCCCGGTGCGCCGCCGGTGCCGGTGAGCGGGAGGGTCAGGCTCATGTTACAGCGCCTTGTTGAAGCGGAAGTGGCTCTGCTCGTAGCCTTCGCGCAGATAGAAACGGTGCGCGTCGTGGCGCTTCACGTTGGTCGAAAGTTCGGTCATTTCGGCCCCGGCCTGGCGGGCTTCTTCTTCTGCCCACGCCAGTAACTTACTGCCGACGTTCAGACCGCGCGCCTGCGGCATTacca < 2:498653/300‑1 (MQ=255) 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ctctGGCGCAGGCCGCACACTCTCAGCCCCATGCCGGAACGCCCTGTGCGCCGCCGGTGCCGGTGAGCGTGAGGGTCAGGCTCATGTTACAGCGCCTTGGTGAAGCGGAAGTGGCTCTGCTCGTAGCCTTCGCGCAGATAGAAACGGTGCGCGTCGTGGCGCTTCACGTTGGTCGAAAGTTCGGTCATTTCGGCCCCGGCCTGGCGGGCTTCTTCTTCTGCCCACGCCAGTAACTTACTGCCGACGTTCAGACCGCGCGCCTGCGGCATTACCACCAACTCCTGAATTTCGCCGATCCa > 1:743801/1‑299 (MQ=255) ctctGGCGCAGGCCGCACACTCTCAGCCCCATGCCGGAACGCCCTGTGCGCCGCCGGTGCCGGTGAGCGTGAGGGTCAGGCTCATGTTACAGCGCCTTGGTGAAGCGGAAGTGGCTCTGCTCGTAGCCTTCGCGCAGATAGAAACGGTGCGCGTCGTGGCGCTTCACGTTGGTCGAAAGTTCGGTCATTTCGGCCCCGGCCTGGCGGGCTTCTTCTTCTGCCCACGCCAGTAACTTACTGCCGACGTTCAGACCGCGCGCCTGCGGCATTAACACCAACTCCTGAATTTAGCCGATCCa > 1:532383/1‑299 (MQ=255) ctGGCGCAGGCCGCACCCTCTCCGCCCCATGCCGGAACGCCCTGTGCGCCGCCGGTGCCGGTGAGCGTGAGAGTCGGGCTCATGTTAACGCGGCTTGGTGAAGCGGAAGTGGCTCTGCTCGTAGCCTTCGCGCAGATAGAAACGGTGCGCGTCGTGGCGTTTCAAGNTGGTCGAAGGTTCGGTCATTTCGGCACCGGCCTGGCGGGCTTCTTCTTCTGCCCACGCCAGTAACTTACTGCCGACGTTCAGACCGCGCGCATGCGGCATTACCACCAACTACTGAATTTCGCCGATCCAGtt > 2:246691/1‑300 (MQ=255) ggCGCAGGCCGCACACTCTCAGCCCCATGCCGGAACGCCCTGTGCGCCGCCGGTGCAGGTGAGCGTGAGGGTCAGGCTCATGTTAAAGCGCCTTGGTGAAGCGGAAGTGGCTCTGCTCGTAGCCTTCGCGCAGATAGAAACGGTGCGCGTCGTGGCGCTTCACGTTGGTCGAAAGTTCGGTCATTTCGGCCCCGGCCTGGCGGGCTTCTTCTTCTGCCCACGCCAGTAACTTACTGCCGACGTTCAGACCGCGCGCCTGCGGCATTACCACCAACTCATGAATTTCGCCGATCCAGTTGa > 2:294033/1‑300 (MQ=255) ggCCGCACACTCTCAGCCCCATGCCGGAACGCCCTGTGCGCCGCCGGTGCCGGTGAGCGTGAGGGTCAGGCTCATGTTACAGCGCCTTGGTGAAGCGGAAGTGGCTCTGCTCGTAGCCTTCGCGCAGATAGGAACGGTGCGCGTCGTGGCGCTTCACGTTGGTCGAAAGTTCGGTCATTTCGGCCCCGGCCTGGCGGGCTTCTTCTTCTGCCCACGCCAGTAACTTACTGCCGACGTTCAGACCGCGCGCCTGCGGCATTACCACCAACCCCTGAATTTCGCCGATCCAGTTGACatgat > 2:101917/1‑300 (MQ=255) gtacacTCTCAGCCCCATTCCGGAACGCCCTGTGCGCCGCCGGTGCCGGTGAGCGTGAGGGTCAGGCTCATGTTACAGCGCCTTGGTGAAGCGGAAGTGGCTCTGCTCGTAGCCTTCGCGCAGATAGAAACGGTGCGCGTCGTGGCGTTTCACGTTGGTCGANAGTTCGGTCATTTCGGCCCCGGCCTGGCGGGCTTCTTCTTCTGCCCACGCCAGTAACTTACTGCCGACGTTCAGACCGCGCGCCTGCGGCATTACCATCGACTCCTGAATTTCGCCGATCCAGTTGACATGATGc < 2:593227/296‑1 (MQ=255) | GAAATCAAGCAGGCCCGGATGTTTAAACAGATCGTCGCAGCCCTGTTCATCCGGCGGGCCGTAAACCGGGAT‑CGGATCGCCAACGCCCCA‑GCGCAGCGGAAACAGCCCCTGGACGTGATCCATATGATAATGCGTCAGCAAAAACTGCTGGAACGATCCGGGCGACCAGCGATCGGCGAGATCGTGCAGCCCGGCGTCGATCAGGGTGATTGCGTCGTTAAACTTCACTACGCCGCTGCACGGTTGGCGGCGATACTGCGGCGAGCGCCGCGCTCTGGCGCAGGCCGCACACTCGCAGCCCCATGCCGGAACGCCCTGTGCGCCGCCGGTGCCGGTGAGCGTGAGGGTCAGGCTCATGTTACAGCGCCTTGGTGAAGCGGAAGTGGCTCTGCTCGTAGCCTTCGCGCAGATAGAAACGGTGCGCGTCGTGGCGCTTCACGTTGGTCGAAAGTTCGGTCATTTCGGCCCCGGCCTGGCGGGCTTCTTCTTCTGCCCACGCCAGTAACTTACTGCCGACGTTCAGACCGCGCGCCTGCGGCATTACCACCAACTCCTGAATTTCGCCGATCCAGTTGACATGATGC > NC_000913/4314746‑4315329 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |