| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| JC JC | NC_000913 | 2,316,421 | IS2 (+) +5 bp | coding (245‑249/651 nt) | rcsB → | DNA‑binding transcriptional activator RcsB |
| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_000913 | = 2316425 | 0 (0.000) | 107 (1.070) | 69/590 | 0.1 | 100% | coding (249/651 nt) | rcsB | DNA‑binding transcriptional activator RcsB |
| ? | NC_000913 | = 2997691 | NA (NA) | noncoding (1/1331 nt) | IS2 | repeat region | |||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
GAACAACCTGTTCTCCGGCGGCGACAGCAGTAAGACTTCCTTCCTGGTATTGCTTACGCCAGAGAAATAACTGGCTGGCTGCTACACCATGTTGCCGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTGCTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTG‑GAGATTCAGGGGGCCAGT‑CTAAACT‑TGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTGGGGATTCTCCCCCTAAATCAAGCTGTAACGTTATTCTTTCATAACCTTTATCTATGAGGTGGTTCAACCTCGTTGTTGAAAGAGTTTCATCCAGTTCATTGACTTTAGCTTCGCGTAGTAAATCAGAGACAA‑AAACAGAGTCTTTCTTCGAGAGTAGGTTTGACAAACGTTCCAGTCCAGAGGTCACC > NC_000913/2997396‑2997989 | caacCTGTTCTCCGGCGGCGACAGCAGTAAGACTTCCTTCCTGGTATTGCTTACGCCAGAGAAATAACTGGCTGGCTGCTACACCATGTTGCCGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTGCTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCACTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTG‑GAGATTCAGGGGGCCATT‑CTAAACT‑TGc > 2:276486/1‑300 (MQ=14) 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gT‑CTAAACT‑TGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTGGGGATTCTCCCCCTAAATCAAGCTGTAACGTTATTCTTTCATAACCTTTATCTATGAGGTGGTTCAACCTCGTTGTTGAAAGAGTTTCATCCAGTTCATTGACTTTAGCTTCGCGTAGTAAATCAGAGACAA‑AAACAGAGTATTTCTTCGAGAGTAGGTTTGACAAACGTTCCAGTCCAGAGGTc > 2:416396/1‑300 (MQ=255) at‑CTAAACT‑TGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCAAGATAACCTGGGGATTCTCCCCCTAAATCAAGCTGTAACGTTATTCTTTCATAACCTTTATCTATGAGGTGGTTCAACCTCGTTGTTGAAAGAGTTTCATCCAGTTCATTGACTTTAGCTTCGCGTAGTAAATCAGAGACAA‑AAACAGAGTCTTTCTTCGAAAGTAGGTTTGACAAACGTtccagtccaaagatc > 2:692068/2‑294 (MQ=255) aggcTAAACT‑TGCTCTTTCCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTGGGGATTCTCCCCCTAAATCAAGCTGTAACGTTATTCTTTCATAACCTTTATCTATGAGGTGGTTCAACCTCGTTGTTGAAAGAGTTTCATCCAGTTCATTGACTTTAGCTTCGCGTAGTAAATCAGAGACAA‑AAACAGAGTCTTTCTTCGAGAGTAGGTTTGACAAACGTTCCAGTCCAGAgg < 2:549652/296‑1 (MQ=255) t‑CTAAACT‑TGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTGGGGATTCTCCCCCTAAATCAAGCTGTAACGTTATTCTTTCATAACCTTTATCTATTAGGTGGTTCAACCTCGTTGTTGAAAGAGTTTCATCCAGTTCATTGACTTTAGCTTCGCGTAGTAAATCAGAGACAA‑AAACAGAGTCTTTCTTCGAGAGTAGGTTTGACAAACGTTCCAGTCCAGAGGTc < 2:22154/299‑1 (MQ=255) tAAACT‑TGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTGGGGATTCTCCCCCTAAATCAAGCTTTAACGTTATTCTTTCATAACCTTTATCTATTAGGTGGTTCAACCTCGTTGTTGAAAGAGTTTCATCCAGTTCATTGACTTTAGCTTCGCGTAGTAAATCAGAGACAA‑AAACAGAGTCTTTCTTCGAGAGTAGGTTTGACAAACGTTCCAGTCCAGAGGTCAcc < 1:378237/300‑1 (MQ=255) tAAACT‑TGCTCTTTTCTNCTGGTGTTTATCTTTGAANGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTGGGGATTCTCCCCCTAAATCAAGCTGTAACGTTATTCTTTCATAACCTTTATCTATGAGGTGGTTCAACCTCGTTGTTGAAAGAGTTTCATCCAGTTCATTGACTTTAGCTTCGCGTAGTAAATCAGAGACAA‑AAACAGAGTCTTTCTTCGAGAGTAGGTTTGACAAACGTTNCAGTCCAGAGGTCAcc < 1:672865/300‑1 (MQ=255) | GAACAACCTGTTCTCCGGCGGCGACAGCAGTAAGACTTCCTTCCTGGTATTGCTTACGCCAGAGAAATAACTGGCTGGCTGCTACACCATGTTGCCGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTGCTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTG‑GAGATTCAGGGGGCCAGT‑CTAAACT‑TGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTGGGGATTCTCCCCCTAAATCAAGCTGTAACGTTATTCTTTCATAACCTTTATCTATGAGGTGGTTCAACCTCGTTGTTGAAAGAGTTTCATCCAGTTCATTGACTTTAGCTTCGCGTAGTAAATCAGAGACAA‑AAACAGAGTCTTTCTTCGAGAGTAGGTTTGACAAACGTTCCAGTCCAGAGGTCACC > NC_000913/2997396‑2997989 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |