| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 781282 | 73 (0.730) | 12 (0.120) | 12/574 | 5.5 | 14.5% | intergenic (+60/‑87) | lysY/lysZ | tRNA‑Lys/tRNA‑Lys |
| ? | NC_000913 | 781771 = | 70 (0.720) | intergenic (+119/‑314) | lysQ/nadA | tRNA‑Lys/quinolinate synthase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAGGTGGTTACTGGTAGAGAACGTGAAGGATAACGTTGCGTTAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCATCCTGAATGATTAAGGCAGCATAATCCCGCAA > NC_000913/780999‑781575 | aTCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCTGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCGACGGCCCGAAGGGCGag‑cgaag‑c > 1:123346/1‑299 (MQ=255)aTCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCTGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTCAACATCAAACCCCGAGGTTAGGTGTGAAGGACAACGTTGCGCAAGCAACGGCACGTAGGGCGag‑cgaag‑c > 1:123406/1‑299 (MQ=18)aTCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCAAGCAACGGCACGTAGGGCGag‑cgaag‑c > 2:407230/1‑299 (MQ=255) gACCCACCACTAATGACGTTGGGTTCGTTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCATcc < 1:19880/299‑1 (MQ=255) aCCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTCTCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAANATCACACTCAAATGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCATCCt > 1:594264/1‑299 (MQ=255) aCCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCATCCt > 1:76559/1‑299 (MQ=255) accacTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAGTTAGTTGGGAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGTTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCATCCTGCAc < 1:302723/299‑1 (MQ=255) ccacTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCATCCTGCActa > 1:632490/1‑298 (MQ=255) acTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTACCATCAAACTCAGATGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCACGTAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCATCCTGCACGAcc > 2:52017/1‑300 (MQ=255) aTGACAGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCATCCTGCACGACccacc < 2:76559/300‑1 (MQ=255) ccactaacatagttagttGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCAGCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCATCCTGCAc < 1:435733/266‑1 (MQ=255) ccactaacatagttagttGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCAGCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTCCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCACGTAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCATCCTGCAc > 2:435733/17‑282 (MQ=11) ttCGGTGGAAGTAGGTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCTGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGTTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGTGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGAACCACCAGTTTTAACAGCAAATGCAGATGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCGACGGCCCGAAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCATCCTGCACGACCCACCAAtgtaaaaa < 2:123346/299‑8 (MQ=14) 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2:616123/8‑155 (MQ=17) aCGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCAGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACNCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGNTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAGGTGGTTACTGGTAGAGAACGTGAAGGATAACGTTGCGTTAGCAACGGCCCGAAGGGCgagaaga > 2:609929/1‑253 (MQ=255) cGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCCTCCTGGACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCAGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCGGTTGGTAGAGCCGTTGACTTTTAATCCCTTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTCACGGTGGTTACTGGTAGAGAAAGTGAAGAATAACGCTGCGTTAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCACCATGCACGACCCACAATCCTGAATGATTAAGgca > 2:510363/1‑300 (MQ=37) gCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAGGTGGTTACTGGTAGAGAACGTGAAGGATAACGTTGCGTTAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCATCCTGAATGATTAAGgc > 1:332780/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |