| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,216,559 | C→T | T64I (ACA→ATA) | ariR → | putative two‑component system connector protein AriR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,216,559 | 0 | C | T | 99.4% | 570.9 / NA | 171 | T64I (ACA→ATA) | ariR | putative two‑component system connector protein AriR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base T (93/76); minor base G (0/1); total (94/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
AGGGCCAAACCGAAGAACAGCGACAGCTGACAATAAAAGTATGTTCAATGGTAAGAAAATAAACAGAATACATTAAAATTTCATAAGTAAGATGAGAGGTTACCATGCTTGAAGATACTACAATTCATAATGCAATAACTGATAAAGCGTTAGCAAGTTACTTTCGCAGTTCGGGTAATTTGTTAGAAGAAGAATCAGCAGTGTTAGGGCAGGCT‑‑GTCACCAATTTAATGCTTTCAGGCGATAATGTTAATAATAAAAATATTATCTTAAGTCTGATACACTCCTTGGAAACAACAAGTGATATTCTCAAAGCTGATGTGATTAGAAAAACACTGGAAATCGTGTTGCGATACACAGCTGATGATATGTAACTTCTAATT‑ATTAAGTATAAGTTTATAGAAAACTCATTCATCTTATTTTTGTCTGTCGCTTTAGACTATACACAGCATAAT‑TTTATTGGGTTAATATTTCTACGAGGCTGACATGAATAATTCAATCCCAGAGAGATTTATTTTTCAATGTGCTTTGTTTAAAAATCTCGAGAGGGAGGTGTTCATGACGCATGGGTATGTTGATAGTCATATTATT > NC_000913/1216265‑1216852 | aggGCCAAACCGAAGAACAGCGACAGCTGACAATAAAAGTATGTTCAATGGTAAGAAAATAAACAGAATACATTAAAATTTCATAAGTAAGATGAGAGGTTACCATGCTTGAAGATACTACAATTCATAATGCAATAACTGATAAAGCGTTAGCAAGTTACTTTCGCAGTTCGGGTAATTTGTTAGAAGAAGAATCAGCAGTGTTAGGGCAGGCT‑‑GTCACCAATTTAATGCTTTCAGGCGATAATGTTAATAATAAAAATATTATCTTAAGTCTGATACACTCCTTGGAAACAATAAGTg < 1:705488/300‑1 (MQ=255) 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acTCCTTGTAAACAATAAGTGATATGCTAAGAGCTGATGTGATTAGAAAAACACGGGAAATCGTGTTGCGATACACAGCTGAGGAGATGTAACTTCTAATT‑AGTAAGTATAAGTGTATAGAAAACTCATTCATNTTATTTTTGTCTGTCGCTTTAGACTATACACAGCATAAT‑TTTATTGGGGTAATATTTCTACGAGGCTGACATGAATAATTCAATCCCATAGAGATTTATTTTTCAATGTGCTTTGTTTAAAAATCTCGAGAGGGAGGTGTTCATGACGCATGGGTATGTTGATAGt < 2:325515/300‑1 (MQ=255) ggAAACAATAAGTGATATTCTCAAAGCTGATGTGATTAGAAAAACACTGGAAATCGTGTTGCGATACACAGCTGATGATATGTAACTTCTAATT‑ATTAAGTATAAGTTTATAGAAAACTCATTCATCTTATTTTTGTCTGTCGCTTTAGACTATACACAGCATAAT‑TTTATTGGGTTAATATTTCTACGAGGCTGACATGAATAATTCAATCCCAGAGAGATTTATTTTTCAATGTGCTTTGTTTAAAAATCTCGAGAGGGAGGTGTTCATGACGCATGGGTATGTTGATAGTCAtatta < 2:643144/300‑1 (MQ=255) aacaatAAGTGATATTCTCAAAGCTGATGTGATTAGAAAAACACTGGAAATCGTGTTGCGATACACAGCTGATGATATGTAACTTCTAATT‑ATTAAGTATAAGTTTATAGAAAACTCATTCATCTTATTTTTGTCTGTCGCTTTAGACTATACACAGCATAAT‑TTTATTGGGTTAATATTTCTACGAGGCTGACATGAATAATTCAATCCCAGAGAGATTTATTTTTCAATGTGCTTTGTTTAAAAATCTCGAGAGGGAGGTGTTCATGACGCATGGGTATGTTGATAGTCATattatt > 1:608030/1‑299 (MQ=255) | AGGGCCAAACCGAAGAACAGCGACAGCTGACAATAAAAGTATGTTCAATGGTAAGAAAATAAACAGAATACATTAAAATTTCATAAGTAAGATGAGAGGTTACCATGCTTGAAGATACTACAATTCATAATGCAATAACTGATAAAGCGTTAGCAAGTTACTTTCGCAGTTCGGGTAATTTGTTAGAAGAAGAATCAGCAGTGTTAGGGCAGGCT‑‑GTCACCAATTTAATGCTTTCAGGCGATAATGTTAATAATAAAAATATTATCTTAAGTCTGATACACTCCTTGGAAACAACAAGTGATATTCTCAAAGCTGATGTGATTAGAAAAACACTGGAAATCGTGTTGCGATACACAGCTGATGATATGTAACTTCTAATT‑ATTAAGTATAAGTTTATAGAAAACTCATTCATCTTATTTTTGTCTGTCGCTTTAGACTATACACAGCATAAT‑TTTATTGGGTTAATATTTCTACGAGGCTGACATGAATAATTCAATCCCAGAGAGATTTATTTTTCAATGTGCTTTGTTTAAAAATCTCGAGAGGGAGGTGTTCATGACGCATGGGTATGTTGATAGTCATATTATT > NC_000913/1216265‑1216852 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |