| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,487,727 | C→T | A137V (GCG→GTG) | lptG → | lipopolysaccharide transport system protein LptG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,487,727 | 0 | C | T | 99.2% | 409.0 / ‑6.6 | 117 | A137V (GCG→GTG) | lptG | lipopolysaccharide transport system protein LptG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (67/49); minor base G (0/1); total (67/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
GCTGAAAAAAGCCGGGCAGGGGAGTTACGACGCGTTAGGCGCAGGAATGTATACCTTGCTGAGCGTGCCGAAAGATGTGCAGATCTTCTTCCCGATGGCGGCTCTGCTTGGGGCGTTGCTTGGTCTTGGGATGCTGGCGCAGCGCAGCGAACTGGTGGTGATGCAGGCTTCTGGTTTTACCCGTATGCAGGTGGCGCTGTCGGTGATGAAAACCGCCATTCCGCTGGTCTTGCTGACGATGGCGATTGGCGAATGGGTCGCGCCGCAGGGCGAGCAGATGGCGCGTAACTACCGTGCGCAGGCGATGTACGGCGGCTCGTTGCTCTCTACCCAGCAAGGCTTATGGGCGAAAGATGGCAACAACTTCGTCTACATTGAGCGGGTTAAAGGTGACGAAGAGTTAGGTGGCATCAGCATTTATGCCTTTAACGAGAATCGTCGTCTGCAATCCGTACGCTATGCCGCTACTGCGAAGTTTGACCCGGAACATAAAGTCTGGCGTCTGTCGCAGGTTGATGAATCTGATCTGACCAATCCGAAACAGATTACCGGTTCGCAGACGGTGAGCGGCACCTGGAAAACCAA > NC_000913/4487431‑4488015 | gCTGAAAAAAGCCGGGCAGGGGAGTTACGACGCGTTAGGCGCAGGAATGTATACCTTGCTGAGCGTGCCGAAAGATGTGCAGATCTTCTTCCCGATGGCGGCTCTGCTTGGGGCGTTGCTTGGTCTTGGGATGCTGGCGCAGCGCAGCGAACTGGTGGTGATGCAGGCTTCTGGTTTTACCCGTATGCAGGTGGCGCTGTCGGTGATGAAAACCGCCATTCCGCTGGTCTTGCTGACGATGGCGATTGGCGAATGGGTCGCGCCGCAGGGCGAGCAGATGGCGCGTAACTACCGTGTGCa > 1:581944/1‑300 (MQ=255) 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tAACTACCGTGTGCAGGCGATGTACGGCGGCTCGTTGCTCTCTACCCAGCAAGGCTTATGGGCGAAAGATGGCAACAACTTCGTCTACATTGAGCGGGTTAAAGGTGACGAAGAGTTAGGTGGCATCAGCATTTATGCCTTTAACGAGAATCGTCGTCTGCAATCCGTACGCTATGCCGCTACTGCGAAGTTTGACCCGGAACATAAAGTCTGGCGTCTGTNGCAGGTTGATGAATCTGATCTGACCAATCCGAAACAGATTACCGGTTCGCAGACGGTGAGCGGCACCCGGAAaaccaa > 1:227393/1‑300 (MQ=255) tAACTACCGTGTGCAGGCGATGTACGGCGGCTCGTTGCTCTCTACCCAGCAAGGCTTATGGGCGAAAGATGGCAACAACTTCGTCTACATTGAGCGGGTTAAAGGTGACGAAGAGTTAGGTGGCATCAGCATTTATGCCTTTAACGAGAATCGTCGTCTGCAATCCGTACGCTATGCCGCTACTGCGAAGTTTGACCCGGAACATAAAGTCTGGCGTCTGTCGCAGGTTGATGAATCTGATCTGACCAATCCGAAACAGATTACCGGTTCGCAGACGGTGAGCGGCACCTGGAAaaccaa > 1:185200/1‑300 (MQ=255) tAACTACCGTGTGCAGGCGATGTACGGCGGCTCGTTGCTCTCTACCCAGCAAGGCTTATGGGCGAAAGATGGCAACAACTTCGTCTACATTGAGCGGGTTAAAGGTGACGAAGAGTTAGGTGGCATCAGCACTTATGCCTTTAACGAGAATCGTCGTCTGCAATCCGTACGCTATGCCGCTACTGCGAAGTTTGAACCGGAACATAAAGTCTGGCGTCTGTCGCAGGTTGATGAATCTGATCTGACCAATCCGAAACAGATTACCGGTTCGCAGACGGTGAGCGGCACCTGGAAaaacaa > 2:10545/1‑300 (MQ=255) | GCTGAAAAAAGCCGGGCAGGGGAGTTACGACGCGTTAGGCGCAGGAATGTATACCTTGCTGAGCGTGCCGAAAGATGTGCAGATCTTCTTCCCGATGGCGGCTCTGCTTGGGGCGTTGCTTGGTCTTGGGATGCTGGCGCAGCGCAGCGAACTGGTGGTGATGCAGGCTTCTGGTTTTACCCGTATGCAGGTGGCGCTGTCGGTGATGAAAACCGCCATTCCGCTGGTCTTGCTGACGATGGCGATTGGCGAATGGGTCGCGCCGCAGGGCGAGCAGATGGCGCGTAACTACCGTGCGCAGGCGATGTACGGCGGCTCGTTGCTCTCTACCCAGCAAGGCTTATGGGCGAAAGATGGCAACAACTTCGTCTACATTGAGCGGGTTAAAGGTGACGAAGAGTTAGGTGGCATCAGCATTTATGCCTTTAACGAGAATCGTCGTCTGCAATCCGTACGCTATGCCGCTACTGCGAAGTTTGACCCGGAACATAAAGTCTGGCGTCTGTCGCAGGTTGATGAATCTGATCTGACCAATCCGAAACAGATTACCGGTTCGCAGACGGTGAGCGGCACCTGGAAAACCAA > NC_000913/4487431‑4488015 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |