| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 4,215,347 | T→A | intergenic (+138/‑131) | metA → / → aceB | homoserine O‑succinyltransferase/malate synthase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 4,215,347 | 0 | T | A | 99.3% | 473.8 / NA | 140 | intergenic (+138/‑131) | metA/aceB | homoserine O‑succinyltransferase/malate synthase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (64/75); minor base C (1/0); total (65/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
TGTACCGTATAACTATTTCCCGCACAATGATCCGCAAAATACACCGCGAGCGAGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCACGATGACTGAACAGGCAACAACAACCGATGAACTGGCTTTCACAAGGCCGTATGGCGAGCAGGAGAAGCAAATTCTTACTGCCGAAGCGGTAGAATTTCTGACTGAGCTGGTGACGCATTTTACGCCACAACGCAATAAACTTCTGGCAGCGCGCATTCAGCAGCA > NC_000913/4215053‑4215641 | tGTACCGTATAACTATTCCCCGCACAATGATCCGCAAAATACACCGCGAGCGAGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTataatt < 1:452095/300‑1 (MQ=255) 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gTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTATAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCACGATGACTGAACAGGCAACAACAACCGATGAACTGGCTTTCACAAGGCCGTATGGCGAGCCGGAGAAGCAAACTCTTACTGCCGAAGCGGTAGAATTTCTGACTGAGCTGGTGACGCATTTTAAGCCACaa > 2:92320/1‑285 (MQ=255) gTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTATAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCACGATGACTGAACAGGCAACAACAACCGATGAACTGGCTTTCACAAGGCCGTATGGCGAGCAGGAGAAGCACATTCTTACTGCAGAAGCGGTAGAATTTCTGACTGAGCTGGTGACGCACTTTACGCCACAACGCAATAAACtt > 2:92042/1‑297 (MQ=255) aacaaGTTATCAAGTATTTATAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCGGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCACGATGACTGAACAGGCAACAACAACCGATGAACTGGCTTTCACAAGGCCGTATGGCGAGCAGGAGAAGCAAATTCTTACTGCCGAAGCGGTAGAATTTCTGACTGAGCTGGTGACGCATTTTACGCcacctgtctcttatacacatctcgc < 1:103531/299‑23 (MQ=255) aTCAAGTATTTATAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCACGATGACTGAACAGGCAACAACAACCGATGAACTGGCTTTCACAAGGCCGTATGGCGAGCAGGAGAAGCAAATTCTTACTGCCGAAGCGGTAGAATTTCTGACTGAGCTGGTGACGCATTTTACGCCACAACGCAATAAACTTCTGGCAGCGCGCATTca > 2:916592/1‑300 (MQ=255) aTTTATAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCACGATGACTGAACAGGCAACAACAACCGATGAACTGGCTTTCACAAGGCCGTATGGCGAGCAGGAGAAGCAAATTCTTACTGCCGAAGCGGTAGAATTTCTGACTGAGCTGGTGACGCATTTTACGCCACAACGCAATAAACTTCTGGTAGCGCGCATTcagcagca > 2:919683/1‑299 (MQ=255) aTTTATAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCACGATGACTGAACAGGCAACAACAACCGATGAACTGGCTTTCACAAGGCCGTATGGCGAGCAGGAGAAGCAAATTCTTACTGCCGAAGCGGTAGAATTTCTGACTGAGCTGGTGACGCATTTTACGCCACAACGCAATAAACTTCTGGCAGCGCGCATTcagcagca > 1:190547/1‑299 (MQ=255) | TGTACCGTATAACTATTTCCCGCACAATGATCCGCAAAATACACCGCGAGCGAGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCACAACGATCCTTCGTTCACAGTGGGGAAGTTTTCGGATCCATGACGAGGAGCTGCACGATGACTGAACAGGCAACAACAACCGATGAACTGGCTTTCACAAGGCCGTATGGCGAGCAGGAGAAGCAAATTCTTACTGCCGAAGCGGTAGAATTTCTGACTGAGCTGGTGACGCATTTTACGCCACAACGCAATAAACTTCTGGCAGCGCGCATTCAGCAGCA > NC_000913/4215053‑4215641 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |