| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,016,421 | G→A | intergenic (‑252/‑10) | ysgA ← / → udp | putative dienelactone hydrolase/uridine phosphorylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,016,421 | 0 | G | A | 99.3% | 526.0 / NA | 150 | intergenic (‑252/‑10) | ysgA/udp | putative dienelactone hydrolase/uridine phosphorylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base A (70/78); minor base C (1/0); total (71/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
GCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACCCTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTGATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATGTTTTTCATCTCGGCCTCACTAAAAACGATTTACAAGGGGCTACGCTTGCCATCGTCCCTGGCGACCCGGATCGTGTGGAAAAGATCGCCGCGCTGATGGATAAGCCGGTTAAGCTGGCATCTCACCGCGAATTCACTACCTGGCGTGCAGAGCTGGATGGTAAACCTGTTATCGTCTGCTCTACCGGTATCGGCGGCCCGTCTACCTCTATTGCTGTTGAAGAGCTGGCACAGCTGGGCATTCGCACCTTCCTGCGTATCGGTACAA > NC_000913/4016127‑4016713 | gCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACCCTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTGATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAAGAGtt > 1:530320/1‑300 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cttctGACTAAACCGATTCACAGAAGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATGTTTTTCATCTCGGCCTCACTAAAAACGATTTACAAGGGGCTACGCTTGCCATCGTCCATGGCGACCCGGATCGTGTGGAAAAGATCGCCGCGCTGATGGATAAGCCGGTTAAGCTGGCATCTCACCGCGAATTCACTACCTGGCGTGCAGAGCTGGATGGTAAACCTGTTATCGTCTGCTCTACCGGTATCGGCGGCCCGTCTACCTCTATTGCTGTTGAAGAGCTGGCACAGCTGGGCATTCGCACCtt > 1:296693/1‑300 (MQ=255) gACTAAACCGATTCACAGAAGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATGTTTTTCATCTCGGCCTCACTAAAAACGATTTACAAGGGGCTACGCTTGCCATCGTCCCTGGCGACCCGGATCGTGTGGAAAAGATCGCCGCGCTGATGGATAAGCCGGTTAAGCTGGCATCTCACCGCGAATTCACTACCTGGCGTGCAGAGCTGGATGGTAAACCTGTTATCGTCTGCTCTACCGGTATCGGCGGCCCGTCTACCTCTATTGCTGTTGAAGAGCTGGCACAGCTGGGCATTCGCACCTTCCTGc < 1:1689/300‑1 (MQ=255) tCACAGAAGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATGTTTTTCATCTCGGCCTCACTAAAAACGATTTACAAGGGGCTACGCTTGCCATCGTCCCTGGCGACCCGGATCGTGTGGAGAAGATCGCCGCGCTGATGGATAAGCCGGTTAAGCTGGCATCTCACCGCGAATTCACTACCTGGCGTGCAGAGCTGGATGGTAAACCTGTTATCGTCTGCTCTACCGGTATCGGCGGCCCGTCTACCTCTATTGCTGTTGAAGAGCTGGCACAGCTGGGCATTCGCACCTTCCTGCGTATCGGTACaa < 1:886034/300‑1 (MQ=255) | GCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACCCTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTGATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATGTTTTTCATCTCGGCCTCACTAAAAACGATTTACAAGGGGCTACGCTTGCCATCGTCCCTGGCGACCCGGATCGTGTGGAAAAGATCGCCGCGCTGATGGATAAGCCGGTTAAGCTGGCATCTCACCGCGAATTCACTACCTGGCGTGCAGAGCTGGATGGTAAACCTGTTATCGTCTGCTCTACCGGTATCGGCGGCCCGTCTACCTCTATTGCTGTTGAAGAGCTGGCACAGCTGGGCATTCGCACCTTCCTGCGTATCGGTACAA > NC_000913/4016127‑4016713 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |