| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,996,049 | T→A | L156* (TTG→TAG) | yigA → | DUF484 domain‑containing protein YigA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,996,049 | 0 | T | A | 99.0% | 342.1 / NA | 100 | L156* (TTG→TAG) | yigA | DUF484 domain‑containing protein YigA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (57/42); minor base G (0/1); total (57/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACGTAATCATATTCATGTTCTGGAAGAGAACATGGCGCTGTTGATGGAACAGGCTATCGCCAACGAAGGCCTGTTTTATCGCCTACTCTACCTGCAGCGCAGTCTCACCGCCGCCAGCAGTCTCGACGATATGCTGATGCGCTTTCACCGCTGGGCGCGCGATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGAACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCGTTTGGGGCAGGAACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGGGATCGGTGGCGATGTCGATGCTGGGAAGCGATGCTGATTTGGGTGTCGTGCTGTTTACCAGTCGCGATGCCAGTCACTATCAACAAGGGCAAGGAACGCAGTTACTTCATGAAATTGCGCTGATGTTGCCGGAGCTTCTGGAGCGTTGGATTGAACGCGTATGACCGATTTACACACCGATGTAGAACGCTACCTACGTTATCTGAGCGTGGAGCGC > NC_000913/3995764‑3996343 | cACGTAATCATATTCATGTTCTGGAAGAGAACATGGCGCTGTTGATGGAACAGGCTATCGCCAACGAAGGCCTGTTTTATCGCCTACTCTACCTGCAGCGCAGTCTCACCGCCGCCAGCAGTCTCGACGATATGCTGATGCGCTTTCACCGCTGGGCGCGCGATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGAACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCGTTAGGGGCAGGAACAGc > 2:620850/1‑300 (MQ=255)cACGTAATCATATTCATGTTCTGGAAGAGAACATGGCGCTGTTGATGGAACAGGCTATCGCCAACGAAGGCCTGTTTTATCGCCTACTCTACCTGCAGCGCAGTCTCACCGCCGCCAGCAGTCTCGACGATATGCTGATGCGCTTTCACCGCTGGGCGCGCGATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGAACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCGTTAGGGGCAGGAACAGc > 1:293987/1‑300 (MQ=255) tCATATTCATGTTCTGGAAGAGAACATGGCGCTGTTGATGGAACAGGCTATCGCCAACGAAGGCCTGTTTTATCGCCTACTCTACCTGCAGCGCAGTCTCACCGCCGCCAGCAGTCTCTACGATATGCTGATGCGCTTTCACCGCTGGGCGCGCGATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGAACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCGTTAGGGGCAGGAACAGCACTATCt < 2:439631/300‑1 (MQ=255) tCATATTCATGTTCTGGAAGAGAACATGGCGCTGTTGATGGAACAGGCTATCGCCAACGAAGGCCTGTTTTATCGCCTACTCTACCTGCAGCGCAGTCTCACCGCCGCCAGCAGTCTCGACGATATGCTGATGCGCTTTCACCGCTGGGCGCGCGATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGAACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCGTTAGGGGCAGGAACAGCACTATCt < 1:108448/300‑1 (MQ=255) 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aCATGGCGCTGTTGATGGAACAGGCTATCGCCAACGAAGGCCTGTTTTATCGCCTACTCTACCTGCAGCGCAGTCTCACCGCCGCCAGCAGTCTCGACGATATGCTGATGCGCTTTCACCGCTGGGCGCGCGATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGAACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCGTTAGGGGCAGGAACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAgc < 2:545201/300‑1 (MQ=255) aCATGGCGCTGTTGATGGAACAGGCTATCGCCAACGAAAGCCTGTTTTATCGCCTACTCTACCTGCAGCGCAGTCTCACCGCCGCCAGCAGTCTCGACGATATGCTGATGCGCTTTCACCGCTGGGCGCGCGATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTCGGTGCGCCATCGAACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCGTTAGGGGCAGGAACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAgc > 1:296755/1‑300 (MQ=255) gcgcTGTTGATGGAACAGGCTATCGCCAACGAAGGCCTGTTTTATCGCCTACTCTACCTGCAGCGCAGTCTCACCGCCGCCAGCAGTCTCGACGATATGCTGATGCGCTTTCACCGCTGGGCGCGCGATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGAACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCGTTAGGGGCAGGAACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGctgctg < 2:1021124/300‑1 (MQ=255) 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gCGTATTCAGCGTTAGGGGCAGGAACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGGGATCGGTGGCGATGTCGATGCTGGGAAGCGATGCTGATTTGGGTGTCGTGCTGTTTACCAGTCGCGATGCCAGTCACTATCAACAAGGGCAAGGAACGCAGTTACTTCATGAAATTGCGCTGATGTTGCNGGAGCTTCTGGAGCGTTGGATTGAACGCGTATGACCGATTTACACACCGATGTAGAACGCTACCTACGTTATCTGAGc > 1:757497/1‑300 (MQ=255) gCGTATTCAGCGTTAGGGGCAGGAACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGGGATCGGTGGCGATGTCGATGCTGGGAAGCGATGCTGATTTGGGTGTCGTGCTGTTTACCAGTCGCGATGCCAGTCACTATCAACAAGGGCAAGGAACGCAGTTACTTCATGAAATTGCGCTGATGTTGCCGGAGCTTCTGGAGCGTTGGATTGAACGCGTATGACCGATTTACACACCGATGTAGAACGCTACCTACGTTATCTGAGc > 1:633485/1‑300 (MQ=255) ttCAGCGTTAGGGGCAGGAACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGGGATCGGTGGCGATGTCGATGCTGGGAAGCGATGCTGATTTGGGTGTCGTGCTGTTTACCAGTCGCGATGCCAGTCACTATCAACAAGGGCAAGGAACGCAGTTACTTCATGAAATTGCGCTGATGTTGCCGGAGCTTCTGGAGCGTTGGATTGAACGCGTATGACCGATTTACACACCGATGTAGAACGCTACCTACGTTATCTGAGCGTGGa > 1:820847/1‑300 (MQ=255) ttCAGCGTTAGGGGCAGGAACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGGGATCGGTGGCGATGTCGATGCTGGGAAGCGATGCTGATTTGGGTGTCGTGCTGTTTACCAGTCGCAATGCCAGTCACTATCAACAAGGGCAAGGAACGCAGTTACTTCATGAAATTGCGCTGATGTTGCCGGAGCTTCTGGAGCGTTGGATTGAACGCGTATGACCGATTTACACACCGATGTAGAACGCTACCTACGTTATCTGAGCGt > 2:1023671/1‑297 (MQ=255) aGCGTTAGGGGCAGGAACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGGGATCGGTGGCGATGTCGATGCTGGGAAGCGATGCTGATTTGGGTGTCGTGCTGTTTACCAGTCGCGATGCCAGTCACTATCAACAAGGGCAAGGAACGCAGTTACTTCATGAAATTGCGCTGATGTTGCCGGAGCTTCTGGAGCGTTGGATTGAACGCGTATGACCGATTTACACACCGATGTAGAACGCTACCTACGTTATCTGAGCGTGGAgc < 1:620850/299‑1 (MQ=255) gCGTTAGGGGCAGGAACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGGGATCGGTGGCGATGTCGATGCTGGGAAGCGATGCTGATTTGGGTGTCGTGCTGTTTACCAGTCGCGATGCCAGTCACTATCAACAAGGGCAAGGAACGCAGTTACTTCATGAAATTGCGCTGATGTTGCCGGAGCTTCTGGAGCGTTGGATTGAACGCGTATGACCGATTTACACACCGATGTAGAACGCTACCTACGTTATCTGAGCGTGGAgcgc > 1:829992/1‑300 (MQ=255) | CACGTAATCATATTCATGTTCTGGAAGAGAACATGGCGCTGTTGATGGAACAGGCTATCGCCAACGAAGGCCTGTTTTATCGCCTACTCTACCTGCAGCGCAGTCTCACCGCCGCCAGCAGTCTCGACGATATGCTGATGCGCTTTCACCGCTGGGCGCGCGATCTCGGCCTGGCAGGTGCGAGTCTGCGCCTGTTTCCGGATCGCTGGCGCTTAGGTGCGCCGTCGAACCACACTCATCTGGCATTAAGCCGTCAGTCTTTCGAACCGCTGCGTATTCAGCGTTTGGGGCAGGAACAGCACTATCTTGGGCCGCTTAACGGACCAGAGCTGCTGGTGGTGCTACCGGAAGCGAAAGCGGTGGGATCGGTGGCGATGTCGATGCTGGGAAGCGATGCTGATTTGGGTGTCGTGCTGTTTACCAGTCGCGATGCCAGTCACTATCAACAAGGGCAAGGAACGCAGTTACTTCATGAAATTGCGCTGATGTTGCCGGAGCTTCTGGAGCGTTGGATTGAACGCGTATGACCGATTTACACACCGATGTAGAACGCTACCTACGTTATCTGAGCGTGGAGCGC > NC_000913/3995764‑3996343 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |