| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,815,589 | G→A | S60S (TCC→TCT) | pyrE ← | orotate phosphoribosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,815,589 | 0 | G | A | 99.2% | 448.7 / NA | 128 | S60S (TCC→TCT) | pyrE | orotate phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (72/55); minor base C (1/0); total (73/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
CGTTCCTGACGATCGAGCGAAATCAACACGCCAGCAAGCGTCGCGCCATTGGCCTGAATAATCTCCATCGACTCGCGAATCGCCGTTCCGGCGGTGATCACATCATCTACCAGCATTACGCGTCCTTGTAACGCGCTACCAACCAGATTGCCGCCTTCACCGTGGTCTTTTGCTTCTTTGCGGTTAAAGCAGTACGGCAGGTCCAGGTCGTGATGCTCCGCCAGTGCCACAGCGGTTGTGGTGGCAATCGGGATCCCTTTGTAAGCAGGGCCAAACAGCAGATCGAACTCAATGCCGGAATCCACCAACGCTTCAGCGTAAAAACGGCCTAACAGTGCCAGATCGCGCCCGGTATTAAACAGCCCGGCGTTGAAGAAATAGGGGCTTTTGCGCCCGGATTTCAGCGTAAACTCGCCAAACTTTAACACCTGCTTGCTAAGCGCAAATTCAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGAT > NC_000913/3815293‑3815878 | cgTTCCTGACGATCGAGCGAAATCAACACGCCAGCAAGCGTCGCGCCATTGGCCTGAATAATCTCCATCGACTCGCGAATCGCCGTTCCGGCGGTGATCACATCATCTACCAGCATTACGCGTCCTTGTAACGCGCTACCAACCAGATTGCCGCCTTCACCGTGGTCTTTTGCTTCTTTGCGGTTAAAGCAGTACGGCAGGTCCAGGTCGTGATGCTCCGCCAGTGCCACAGCGGTTGTGGTGGCAATCGGGATCCCTTTGTAAGCAGGGCCAAACAGCAGATCGAACTCAATGCCAGaa > 1:24316/1‑300 (MQ=255) ttCCTGACGATCGAGCGAAATCAACACGCCAGCAAGCGTCGCGCCATTGGCCTGAATAATCTCCATCGACTCGCGAATCGCCGTTCCGGCGGTGATCACATCATCTACCAGCATTACGCGTCCTTGTAACGCGCTACCAACCAGATTGCCGCCTTCACCGTGGTCTTTTGCTTCTTTGCGGTTAAAGCAGTACGGCAGGTCCAGGTCGTGATGCTCCGCCAGTGCCACAGCGGTTGTGGTGGCAATCGGGATCCCTTTGTAAGCAGGGCCAAACAGCAGATCGAACTCAATGCCAGAATc > 1:34263/1‑300 (MQ=255) ccTGACGATCGAGCGAAATCAACACGCCAGCAAGCGTCGCGCCATTGGCCTGAATAATCTCCATCGACTCGCGAATCGCCGTTCCGGCGGTGATCACATCATGTACCAGCATTACGCGTCCTTGTAACGCGCTACCAACCAGATTGCCGCCTTCACCGTGGTCTTTTGCTTCTTTGCGGTTAAAGCAGTACGGCAGGTCCAGGTCGTGATGCTACGCCAGTGCCACAGCGGTTGTGGTGGCAATCGGGATCCCTTTGTAAGCAGGGCCAAACAGCAGATCGAACTCAATGCCAGAATcca > 2:905314/1‑300 (MQ=255) ccTGACGATCGAGCGAAATCAACACGCCAGCAAGCGTCGCGCCATTGGCCTGAATAATCTCCATCGACTCGCGAATCGCCGTTCCGGCGGTGATCACATCATCTACCAGCATTACGCGTCCTTGTAACGCGCTACCAACCAGATTGCCGCCTTCACCGTGGTCTTTTGCTTCTTTGCGGTTAAAGCAGTACGGCAGGTCCAGGTCGTGATGCTCCGCCAGTGCCACAGCGGTTGTGGTGGCAATCGGGATCCCTTTGTAAGCAGGGCCAAACAGCAGATCGAACTCAATGCCAGAATcca > 1:115114/1‑300 (MQ=255) ccTGACGATCGAGCGAAATCAACACGCCAGCAAGCGTCGCGCCATTGGCCTGAATAATCTCCATCGACTCGCGAATCGCCGTTCCGGCGGTGATCACATCATCTACCAGCATTACGCGTCCTTGTAACGCGCTACCAACCAGATTGCCGCCTTCACCGTGGTCTTTTGCTTCTTTGCGGTTAAAGCAGTACGGCAGGTCCAGGTCGTGATGCTCCGCCAGTGCCACAGCGGTTGTGGTGGCAATCGGGATCCCTTTGTAAGCAGGGCAAAACAGCAGATCGAACTCAATGCCAGAATcca > 1:115125/1‑300 (MQ=255) aTCAACACGCCAGCAAGCGTCGCGCCATTGGCCTGAATAATCTCCATCGACTCGCGAATCGCCGTTCCGGCGGTGATCACATCATCTACCAGCATTACGCGTCCTTGTAACGCGCTACCAACCAGATTGCCGCCTTCACCGTGGTCTTTTGCTTCTTTGCGGTTAAAGCAGTACGGCAGGTCCAGGTCGTGATGCTCCGCCAGTGCCACAGCGGTTGTGGTGGCAATCGGGATCCCTTTGTAAGCAGGGCCAAACAGCAGATCGAACTCAATGCCAGAATCCACCAACGCTTCAGCGTaa > 1:901473/1‑300 (MQ=255) aGCAAGCGTCGCGCCATTGGCCTGAATAATCTCCATCGACTCGCGAATCGCCGTTCCGGCGGTGATCACATCATCTACCAGCATTACGCGTCCTTGTAACGCGCTACCAACCAGATTGCCGCCTTCACCGTGGTCTTTTGCTTCTTTGCGGTTAAAGCAGTACGGCAGGTCCAGGTCGTGATGCTCCGCCAGTGCCACAGCGGTTGTGGTGGCAATCGGGATCCCTTTGTAAGCAGGGCCAAACAGCAGATCGAACTCAATGCCAGAATCCACCAACGCTTCAGCGTAAAAACGGACTaa > 2:443924/1‑300 (MQ=255) 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CGTTCCTGACGATCGAGCGAAATCAACACGCCAGCAAGCGTCGCGCCATTGGCCTGAATAATCTCCATCGACTCGCGAATCGCCGTTCCGGCGGTGATCACATCATCTACCAGCATTACGCGTCCTTGTAACGCGCTACCAACCAGATTGCCGCCTTCACCGTGGTCTTTTGCTTCTTTGCGGTTAAAGCAGTACGGCAGGTCCAGGTCGTGATGCTCCGCCAGTGCCACAGCGGTTGTGGTGGCAATCGGGATCCCTTTGTAAGCAGGGCCAAACAGCAGATCGAACTCAATGCCGGAATCCACCAACGCTTCAGCGTAAAAACGGCCTAACAGTGCCAGATCGCGCCCGGTATTAAACAGCCCGGCGTTGAAGAAATAGGGGCTTTTGCGCCCGGATTTCAGCGTAAACTCGCCAAACTTTAACACCTGCTTGCTAAGCGCAAATTCAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGAT > NC_000913/3815293‑3815878 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |