| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 42,395 | 0 | G | T | 29.6% | 224.2 / 11.2 | 142 | intergenic (‑464/‑8) | caiT/fixA | L‑carnitine:gamma‑butyrobetaine antiporter/putative electron transfer flavoprotein FixA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (48/52); new base T (0/42); total (48/94) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.20e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 151 total aligned reads displayed.
GGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGCTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAATATTGAAAATTTCTTTTTGCTACGCCGTGTTTTCAATATTGGTGAGGAACTTAACAATATTGAAAGTTGGATTTATCTGCGTGTGACATTTTCAATATTGGTGATTAAAGTTTTATTTCAAAATTAAAGGGCGTGATATCTGTAATTAACACCACCGATATGAACGACGTTTCCTTCATGATTTCTGGAGATGCAATGAAGATTATTACTTGCTATAAGTGCGTGCCTGATGAACAGGATATTGCGGTCAATAATGCTGATGGTTCATTAGACTTCAGCAAAGCCGATGCCAAAATAAGCCAATACGATCTCAACGCTATTGAAGCGGCTTGCCAGCTAAAGCAACAGGCAGCAGAGGCGCAGGTGACAGCCTTAAGTGTGGGCGGTAAAGCCCTGACCAACGCCAAAGGGCGTAAAGATGTGCTATCGCGCGGCCCGGATGAACTGATTGTGGTGATTGATGACCAGTTCGAGCA > NC_000913/42098‑42683 | ggTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGCTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAACCAATATTGCAAATTTCTTTTTGCTACGCCATGTTTTCAATATTGGTGAGGAACTTAACAATATTGAAAGTTGGATTTATCTGCGTGTGACATTTTCAATATTGGTGATTAAAGTTTTATTTCAAAATTAAAGGGCGTGATATCTGTAATTAACACCACCGATATGAACGACGTTTACTTCATGATTTATGga > 2:732814/1‑299 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atGAACGACGTTTCCTTCATGATTTCTGTAGATGCAATGAAGATTATTACTTGCTATAAGTGCGTGCCTGATGAACAGGATATTGCGGTCAATAATGCTGATGGTTCATTAGACTTCAGCAAAGCCGATGCCAAAATAAGCCAATACGATCTCAACGCTATTGAAGCGGCTTGCCAGCTAAAGCAACAGGCAGCAGAGGCGCAGGTGACAGCCTTAAGTGTGGGCGGTAAAGCCCTGACCAACGCCAAAGGGCGTAAAGATGTGCTATCGCGCGGCCCGGATGAACTGATTgtggggggt < 1:400687/300‑6 (MQ=255) acgTTTCCTTCATGATTTCTGTAGATGCAATGAAGATTATTACTTGCTATAAGTGCGTGCCTGATGAACAGGATATTGCGGTCAATAATGCTGATGGTTCATTAGACTTCAGCAAAGCCGATGCCAAAATAAGCCAATACGATCTCAACGCTATTGAAGCGGCTTGCCAGCTAAAGCAACAGGCAGCAGAGGCGCAGGTGACAGCCTTAAGTGTGGGCGGTAAAGCCCTGACCAACGCCAAAGGGCGTAAAGATGTGCTATCGCGCGGCCCGGATGAACTGATTGTGGTGATTGATGAcc < 1:434973/300‑1 (MQ=255) aTGATTTCTGGAGATGCAATGAAGATTATTACTTGCTATAAGTGCGTGCCTGATGAACAGGATATTGCGGTCAATAANGCTGATGGTTCATTAGACTTCAGCAAAGCCGATGCCAAAATAAGCCAATACGATCTCAACGCTATTGAAGCGGCTTGCCAGCTAAAGCAACAGGCAGCAGAGGCGCAGGTGACAGCCTTAAGTGTGGGCGGTAAAGCCCTGACCAACGCCAAAGGGCGTAAAGATGTGCTATCGCGCGGCCCGGATGAACTGATTGTGGTGATTGATGACCAGTTCGAGCa < 1:225069/299‑1 (MQ=255) | GGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGCTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAATATTGAAAATTTCTTTTTGCTACGCCGTGTTTTCAATATTGGTGAGGAACTTAACAATATTGAAAGTTGGATTTATCTGCGTGTGACATTTTCAATATTGGTGATTAAAGTTTTATTTCAAAATTAAAGGGCGTGATATCTGTAATTAACACCACCGATATGAACGACGTTTCCTTCATGATTTCTGGAGATGCAATGAAGATTATTACTTGCTATAAGTGCGTGCCTGATGAACAGGATATTGCGGTCAATAATGCTGATGGTTCATTAGACTTCAGCAAAGCCGATGCCAAAATAAGCCAATACGATCTCAACGCTATTGAAGCGGCTTGCCAGCTAAAGCAACAGGCAGCAGAGGCGCAGGTGACAGCCTTAAGTGTGGGCGGTAAAGCCCTGACCAACGCCAAAGGGCGTAAAGATGTGCTATCGCGCGGCCCGGATGAACTGATTGTGGTGATTGATGACCAGTTCGAGCA > NC_000913/42098‑42683 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |