| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,546,601 | C→T | I502I (ATC→ATT) | fimD → | type I fimbriae usher protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,546,601 | 0 | C | T | 99.0% | 342.4 / NA | 97 | I502I (ATC→ATT) | fimD | type I fimbriae usher protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (51/45); minor base G (0/1); total (51/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGCACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTTCTCTATAACAAATCGCTCAATGAATCAGGCACGAATATTCAGTTAGTGGGTTACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACAAACGCGGGAAATTACAACTCACCGTTACTCAGCAACTCGGGCGCACATCAACACTGTATTTGAGTGGTAGCCATCAAACTTATTGGGGAACGAGTAATGTCGATGAGCAATTCCAGGCTGGATTAAATACTGCGTTCGAAGATATCAACTGGACGCTCAGCTATAGCCTGACGAAAAACGCCTGGCAAAAAGGACGGGATCAGATG > NC_000913/4546318‑4546874 | ggACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGTGAAAAACATGGGGGCACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCATGCTAACTCCACACTGCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTGTTCTCTATAACAAATCGCTCAATGAATCAGGCACGAATATTCAGTTAGTGGTTTACCGTTATTCGACCAGCGAATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATGGAAACACAGGAc < 2:237775/296‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |