| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,722,230 | 0 | G | T | 25.9% | 226.3 / 14.4 | 116 | intergenic (+181/+98) | insK/glyS | IS150 family conserved protein InsB/glycine‑‑tRNA ligase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (55/31); new base T (0/30); total (55/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.58e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
ACTGAAGGATGCTGTTACGGAATATATTGAATACTACAACAGCAGA‑AGAATTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAAACTTTGATTTATAGTCAGGTGGGGCTTTTCTCTGTCTGCCTTTCGGTGAATACCTGAGACAAACAGTCTCAAGCACCCGTGGCTATTCTAGCTTAATAAGTTTGTTTCTTCTCCTTGATATAATCCTAAAAAAATCTCATAAAATTA‑ATATATGAGATAATCTT‑TATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCCAGATGGCAGGCTATTTAATAACGGCGTTATTATTGCAACAGCGAAATATCCGCAACGCGCAGGAACAGTTCGCGCAGTTTCTCCAGCATGGTCAGACGGTTGATACGCAATTCTTTGTCATCAACCATGACCATCACTTTATCGAAGAAAGCATCAACCGGTTCACGCAGCTCAGCCAGTTCGACCAGCGCATCCTGGTAACGACCTTCCGTAAAGTACGGCTC > NC_000913/3721932‑3722522 | aTGCTGTTACGGAATATATTGAATACTACAACAGCAGA‑AGAATTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAAACTTTGATTTATAGTCAGTTGGGGCTTTTCTCTGTCTGCCTTTCGGTGAATACCTTAGACAAACAGTCTCAAGCACCCGTGGCTATTCTAGCTTAATAAGTTTGTTTCTTCTCCTTGATATAATCCTAAAAAAATCTCATAAAATTA‑ATATATGAGATAATCt < 2:568660/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |