| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,809,664 | 2 bp→GT | coding (1125‑1126/1278 nt) | waaA → | KDO transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,809,664 | 0 | T | G | 98.6% | 240.1 / NA | 69 | T375T (ACT→ACG) | waaA | KDO transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base G (38/30); total (38/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 3,809,665 | 0 | A | T | 100.0% | 247.2 / NA | 69 | T376S (ACG→TCG) | waaA | KDO transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (38/31); total (38/31) | |||||||||||
ACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTATGGCATTGCCGATCTCGCCTTTGTTGGCGGTTCACTGGTTGAACGTGGTGGGCATAATCCGCTGGAAGCTGCCGCACACGCTATTCCGGTATTGATGGGGCCGCATACTTTTAACTTTAAAGACATTTGCGCGCGGCTGGAGCAGGCAAGCGGGCTGATTACCGTTACCGATGCCACTACGCTTGCAAAAGAGGTTTCCTCTTTACTCACCGACGCCGATTACCGTAGTTTCTATGGCCGTCATGCCGTTGAAGTACTGTATCAAAACCAGGGCGCGCTACAGCGTCTGCTTCAACTGCTGGAACCTTACCTGCCACCGAAAACGCATTGAGGTTGTTATGCAAAAACGGGCGATTTATCCGGGTACTTTCGATCCCATTACCAATGGTCATATCGATATCGTGACGCGCGCCACGCAGATGTTCGATCACGTTATTCTGGCGATTGCCGCCAGCCC > NC_000913/3809375‑3809943 || ctcTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTGGTCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTACGGCATTGCCGATCTCGCCTTTGTTGGCGGTTCACTGGTTGAACGTGGTGGGCATAATCCGCTGGAAGCTGCCGCACACGCTATTCCGGTATTGATGGGGCCGCATACTTTTAACTTTAAAGACATTTGCGAGCGGCTGGAGCAGGCAAGCGGGCTGATTACCGTTACCGATGCCACGTCGCTTGcca > 1:162075/3‑298 (MQ=255) ttGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTGGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTACGGCATTGCCGATCTCGCCTTTGTTGGCGGTTCACTGGTTGAACGTGGTGGGCATAATCCGCTGGAAGCTGCCGCACACGCTATTCCGGTATTGATGGGGCCGCATACTTTTAACTTTAAAGACATTTGCGCGCGGCTGGAGCAGGCAAGCGGGCTGATTACCGTTACCGATGCCACGTCGCTTGCAAAag < 1:645583/300‑1 (MQ=255) ggACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTGGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTACGGCATTGCCGATCTCGCCTTTGTTGGCGGTTCACTGGTTNAACGTGGTGGGCATAATCCGCTGGAAGCTGCCGCACACGCTATTCCGGTATTGATGGGGCCGCATACTTTTAACTTTAAAGACATTTGCGCGCGGCTGGAGCAGGCAAGCGGGCTGATTACCGTTACCGATGCCACGTCGCTTGCAAAAGAGGTTTCCTCTTTa > 2:505803/1‑300 (MQ=255) ggACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTGGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTACGGCATTGCCGATCTCGCCTTTGTTGGCGGTTCACTGGTTGAACGTGGTGGGCATAATCCGCTGGAAGCTGCCGCACACGCTATTCCGGTATTGATGGGGCCGCATACTTTTAAATTTAAAGACATTTGCGCGCGGCTGGAGCAGGCAAGCGGGCTGATTACCGTTACCGATGCCACGTCGCTTGCAAAAGAGGTTTCCTCttt > 2:297895/1‑299 (MQ=255) aaGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCATCACGCAGGTTGTGGTGGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTACGGCATTGCCGATCTCGCCTTTGTTGGCGGTTCACTGGTTGAAAGTGGTGGGCATAATCCGCTGGAAGCTGCCGCACACGCTATTCCGGTATTGATGGGGCCGCATACTTTTAACTTTAAAGACATTTGCGCGCGGCTGGAGCAGGCAAGCGGGCTGATTACCGTTACCGATGCCACGTCGCTTGCAAAAGAGGTTTCCTCTTTACTc < 1:416497/298‑1 (MQ=255) aaGCTATATCACACACTCTTCATGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGTTGGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTACGGCATTGCCGATCTCGCCTTTGTTGGCGGTTCACTGGTTGAACGTGGTGGGCATAATCCGCTGGAAGCTGCCGCACACGCTATTCCGGTATTGATGGGGCCGCATACTTTTAACTTTAAAGACATTTGCGCGCGGCTGGAGCAGGCAAGCGGGCTGATTACCGTTACCGATGCCACGTCGCTTGCAAAAGAGGTTTCCTCTTTACTc < 2:636211/298‑1 (MQ=255) aGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTGGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTACGGCATTGCCGATCTCGCCTTTGTTGGCGGTTCACTGGTTGAACGTGGTGGGCATAATCCGCTGGAAGCTGCCGCACACGCTATTCCGGTATTGATGGGGCCGCATACTTTTAACTTTAAAGACATTTGCGCGCGGCTGGAGCAGGCAAGCGGGCTGATTACCGTTACCGATGCCACGTCGCTTGCAAAAGAGGTTTCCTCTTTACTCAcc < 1:461974/300‑1 (MQ=255) gCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTGGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTACGGCATTGCCGATCTCGCCTTTGTTGGCGGTTCACTGGTTGAACGTGGTGGGCATAATCCGCTGGAAGCTGCCGCACACGCTATTCCGGTATTGATGGGGCCGCATACTTTTAACTTTAAAGACATTTGCGCGCGGCTGGAGCAGGCAAGCGGGCTGATTACCGTTACCGATGCCACGTCGCTTGCAAAAGAGGTTTCCTCTTTACTCACCGACGCCGATTAc < 1:479116/299‑1 (MQ=255) ctctTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTGGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTACGGCATTGCCGATCTCGCCTTTGTTTGCGGTTCACTGGTTGAACGTGGTGGGCATAATCCGCTGGAAGCTGCCGCACACGCTATTCCGGTATTGATGGGGCCGCATACTTTTAACTTTAAAGACATTTGCGCGCGGCTGGAGCAGGNAAGCGGGCTGATTACCGTTACCGATGCCACGTCGCTTGCAAAAGAGGTTTCCTCTTTACTCACCGACGCCGATTAcc > 1:149647/1‑299 (MQ=255) ctctTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTGGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTACGGCATTGCCGATCTCGCCTTTGTTGGCGGTTCACTGGTTGAACGTGGTGGGCATAATCCGCTGGAAGCTGCCGCACACGCTATTCCGGTATTGATGGGGCCGCATACTTTTAACTTTAAAGACATTTGCGCGCGGCTGGAGCAGGCAAGCGGGCTGATTACCGTTACCGATGCCACGTCGCTTGCAAAAGAGGTTTCCTCTTTACTCACCGACGCCGATTAcc > 2:694413/1‑299 (MQ=255) 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ACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTATGGCATTGCCGATCTCGCCTTTGTTGGCGGTTCACTGGTTGAACGTGGTGGGCATAATCCGCTGGAAGCTGCCGCACACGCTATTCCGGTATTGATGGGGCCGCATACTTTTAACTTTAAAGACATTTGCGCGCGGCTGGAGCAGGCAAGCGGGCTGATTACCGTTACCGATGCCACTACGCTTGCAAAAGAGGTTTCCTCTTTACTCACCGACGCCGATTACCGTAGTTTCTATGGCCGTCATGCCGTTGAAGTACTGTATCAAAACCAGGGCGCGCTACAGCGTCTGCTTCAACTGCTGGAACCTTACCTGCCACCGAAAACGCATTGAGGTTGTTATGCAAAAACGGGCGATTTATCCGGGTACTTTCGATCCCATTACCAATGGTCATATCGATATCGTGACGCGCGCCACGCAGATGTTCGATCACGTTATTCTGGCGATTGCCGCCAGCCC > NC_000913/3809375‑3809943 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |