| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,795,336 | A→C | I136V (ATA→GTC) | waaF → | ADP‑heptose‑‑LPS heptosyltransferase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,795,336 | 0 | A | C | 98.7% | 271.8 / NA | 78 | I136V (ATA→GTC) | waaF | ADP‑heptose‑‑LPS heptosyltransferase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base C (43/34); total (44/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCATGGTGCCGTCCATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGAAATCGGCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCCAACTCCTTCAAATCTGCATTAGTGCCTTTCTTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGATGCGCTACGGTTTACTCAACGATGTACGCGTGCTCGATAAAGAAGCCTGGCCGCTAATGGTGGAACGCTATATAGCGCTGGCCTATGACAAAGGCATTATGCGCACAGCACAAGATCTGCCGCAGCCATTGTTATGGCCGCAGTTGCAGGTGAGCGAAGGTGAAAAATCATATACCTGTAATCAATTTTCGCTTTCATCAGAACGTCCGATGATTGGTTTTTGCCCGGGTGCGGAGTTTGGTCCGGCAAAACGCTGGCCACACTACCACTATGCGGAGCTGGCAAAGCAGCTGATTGATGAAGGTTATCAGGTGGTTCTGTTTGGCTCGGCGAAAGATCATGAAGCGGGCAATGAGATTCTTGC > NC_000913/3795043‑3795626 | gCATGGTGCCGTCCATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATCCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGAAATCGGCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCAAACTCCTTCAAATCTGCATTAGTGCCTTTCTTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGATGCGCTACGGTTTACTCAACGATGTACGCGTGCTCGATAAAGAAGCCTGGCCGCTAATGGTGGAACGCTATGTCGCGCt > 2:453017/1‑299 (MQ=255) tGGTGCCGTCCATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATCCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGAAATCGGCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCAAACTCCTTCAAATCTGCATTAGTGCCTTTCTTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGATGCGCTACGGTTTACTCAACGATGTACGCGTGCTCGATAAAGAAGCCTGGCCGCTAATGGTGGAACGCTATGTCGCGCTGGcc < 1:538019/300‑1 (MQ=255) cGTCCATTATTATCGCGGATGTCGGAAGTTAACGAAGCTATCCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGAAATCGGCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCAAACTCCTTCAAATCTGCATTAGTGCCTTTCTTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGATGCGCTACGGTTTACTCAACGATGTACGCGTGCTCGATAAAGAAGCCTGGCCGCTAATGGTGGAACGCTATGTCGCGCTGGCCTATGa > 1:28563/1‑299 (MQ=255) gTCCATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATCCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGAAATCGGCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCAAACTCCTTCAAATCTGCATTAGTGCCTTTCTTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGATGCGCTACGGTTTACTCAACGATGTACGCGTGCTCGATAAAGAAGCCTGGCCGCTAATGGTGGAACGCTATGTCGCGCTGGCCTATGAc < 1:159369/299‑1 (MQ=255) 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gATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATCCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGAAATCGGCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCAAACTCCTTCAAATCTGCATTAGTGCCTTTCTTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGATGCGCTACGGTTTACTCAACGATGTACGCGTGCTCGATAAAGAAGCCTGGCCGCTAATGGTGGAACGCTATGTCGCGCTGGCCTATGACAAAGGCATTATgcgtac < 1:646974/300‑4 (MQ=255) gATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATCCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGGAAATCGGCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTGCGTGAAAAGCGCTACGACCGCGCCTACGTCTTACCAAACTCCTTCAAATCTGCATTAGTGCCTTTCTTCGCGGGTATTCCTCATCGCACCGGCTGGCGCGGCGAGATGCGCTACGGTTTACTCAACGATGTACGCGTGCTCGATAAAGAAGCCTGGCCGCTAATGGTGGAACGCTATGTCGCGCTGGCCTATGACAAAGGCATTATg < 2:438648/295‑1 (MQ=255) aTGCCGGAAGTTAACGAAGCTATCCCTATGCCTCTCTGTCACGGAGCGCTAGAAATCGTCGAACGCCGCAAACTGGGTCATAGCCTACGTTAAAAGCGCTACGAACGCGCCTACTTCTTACCAAACTCCTTCAAATCTGCATTAGTGCCTTTCTTCGCGGGTATCCCTCATCGCACCGTCTGGCGCGGCGAGATGCGCTACGGTTTACTCAACGATGTACGCGTGCTCGATAAAGAAGCCTGGCCGCTAATGGTGGAACGCTATGTCGCGCTGGCCTATGACAAAGGCATTATgcgtacc < 2:328879/300‑5 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |