| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,789,647 | G→A | G145G (GGC→GGT) | waaH ← | UDP‑glucuronate:LPS(HepIII) glycosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,789,647 | 0 | G | A | 98.7% | 248.7 / NA | 75 | G145G (GGC→GGT) | waaH | UDP‑glucuronate:LPS(HepIII) glycosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base A (38/35); minor base C (1/0); total (39/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AATCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTGACGTATTATGCAGATAATATTTATATAATGATTGCTCGGTATATCGCGCACGCAGCGCGTTAAACATGAATTCTGTTGTCCAGACAATATCCTGATGATGTAATCCGGCAATAAATTTAATGTTATTTTTAACAATAACATCACGGCGATAAACCCCCATCCAGACAACGTGAGTCCAACGGCGCGAAGAAAGCCCCATCCGCAGCCAGTCCGGGCCGGTTAATACGCCGGTTGAGCGAAGGCGATCGGTGGGGATGGATTGCCAGGTTTCTCCCGTTTCACGAAAACACCAGTCAGCGTTGCACTGCGCCACGTCGAGGTCGTCCTCTAACGCCATGGTCATCAGCGTTTCGTACATGGTGGGATAGACTTCATCGTCAGCATCGACAAAAGCGACATATTTGCCCGTTGCCACTTCAATCCCACGATTACGCGCCACCGATGCGCCAGCATTCGCCTGATGCAACAAACGAACGTGCGGATAGTTTTCTGCGTAATACTTTGCTATTTCAACAGAAT > NC_000913/3789356‑3789939 | aaTCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTGACGTATTATGCAGATAATATTTATATAATGATTGCTCGGTATATCGCGCACGCAGCGCATTAAACATGAATTCTGTTGTCCAGACAATATCCTGATGATGTAATCCGGCAATAAATTTAATGTTATTTTTAACAATAACATCGCGGCGATAAACCCCCATCCAGACAACGTGAGTCCAACGGCGCGAAGAAAGCCCCATCCGCAGCCAGTCCGGGCCGGTTAATACACCGGTTGa > 1:363598/1‑300 (MQ=255)aaTCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTGACGTATTATGCAGATAATATTTATATAATGATTGCTCGGTATATCGCGCACGCAGCGCATTAAACATGAANTCTGTTGTCCAGACAATATCCTGATGATGTAATCCGGCAATAAATTTAATGTTATTTTTAACAATAACATCGCGGCGATAAACCCCCATCCAGACAACGTGAGTCCAACGGCGCGAAGAAAGCCCCATCCGCAGCCAGTCCGGGCCGGTTAATACACCGGTTGa > 2:493416/1‑300 (MQ=255) aTCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTGACGTATTATGCAGATAATATTTATATAATGATTGCTCGGTATATCGCGCACGCAGCGCATTAAACATGAATTCTGTTGTCCAGACAATATCCTGATGATGTAATCCGGCAATAAATTTAATGTTATTTTTAACAATAACATCGCGGCGATAAACCCCCATCCAGACAACGTGAGTCCAACGGCGCGAAGAAAGCCCCATCCGCAGCCAGTCCGGGCCGGTTAATACACCGGTTGa > 1:672624/1‑299 (MQ=255) tCTTAATATAGTGACGTTGATAATTAAGGTTTTTATTCCCTTGTCTATGCAACCGACTCACTGACGTATTATGCAGATAATATTTATATAATGATTGCTCGGTATATCGCGCACGCAGCGCATTAAACATGAATTCTGTTGTCCAGACAATATCCTGATGATGTAATCCGGCAATAAATTTAATGTTATTTTTAACAATAACATCGCGGCGATAAACCCCCATCCAGACAACGTGAGTCCAACGGCGCGAAGAAAGCCCCATCCGCAGCCAGTCCGGGCCGGTTAATACACCGGTTGAGc > 1:195111/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |